農村信用社會計檔案是農村信用社歷年各項業務和財務活動的完整記錄及核算依據，是農村信用社成長發展歷史和農村經濟部門資金活動的重要資料，在一定時期內起著會計檢查和事後查考的重要作用。但是目前農村信用社會計檔案管理中存在著立檔與保管不規範等一系列問題，嚴重製約了農村信用社會計管理水平和資源利用，因而建立科學的會計檔案管理方法，夯實
會計檔案管理基礎工作顯得尤為必要。
一、當前農村信用社會計檔案管理中存在的主要問題：
2、重視有形會計資料歸檔，輕視無形會計檔案管理。近年來，農村信用社電子化建設日新月異，會計電算化逐步融入農村信用社各個業務領域，並逐漸取代了傳統的手工操作。雖然實行會計電算化後，由計算機生成的會計資料仍然按規定定期形成了較為系統、完整的書面資料，並納入了會計檔案管理之中，但是對會計軟體及其生成的電子數據並未納入或未全部納入會計檔案的管理範疇，由此造成此類會計檔案的缺項，其後果是在很大程度上影響了會計檔案的正常使用及科學利用的效率，從而使會計電算化僅僅停留在代替手工記賬、代替手工編制會計報表等簡單而單一的功能階段，未能發揮其更為強大的其他功能。以農村信用社儲蓄業務為例，每個網點每年跟儲蓄有關的業務憑證、賬簿，少則上百本多則幾千本，一旦需查詢相關數據，其過程和耗費的精力可想而知，而如果將相關電子數據一併歸檔，當然其中包括其適用的程式、軟體，查詢起來定然會非常迅速、方便，但就目前現狀來看，這方面的工作確實做得不夠。同時，由於農村信用社點多面廣，尤其是多級法人結構的特殊性，使得農村信用社電子化建設缺乏統一的規劃，開發利用的會計軟體五花八門，數據間的不兼容性使得各級機構對淘汰或更新了的應用程式和軟體疏於管理，如不能及時將備份數據歸檔和保留形成會計檔案數據的背景信息，勢必導致舊系統中形成檔案在新系統中不能讀取，將造成大量數據資源的浪費，給今後的會計核算工作造成一定的損失。
3、重視本單位會計檔案管理，輕視下屬機構會計檔案管理。按《會計檔案管理辦法》規定：當年形成的會計檔案，在會計年度終了後，可暫由會計機構保管一年，期滿之後，應當由會計機構編制移交清冊，移交本單位檔案機構統一保管。但在實際工作中，由於大多數農村信用社機構會計檔案是由會計部門兼管，部分會計機構管理人員對會計檔案及時、按期歸檔的重要性認識不足，至使下屬機構會計檔案不能及時催收、歸檔到位，即使下級機構上交會計檔案，所移交的會計檔案也未得到與本單位會計檔案的“同等待遇”，往往維持原狀“束之高閣”，這顯然不利於單位對所有會計檔案進行科學有效管理。
4、重視會計數據的交接,忽視會計檔案的移交。會計檔案的移交本應是會計人員工作調動和網點合併等業務交接的一項重要內容，但在實際工作中卻並未引起重視。一方面，部分網點會計人員辦理業務交接時，往往只辦業務數據的交接，而對會計檔案要么未辦交接，要么象徵性的以會計檔案保管登記簿代理移交清單簽字了事;另一方面，部分單位會計人員對網點合併的會計檔案移交手續不清、責任不明，造成所移交的會計檔案管理混亂，不僅查找起來非常困難，甚至有些單位還有會計檔案遺失而無從追責。