司法改革的進一步深入要求各項制度也隨之日臻完善。為推動這一進程，最高人民檢察院於1999年制定和下發了《檢察改革三年實施意見》，其中將書記員分類管理作為一項重要的改革措施加以明確。目前，在各級檢察機關中，書記員在檢察業務實踐中所發揮的重要作用毋庸置疑，但面對種種現實，我們也應清醒地認識到當前書記員的管理模式仍存在著諸多弊端，難以適應司法改革現狀，亟待變革。本文僅從作者的觀點出發作一些粗淺的探討，希望能夠拋磚引玉，引起大家對這一問題的關注。
一、 基層檢察院書記員的現狀分析
相對於法官、檢察官而言，作為同樣從事法律實務的書記員卻很少被人冠以職業的稱謂。在大多人的眼中，書記員只是一個階段，而非一種職業。在這裡，書記員職業化的屬性遭到了廣泛地漠視。不僅如此，對於在各級檢察機關中發揮重要作用的書記員群體，至今仍未有一套相應的管理辦法出台。而關於檢察機關書記員工作的法律規定也相當匱乏，僅在《中華人民共和國檢察院組織法》第27條第一款中有所提及：“各級人民檢察院設書記員若干人；書記員辦理案件的記錄工作和有關事項。”
針對這一狀況，目前大多數檢察機關的書記員管理模式均是參照檢察官的標準加以規範和執行的。它們的做法基本相同：首先，對書記員實行分散管理，將其放置於批捕、起訴、反貪、瀆偵、控申、民行等各業務部門乃至綜合部門，並由各部門的負責人管理書記員日常工作和事務；其次，將書記員作為助理檢察員、檢察員的後備人才庫，將其晉升方向明確地指向檢察官序列，書記員崗位只不過是進入檢察官隊伍的一個過渡性的階段，從而從某種程度上暗示了書記員工作的暫時性；再次，檢察機關書記員沒有自己獨立的職務序列，並且書記員職務實行“一刀切”，其隊伍內部也沒有再劃分等級。
而現實中，檢察機關書記員的工作內容主要是案件材料的保管、裝訂和歸檔工作，製作並處理各類公文以及在檢察員的指導下參與案件的調查取證並對各類證據進行分類保管等。這顯然與檢察官的工作性質、內容有著明顯的區別，這就需要我們儘快地總結出一套適合書記員群體的管理體制，將這群體的優勢和潛力充分發揮，而妄想生搬硬套檢察官的管理、運作體制便可一勞永逸的態度，也勢必會遭遇種種尷尬，凸現一些問題。
二、 目前書記員管理體制中存在的問題
應當承認，原有的檢察機關書記員管理、運行體制在特定的歷史時期曾經發揮過巨大的作用，也對檢察工作產生過積極的影響。但隨著檢察工作改革的日益深入，原來舊的模式已不能適應如今形勢發展的需要，在實際的運作過程中也出現了不少的問題，需要我們認真面對。
首先，檢察官與書記員權責不清、人員布局不合理，影響辦案的質量和效率。
隨著近幾年案件數量的不斷上升，各基層檢察院辦案人員承辦案件的數量也隨之不斷增加，工作壓力進一步加大。在原來人員配置基本不變的情況下，檢察官與書記員嚴格按照各自的職責範圍進行工作則變得愈發困難，角色的錯位也就在所難免。有些檢察官便不得已要承擔部分原本屬於書記員工作範疇的事務，從而造成人力資源的相對浪費。而同時，一些書記員也不得不勉強應付某些自身難以勝任的檢察官的工作。這樣一來，原本存在於檢察官與書記員之間明確的工作劃分便朦朧起來，同時兩者之間的權責歸屬也愈發模糊，所以出現了有些起訴部門的檢察官只是閱閱卷就出庭，其他一切工作均由書記員代為完成的怪現象也就不足為奇。如此，辦理案件的質量和工作的效率就很難得到保證，而且案件一旦出了紕漏，也很難歸責。