二是工作經費得不到保障。
新農合經費雖然看起來每年都是上千萬元的資金，不了解這一工作的外行人認為這些經費可以隨便支付一點做辦公經費，在實際工作中，這些資金都是封閉運行，衛生管帳、財政管錢、銀行開戶、封閉運行，每一筆資金的流動，上級都隨時監控，並且嚴格規定各級政府不能把新農合資金作為辦公經費和人員工資進行開支，因此要靠用基金來解決辦公經費和人員工資是不可能的。省、市有關檔案規定，各級開展新型農村合作醫療的工作經費，按當地參合人數每人1.0元納入財政預算。現在縣、鄉經辦機構的工作業務量非常大，縣級經辦機構自新農合啟動後，所有的報表、材料、設備、辦公用品以及宣傳品製作都是從縣衛生局的辦公經費中開支，鄉（鎮）經辦機構更是困難，只是鄉（鎮）在自已的工作經費開支，有的工作人員在每月上報審核工作時，連車票、食宿費用都要自付；在籌資工作時，工作人員每天或步行、或騎車入村入戶籌資，沒有開展工作的補助經費，因此非常難以調動工作積極性。
三是鄉（鎮）沒有開戶，資金安全得不到保障。
按照《**省新型農村合作醫療基金財務管理辦法》的要求，縣、鄉新農合經辦機構必須開設新農合基金收入戶和支出戶，保證合作醫療基金專款專用、專款專管。目前，我縣縣級新農合基金收入戶和支出戶開設在農業銀行**支行，而10個鄉（鎮）中只有兩個鄉（鎮）有農業銀行網點，其它鄉鎮只有信用聯社網點。但信用聯社以總戶開在農行而不是本社為由，拒不為各鄉（鎮）新農合經辦機構開設專用帳戶。現在，每月核銷回補給各鄉（鎮）、村定點醫療機構以及異地就醫患者的補償金只能通過縣農行劃拔到鄉（鎮）衛生院的統管帳戶，再由鄉（鎮）衛生院的統管賬戶轉撥各鄉鎮新農合辦，資金管理不但不符合規定，還加大了鄉鎮衛生院財務管理人員的工作量，且不同銀行之間轉帳還需支出轉帳費，無形中增加了開支。籌資期間，按要求每10天或半月要將所籌資金匯入縣合管辦收入戶一次，但因鄉（鎮）合管辦沒有帳戶，辦公經費又緊缺，鄉鎮新合辦工作人員又要參加中心工作，又要收籌資款，又要做報表，基本上要到籌資結束後才能全部帶到縣城入帳，資金安全風險大。今年，籌資標準提高后，資金量更大，不安全係數更高。因此如果能將我縣新農合專戶轉到信用聯社開設，各鄉（鎮）新農合專戶就能建立，全縣的新農合資金管理就能合規，資金的管理風險就能降低。各鄉（鎮）的開戶申請都已交到信用聯社，縣衛生局已多次向人行、農行、信用社、財政進行過協調，但沒有結果，說話不算。
四是部份幹部和民眾的認識不足。
部份幹部對新型農村合作醫療制度的重要性認識不夠，對這一制度建立的艱巨性、複雜性和長期性認識不足，對新型農村合作醫療的有關規定、政策不深入學習全面理解，開會不聽，檔案不認真看，工作不調研，在工作時政策把握不準，對如何建立新型農村合作醫療制度和保持其發展後勁問題研究不多，宣傳發動不夠深入，管理粗放，有問題和責任時幹部之間、部門之間推諉扯皮，有利益時爭先恐後。
五是醫療服務條件不完善和醫療服務行為不規範。
我縣農村衛生服務體系，近幾年來在上級的支持和縣委政府的關心下，得到了加強，但由於底子薄，基礎弱，縣鄉村三級農村衛生服務體系仍存在房屋破舊，設備陳舊短缺，人員素質低，人才缺乏等現實問題。醫療機構不合理用藥、不合理檢查問題依然存在，次均住院費用和門診費用在嚴格要求下還是過高；處方藥物和檢查項目超出基本藥物目錄和規定檢查項目。另外，農村藥品市場混亂的狀況和藥品價格偏高的現象還突出。這些問題加大了我縣合作醫療基金支出，農民的費用負擔也沒有真正減輕，以致部份農民對合作醫療制度產生懷疑，影響合作醫療的持續、健康發展。