二、造成村“兩委”關係不協調的原因剖析
造成村“兩委”關係不協調的原因是多方面的：
（一）由於村“兩委”特別是書記和主任自身素質參差不齊，狹隘的小農意識導致村“兩委”關係不協調。一是認識上有偏差。個別村幹部對實行村民自治的意義和目的理解不深，思想認識還停留在“到底誰說了算”的膚淺層次上，對村黨支部和村委會的分工合作機制理解不深、不透。二是工作方式方法比較簡單。有的村幹部乾工作、想問題直來直去，很少講究工作藝術性。幾千年來沿襲下來的農村封建殘餘思想在個別人當中根深蒂固，狹隘的小農意識就會使雙方產生矛盾。同時又不能夠主動化解矛盾，往往以“老死不相往來”的方式迴避、擱置矛盾，有的甚至放棄思想溝通和交流。三是個別村幹部大局意識和團結意識差。實行村委會主任直選後，個別地方受傳統觀念和家族（宗族）勢力影響，辦事情往往以自己或者以自己家族（宗族）的利益為重，加之當選後急於回報過去的所謂“支持者”,在一些涉及大多數村民利益的重大問題上不通過村“兩委”班子集體研究就自做主張決定。特別是一些新擔任的村委會主任，原則性、責任意識相對差，缺乏主動接受黨支部領導的自覺意識，造成村“兩委”矛盾加深。四是部分村幹部對市場經濟負面影響的抵禦能力差。對農村基層組織建設和個別村幹部世界觀及價值取向產生了一定的負面影響。拜金主義、享樂主義和封建迷信沉渣泛起，個別意志不堅定的黨員和幹部，削弱了基層黨組織的戰鬥力和凝聚力，影響了黨在民眾中的形象和地位。
（二）由於對村幹部的教育和管理不到位，導致村“兩委”關係不協調。一是對新當選的村幹部特別是新當選村委會主任缺乏必要的任前崗位培訓。從整體上講，村級幹部文化水平較低，能力素質不高，處理問題方法簡單，缺乏民主管理經驗。二是鎮（鄉）黨委在“兩委”關係處理上指導不到位。平時缺乏預見性，對村幹部管理不嚴格、教育不到位，缺乏系統性的教育和管理。“重”給村“兩委”壓任務，而“輕”教育和管理，忽視了對村幹部的思想政治工作，怕管得太嚴影響村幹部工作積極性，很少去研究如何管理和培養關心村幹部的問題。對各村“兩委”關係中一些潛在的問題重視不夠。三是村級自身民主建設管理不到位。一些村民主決策、民主管理、民主監督機制不完善，執行不嚴格，造成一些制度形同虛設。
（三）由於體制和機制不健全，導致村“兩委”關係不協調。一是村黨支部在實際工作中調控手段的相對弱化與領導責任進一步強化的矛盾比較突出。新形勢下，農村工作對農村基層黨組織要求越來越高，但是領導和調控的職能和手段不斷弱化，造成農村基層黨組織權威性下降。二是農村民主化進程過熱與農民民主意識淡漠的矛盾比較突出。由於體制本身方面存在的一些無法克服的原因，一些新當選的村官一時難以勝任崗位職責要求，又不懂得行政管理方面的基本知識，所以一選上來，就直接或間接地造成“兩委”關係不協調。三是農村“兩委”工作職責不清，政策規定過於籠統，造成“兩委”矛盾衝突。《中國共產黨基層組織工作條例》和《中華人民共和國村民委員會組織法》對村黨支部和村委會的責權劃分過於籠統，職責重疊，權力交叉，使村里事實上存在了兩個決策中心。一部分村委會主任認為村委會有依法管理集體所有土地和財產的職責，上任伊始先和書記爭印章、要財權。而一些村黨支部書記認為財權是村務工作的核心，作為第一當家人，理應把握財權，否則領導核心作用也無法體現。四是“兩委”在某種程度上代表著不同的權力和利益，在特定情況下發生衝突在所難免。村黨支部份演著政府“代理人”的角色，執行的多是“政務”,代表的是國家利益、整體利益。而村委會是村民的“當家人”,反映的是村民的利益，代表著局部利益，儘管國家利益和農民利益是一致的，在特定的時期和特定的條件下，兩者還存在一定的矛盾衝突，這也是引發村“兩委”矛盾的重要原因。