其次，檢察官與書記員之間缺乏監督制約，不利於司法公正
檢察機關是國家的法律監督機關，但檢察機關內部也同樣需要監督。檢察官與書記員之間，應當建立一種良好的相互監督制約的關係。檢察官作為案件的主要負責人，書記員對其的監督制約應是最直接也是最有效的。而在原有模式下，檢察官與書記員之間是一種行政命令與被動執行的關係，在這種關係下書記員很難發揮監督制約作用。再加之分散於各業務科室的書記員在相應檢察官長期的傳、幫、帶的作用下，檢察官與書記員之間會產生一定的私人感情方面的因素，在某種程度上存在著一種所謂的 “師徒”關係，這樣使得這種自下而上的監督不同程度地被削弱。而這種依附關係的產生也會使得工作中個人感情的過多摻雜，從而造成執法過程中監督不利，影響司法公正，更有甚者會出現因為某些共同利益而發生違法違紀現象。
再次，書記員工作的積極性難以發揮，隊伍的穩定性無法保障
檢察機關內部對於書記員的具體職責，長期以來缺乏明確的規定。書記員一般跟隨檢察官辦案，聽從檢察官的指揮，工作內容完全由檢察官安排決定，其自身價值難以體現。加之，在當前的體制下，書記員往往將自己的職位視作是擔任檢察官前"不得已"的過渡，而將目標和晉升的方向鎖定在助理檢察員、檢察員。這一方面是因為在檢察機關工作，擁有檢察官的稱號無疑體現了自身較高的法律素質，另一方面，從物質上講，檢察官根據《檢察官法》而享有相應的職級、職稱待遇，而書記員則沒有相應的規範化的職級評定和待遇。所以，造成了書記員難以安於本職工作，思想極不穩定，容易失去鑽研工作的動力，專業素質、專業技能也很難得以提高。現實中，大多數書記員只重視法律業務的學習，為向助理檢察員晉升打好基礎，而忽視記錄、歸檔等書記員基本素質的訓練，難以為檢察工作提供高效、優質的服務。所以，雖然理論上大家都清楚書記員工作的重要性，但實際中書記員的工作並未得到足夠重視，書記員們得不到真正獨立的、屬於自己的發展空間，因而缺乏安定感，無法激起工作熱情，積極性和主動性也必然受到一定程度的影響。
也正是由於傳統體制下對書記員工作“暫時性”的根深蒂固的理解，使得這一群體失去了自身應有的活力，並逐漸演變為檢察官的“後備人才庫”。目前，大多數檢察院均是從書記員中選任檢察官，此舉使得很多剛剛熟悉書記員業務的同志離開了這一崗位。我們應當認識到，書記員工作與檢察官工作是相輔相成、不可偏廢的，而從書記員中選擇檢察官也勢必會帶來檢察官與書記員比例失調的問題，同時也會給書記員業務水平的提高和隊伍的穩定造成了一些負面的影響。
顯然，傳統的書記員管理體制在實踐中已捉襟見肘，並很大程度上有礙檢察工作高效、有序地進行。所以，改革勢在必行。
三、 書記員職業化模式構想
建立適合自身運作的書記員管理體制，不僅需要充分認識當前存在的問題和弊端，同時也需要廣徵博引，借鑑先進的理論和經驗。國外的書記員管理體制中大多都實行書記員終身制度，不存在向檢察官過渡的問題；還有不少國家通過在各級檢察院內單獨設立由全體書記員而組成的工作部門來構建書記員管理體制，並同時在這一部門設立書記長統管書記員工作。