另外，我市司法鑑定的運行機制也較為混亂。當前，尤其是公、檢、法等不同系統、不同層次的司法鑑定機構之間受理鑑定的範圍不明確，沒有一套科學完備的有關鑑定受理的統一制度。在司法實踐中，各系統、各層次的鑑定機構的鑑定受理工作普遍存在著隨意性、混亂性和重複性，也使得司法鑑定工作的秩序出現了混亂，容易對案件的起訴和審理產生負面的效應。
(二)司法鑑定從業人員素質、司法鑑定公信力還需加強
首先，由於法律對從事司法鑑定的機構和人員準入資格要求規定不夠嚴格，所以，受委託從事司法鑑定的社會專業鑑定組織儀器設備標準不等，鑑定人員水平也參差不齊，又因為缺乏嚴密的操作規則和監督制度，難以保證鑑定結論的客觀、公正。鑑定人員素質良莠不齊，司法鑑定整體水平不高。由於鑑定機構多而雜亂，難免鑑定人員中有濫竽充數者，特別是依附國家機關的庇護而生存的鑑定機構，其人員素質更令人堪憂，司法鑑定從業人員的整體素質不高，很難形成鑑定人隊伍的專業化和職業化。
其次，一些鑑定單位或鑑定人為追求經濟利益，曲意迎合一些當事人或辦案人員的不合理要求，扭曲了司法鑑定的本意，使司法鑑定結論的公正性、客觀性大打折扣。同時，由於司法鑑定的費用是由當事人承擔，更因為辦案人員按司法鑑定結論就是辦錯了案，承辦人員也不負錯案責任，鑑定人員也缺乏責任追究，所以，有相當部門的辦案人員不是從案件是否確實需要的角度出發委託司法鑑定，而是動輒委託司法鑑定，過分依賴司法鑑定，結果存在造成一些案件久拖不決和資源的不必要浪費等弊端。
另外，由於公、檢、法、衛生、物價、勞動等部門都有自己或者聯繫的司法鑑定機構，所以，辦案人員在辦案過程中自覺或不自覺地認為自家的"菩薩"靈。如一起傷害案，公安偵查鑑定為輕傷，檢察審查起訴鑑定為重傷，一審法院作有罪判決後，被告人不服抗訴，二審法院鑑定為輕微傷作無罪判決。幾家弄得案件互相扯皮，當事人申請賠償又互相推諉，久拖不決，影響極壞。
(三)對司法鑑定人員的管理機制不夠科學、合理
一是司法鑑定人的權利、義務不明確。《刑事訴訟法》第119條規定："為了查明案情，需要解決案件中某些專門性問題的時候應當指派、聘請有專門知識的人進行鑑定"。《民事訴訟法》第72條、《行政訴訟法》第35條也有類似規定。當鑑定人的合法權益受到侵犯時如何有效地保護、鑑定人無故不履行義務時如何制裁均無法可依，影響了鑑定的法律權威。鑑定機構有權無責，隨意出具鑑定結論。由於對鑑定機構、鑑定人員缺乏法律約束，隨意出具鑑定結論也無相關制裁措施，使得少數鑑定人員收受賄賂，出具偏袒一方的鑑定結論，這在財產評估中表現尤為突出，同一財產，不同機構出具的評估值有時竟會相差幾倍!
二是對鑑定人員沒有健全的培訓和考核晉升制度。健全和實施科學合理的培訓制度，是進行司法鑑定工作的基礎，而建立和完善科學的、系統的考核晉升制度，則是不斷提高鑑定人員技術水平，使鑑定事業不斷發展的必要途徑。兩者互為聯繫，互為影響。幾年來，在技術職稱考核晉升的工作中還沒有形成一套科學的完整體系，晉升標準僅僅以學歷和工作年限為主要參考，客觀上形成了技術職稱晉升還是論資排輩，無水平高低、能力大小、貢獻多少之別，影響了鑑定人員的積極性、創造性和進取精神。同時，司法鑑定管理人員及執業人員的教育培訓、業務技能的提高還需依靠省司法廳或法務部組織辦班培訓，本市沒有師資力量和技術能力。而司法鑑定經費又得不到充分保障，所以省廳或法務部組織的培訓班有時也難以參加，司法鑑定的公信力則難以快速提高