(一) 監管體制不統一，法規制度不健全
目前的招標監管體制，可以說是一種以部門分散監管為主， 綜合監督為輔的體制,即:分別由水利、交通、建設、國土等相關行政主管部門負責，發改委負責加強對招投標工作的指導、協調以及對重大建設項目工程招投標和工業項目招投標的監督檢查。這種部門分散監管模式所引發的問題主要表現在招投標監管中部門職能交叉、多頭管理、條塊分割、同體監督，監督越位和缺位現象同時並存,造成了工程項目招投標管理混亂無序的局面。另外，工程招投標相關法規制度不健全，如部門法規及各種配套政策之間相互掣肘，對於招投標中的違規違法行為，《招標投標法》及相應的配套規定只講了“不準”，而沒有講違反了怎么辦，致使對一些鑽政策漏洞的違法違規行為，因缺乏明確的法律、行政法規處罰條款而難以查處等等，這些都在一定程度上增加了監管工作的難度。
(二)規避招標，逃避監管
主要方式有：一是把應當公開招標的項目，千方百計找各種理由將其變為邀請招標。二是肢解工程，化整為零。把依法必須招標的工程項目分割成幾個獨立的小項目，使每個小項目的金額均在招標要求的規模標準以下，從而達到規避招標的目的。三是部分招標，只對項目的部分工程進行招標，附屬工程則直接發包。四是一些業主單位為了私利，把應當招投標的項目直接交給自己所屬的單位完 成。
(三)參與招投標的主體行為不規範，違法違規現象時有發生
首先，有些業主行為不規範。一些業主除了採取各種方式規避公開招標以外，有的還在招標過程中向管理單位、中介機構、投標企業亂提條件;有的在招標中與投標人存在著利益的交換，與投標人、代理機構相互串通，制定帶有傾向性的、不合理的評標辦法，虛假招標，明招暗定，甚至搞陰陽契約，嚴重擾亂了招標市場秩序。其次，部分中介機構行為不端。一些中介機構不中立、不公正，拿誰的錢為誰說話。有的招標代理機構為了取得代理業務，一味迎合業主，弄虛作假，甚至幫助業主出謀劃策鑽法律空子;有的招標代理機構則與投標單位相互串通，破壞了招標的公平性。再次，一些投標企業存有違規行為。投標中有時出現投標單位相互串通的情況，彼此達成協定，出現陪標、串標、藉機抬高或壓低標價，損害投資人利益的現象，使招投標流於形式。投標企業中標後，違法分包、轉包的現象也比較多見。
(四)權力干預市場，地方保護現象不同程度的存在
在實際招投標運行中，一些有著這樣或那樣特殊權力的部門，嚴重違反《招標投標法》，憑藉其職權，向投資人“推薦”開發商，或是向承攬工程企業“推薦”分包隊伍，干預工程的發包和承包。有的項目業主不按規定發布招標公告、控制信息的發布範圍、隨意縮短某一程式的時限;有些地區或部門為確保本地、本系統企業中標，違法設定投標許可，採取歧視性資質審查、越權指定招標公告發布媒體、限制招標公告發布範圍和地點、制定不公平的評標標準和方法等，排斥外地或外系統的投標人，擾亂了正常的市場秩序，違反了優勝劣汰的市場法規。
(五)執法監督檢查力度有待於進一步強化
一是個別領域存在行政主管部門招投標監管機構監督檢查不到位、力度不大、監控手段落後、信息化水平不高、監督力量不足的問題，難以做到嚴格按程式對招投標實施有效的全過程、全方位監督。二是存在行政主管部門內部監督制約機制不完善、社會監督太弱、監督相對滯後等問題。三是工程招投標監管中存在重管理輕查處、重檢查輕處理的現象，致使不少規避招標、虛假招標、串通招投標的行為沒有得到及時糾正處理。