四是國庫管理機構沒有分設，國庫管理機構與執行機構之間的關係沒有理順。目前，我市還有部分縣區沒有分開設定國庫科（股），由於沒有專門的國庫管理機構，也就沒有相應人員配備，幾乎所有的財政國庫管理職能，都靠設在預算部門的總預算會計來落實，其結果就是很多事情根本得不到落實，資金安全缺法保障，國庫改革難以推開，專戶統管無法實施。此外，在一些分設國庫管理機構的地方，國庫管理機構與國庫執行機構各自獨立運行，造成資金管理鏈條和流水作業程式被人為分割，業務管理機構不能有效行使對業務執行機構的管理和監督。
五是內控管理制度不落實。制度是管理的基礎，也是約束行為、防範風險的重要屏障。制度缺失或執行不力，是一些地方在財政資金安全管理方面存在的另一重大問題。包括財政的內部控制制度，財政與銀行之間對賬制度、相互制約機制和糾錯機制都不健全，漏洞較大；崗位培訓制度、崗位輪換制度和崗位素質教育制度等相關管理制度也都沒有得到很好地執行。此外，由於人員配備不足，財政國庫機構和鄉鎮財政所在內部管理上存在一人多崗、崗位交叉的現象，一些關鍵環節和重要許可權集中在個別人員手中，少數單位未對支付印鑑實行分人分印管理，定期對賬制度流於形式，或者根本就不對賬，密碼不密，形同虛設，財政資金運行的各項內控機制無法完整落實，給財政資金安全留下很大隱患。
二、加強財政資金安全管理的主要對策
一、進一步健全完善財政資金安全管理制度。科學合理的制度機制，是加強財政資金安全管理的重要基礎和有力保障。目前中、省財政部門就當前地方財政資金安全管理上存在的突出問題，正在抓緊研究制定《財政部門加強地方財政資金安全管理暫行辦法》，我市各級財政部門也要針對這次安全檢查中自查出的問題，緊密結合實際，抓緊研究制定出本級加強財政資金安全管理的具體實施辦法和總預算會計基礎管理工作的規範，夯實財政資金安全管理的制度基礎。我們在建章立制時，要注重以下幾個方面：
一是要注重製度體系本身的完整性，從“全面”上下功夫。完整的財政資金安全管理制度，應當包括財政總預算會計崗位責任制，印鑑、票據管理制度，財政內部相關業務職能部門之間，財政與預算單位、人民銀行國庫、代理銀行之間的定期對賬制度和相互制約機制，財政資金專戶管理制度，內部監督檢查制度，代理銀行管理機制，等等。我們各級財政部門要結合實際情況和管理需要，切實健全完善好這一制度體系。
二是要注重規範關鍵環節，從“重點”上下功夫。要結合檢查和整改情況，認真梳理財政資金安全管理的關鍵環節和風險點，一個環節一個環節地加以規範，確保關鍵環節和風險點不出問題。比如，會計、出納、審核崗位分設，印鑑、票據分開使用管理，財政部門與代理銀行之間的權、責、利關係，等等，都是需要重點考慮的關鍵環節和風險點。規範好這些環節，防範好這些風險點，就相當於為財政資金安全管理構築了牢固的防線。
三是要注重製度的真正落實，從“執行”上下功夫。我們目前缺少的不是制度，更重要的是執行和落實。各級財政部門一定要在執行上多做文章，採取激勵和約束並重的方法，強化崗位責任制，切實執行好財政資金安全管理的各項制度，同時要對財政資金審核撥付、會計核算等安全管理基礎工作實施定期檢查或不定期抽查，使相關制度不再停留在紙上，而要真正落到實處。