其次，繁重的環保工作任務與環保隊伍能力建設之間的矛盾加劇。環保工作長期性、艱巨性和複雜性的特點，以及知識經濟和信息社會的快速發展，對環保工作不斷提出新要求，環境保護必須與時俱進，環保隊伍必須不斷提高自身的政治、理論、業務、技術素質和監督管理能力，加強科技、標準、監測、信息、宣傳教育工作，採用現代化技術和手段，培養和建立一支高素質的隊伍，才能勝任日益繁重的環保工作，有所作為，得到黨委、政府的支持和人民的信任。但在工作實踐中，環保隊伍能力建設又受到各種社會因素的制約。比如，為加快個體、私營企業的發展，各地、各部門相斷出台了一系列優惠鼓勵政策，有的地方甚至將減免排污費，不要興建治污設施等違法行為也列入了引資優惠範圍。如某縣政府就下文，對企業實行所謂的“封閉式”管理，掛牌保護，規定環保部門每年只能到企業檢查一次，且不準收費，否則不問原因，不徵詢意見，對一把手就地免職。給環保執法人員帶來很大壓力，對環保部門嚴格執法造成很大困難。再者，在全面推行政務公開，進行環保部門行風評議過程中，環保部門作為行政執法單位，要向人大代表述職，要接受行風評議，但很多人大代表本身就是企業的老闆，有的則是行風評議員，對環保執法人員有很大的制約性，客觀上造成了環保執法人員投鼠忌器，難以保證客觀、公正執法，給環保隊伍建設造成很大影響。
再次，環保部門的工作依賴性進一步加大。“十五”期間，環保工作的重點有所變化，呈現出三個新的特點。一是污染治理由工業點源控制向面源控制的轉變。“九五”以來，工業污染源得到了有效的控制，水環境污染控制的重點已從點源發展到流域、區域，生活污水和農業化肥污染在水污染排放總量中所占的比例呈上升趨勢，面源污染成為環境惡化的主要問題，環境污染也由城鎮向農村蔓延。農用化肥近70%通過各種途徑進入水體， 種植業使用化肥和農藥所造成的面源污染影響越來越大。特別是我國成功加入wto以後，規模化生產成為農業發展的必然趨勢， 但規模化農業帶來的土壤侵蝕作用加劇，面源污染加重，畜禽養殖業廢棄物成災，生物多樣性豐度下降等問題也將更加突出。發展生態農業、有機農業成為農業結構調整的必然選擇。二是城市環境治理由工業污染治理向綜合整治的轉變。城市化是社會發展的必然趨勢，但由此而帶來的城市環境問題也將更加突出。大部分城鎮生活污水排放量大大超過工業污水排放量，生活污水成為城市水污染的主要問題。由於機動車擁有量不斷增長，機動車尾氣污染日益嚴重，交通幹線污染加重，城市空氣污染不斷加劇。城市餐飲業油煙污染及建築施工噪聲已成為嚴重的擾民因素，生活垃圾由於得不到合理的處置，白色垃圾污染成為新的社會熱點問題，加快城市環基礎設施的建設已成為人民民眾的迫切願望。三是由工業污染控制向工業污染和生態保護並重的轉變。良好的生態環境是經濟發展的基礎，脆弱的生態環境不僅加劇了自然災害，而且還制約著經濟的持續發展。就拿我們xxx市來說，全市森林覆蓋率不足20%，其中防護林僅占10.2%，比重偏小，樹種單一，抗禦病蟲害的能力十分低下。全市水土流失面積已占總面積的60%以上，且土地的肥力日漸降低。 何況，發展旅遊業越來越成為經濟振興的重要途徑，對於擁有資源優勢、區位優勢、人文優勢的xxx來說，發展旅遊業對於實現區域經濟跨躍式發展顯得尤為重要，而良好的生態環境對發展旅遊，改善生活環境具有十分重要的作用。環境保護具有巨觀性、社會性和綜合性的特點，涉及到很多部門，其中包括計委、經貿、城建、土地、水利、林業、農業、工商、公安、供電、監察、金融、礦產等。要做好環境保護工作，徹底改善環境質量，不是環保部門一家事，也決不是環保部門一家的力量所能夠做到的。