其次，在土地儲備部門之間的協調問題上，難以達成統一的認識。
土地儲備工作涉及面廣，常常需要多部門之間密切配合，從調查情況來看，目前主要是與城建規劃及法務部門之間的協調對土地收購儲備的影響最大。一是許多縣城建設規劃缺乏前瞻性和穩定性，給土地儲備無形中增加了風險，也制約了土地資源的高效利用；二是已進入土地儲備程式的土地，因原土地使用權人債權債務等糾紛使法務部門介入處置土地資產，導致土地儲備已做的前期工作失去效力，甚至出現法院將土地補償費代扣、截留等用於償還企業的債務等現象，造成原土地使用權人到期不按時交付土地，給政府儲備土地造成困難。
第三，在土地儲備的實際操作中，規避土地收購儲備的行為時有發生，致使一些本應納入收購儲備的土地被紛紛轉手，國土收益大量流失。主要表現在：一是一些工礦企事業單位等，因單位搬遷、解散、撤銷、破產、產業結構調整或其它原因調整出的原劃撥的國有土地，以出讓方式取得土地使用權後，無力繼續開發，而又不具備轉讓條件的土地，以及應依法收回的荒蕪、閒置的國有土地，根據相關規定，本應納入土地收購儲備，但土地使用權人在不辦理任何土地相關手續的情況下，買賣或者以房屋租賃、聯營聯建等名義擅自轉讓土地或改變土地用途等方式進行著私下裡的交易，導致國有土地資產大量流失；二是縣城或集鎮規劃區等一些原有的劃撥性住宅用地，因實施城鎮規劃，在搬遷改造後一下子由深巷偏僻之地變成了臨街“黃金”地塊，土地價值突顯。於是這些土地使用權人便採取拆舊翻新等種種方式，使其無償取得的住宅用地一躍而改變成為本應通過公開出讓有償方式方能獲得的經營性用地，在原用地上開門面、設店鋪，用於商業、服務業等用途，從中掠取因政府投資而帶來的土地增值收益。
第四，集體土地的非法入市（特別是毗鄰城區、周邊基礎設施較好的“城中村”以及城鄉結合部、交通沿線這些特殊區域的集體土地），影響著土地的收購儲備及儲備土地的處置工作。收購儲備土地的最終目的是要經營土地，而經營土地的目的是要“通過建立良好的土地市場環境，盤活存量土地資產，實現城市土地資源的最佳化配置，為城市經濟提供可持續發展的資源保證”，“在這個前提下，使土地資源實現最大化的資產價值”。而這些區域集體土地的非法入市，往往是受眼前利益的驅動，是一種自由和無序的用地行為，土地價格的隨意性也比較大，因此在缺乏有效監管的情況下，在與國有土地市場的競爭中處於優勢地位，從而對國有土地市場形成巨大的衝擊，這顯然不利於城市經營土地市場的健康和有序發展。
三、對策及建議
針對問題，建議如下：
一是要規範土地收購儲備資本金的運營。即：在土地收購儲備的資金運營上，政府、財政及審計部門不僅要及時指導和監督土地收購儲備機構，對土地使用權出讓後國土收益的及時回收，更要協助土地收購儲備機構搞好土地收購儲備前期的資金籌措和投放工作。財政部門應將可劃出用於實施土地收購儲備的資金列入土地儲備專項資金納入到每年度的財政預算體系內，並可視土地市場發育的實際情況，適當增減財政劃出。這樣一來，既可以減輕土地收購儲備機構貸款利息高、土地收購儲備成本大幅增加的壓力，又可以協助政府從資金投入市場的額度量方面有效地調控土地市場的供應和需求關係，或者利用國家對土地儲備機構可向金融系統進行融資的政策依據，主動地與當地信貸部門聯繫給予資金上的扶持，並在資金的信貸上提供積極的擔保幫助。