2．2 產業化內部利益分配機制不完善
在利益分配方面，當前存在的主要問題是：第一，企業與農民簽訂的經濟契約不規範。一些企業往往憑藉其自身的強大經濟優勢，在與農民簽訂契約時故意損害農民利益，使所訂立的契約條款儘量有利於企業。第二，利益主體雙方不守信用。有些地方，當產品市場價高、產品暢銷時，農民往往違背契約，不願將產品賣給企業，導致企業停工待料；而市場價低、產品滯銷時，企業又不願意按原定契約收購，有時即使願意收購也經常壓級壓價，導致農民利益受損。第三，違約追索成本高。
2．3 畜產品加工業嚴重滯後
畜牧業產業化要求畜牧業產前、產中和產後要有機聯合；但我國的畜牧業集團化卻存在產中、產前發達，產後加工嚴重滯後的格局，畜產品加工業與已開發國家存在巨大差距。已開發國家畜產品加工量占畜產品生產總量的比重高達60％～ 70％，而我國肉類加工比重不到5％，且加工技術落後，企業規模小，還存在著加工深度不夠、花色品種較少和優質高檔品種比重低的問題。
2．4 產業化管理條塊分割，政策引導失當
經過機構改革，我國畜牧業產業化發展的管理體制雖然有了很大改善，但仍然存在部門分割、產銷脫節的問題。 到目前為止，畜牧部門只管生產，加工和流通則由其他部門管理，各行政部門為了維持原有的利益格局，往往各行其是，政出多門，畜牧業生產、加工和流通缺乏統一管理，嚴重影響了畜牧業產業化的健康發展。政府對畜牧業產業化發展的引導方面，則存在兩種極端傾向：一是個別地方政府出於促進產業化發展的需要，往往不顧經濟規律，簡單採用行政命令，人為製造產業化企業和組織，有些地方則一方面強調要大力發展畜牧業產業化，另一方面卻對畜牧業產業化企業在投資和融資方面設定了許多障礙，現在很多中小型民營企業反映得不到政府投資和銀行貸款。
3 畜牧業產業化發展的建議
3．1 繼續增加畜牧業產業化發展資金投入
畜牧業產業化發展既需要政策支持，更需要資金投入的支持。今後，我國畜牧業產業化發展必須走多渠道籌集資金的方針。各級政府要加大對畜牧業的投入，並將其納入國民經濟發展的總體發展規劃中，確保投資及時到位。畜牧業基本建設投資占國家農業基本建設總投資的比重應保持在10％以上，到2025年逐步提高到15％以上。各級政府在稅收政策上，要對產加銷龍頭企業視同開發性農業企業，實行先征後退的稅收優惠政策。要對區域性重點民營龍頭企業實行國民待遇。各級財政也要把畜牧業產業化作為財政支出的一項重要內容，增設扶持畜牧業產業化發展的專項基金；各政策銀行和商業銀行的信貸資金也應從資金投向和資金結構上向畜牧業產業化和畜牧業基礎設施傾斜，重點扶持龍頭企業和基地建設。農業信用合作社也要在貸款方面向畜牧業產業化傾斜。
3．2 完善利益聯結機制
畜牧業產業化的實質是使龍頭企業與農民建立比較穩定的利益關係。企業與農戶之間是否能建立穩定的利益協調機制，是事關產業化能否可持續發展的大事。各地要根據畜牧業產業化經營發展的不同階段，採取相應對策。在產業化經營處於起步階段的地方，要重點發展和規範契約契約、“訂單畜牧業”。產業化經營基礎較好的地方，可以通過建立風險基金、實行最低收購保護價、返還一定利潤等，使企業與農戶建立比較緊密的利益連線機制。其次，也要積極探索畜牧業產業化利益分配的新機制。要大力發展農民專業合作經濟組織，實行農民用土地使用權、產品、技術和資金入股，形成利益共享、風險共擔的利益共同體。積極鼓勵採用股份制、股份合作制等多種經營形式，使農民與龍頭企業實現風險共擔、利益共享。此外，還要加大法制宣傳力度，使廣大農戶和企業管理者自覺履行各種經濟契約和契約，儘量減少產業化發展中的履約交易成本，促進畜牧業產業化的健康發展。