1、農信社不良貸款居高不下，信貸結構調整難度大，成為制約農信社擴大農業貸款投放的主要因素。如廣東徐聞縣農信社，4月末各項貸款餘額為4.95億元，其中不良貸款為3.7億元，比例高達74.7%。
2、貸款抵押難，貸款風險責任問題是農信社難貸款的又一重要原因。在農村,辦理貸款抵押十分困難,因為農民沒有房地產權證、固定資產所有權證等抵押物品，根本無法辦理抵押手續。而目前許多農信社都大力提倡貸款追究責任制度，將貸款運用指標分配到各基層農信社的同時，也通過貸款第一責任人制度將貸款責任壓到了每個信貸員身上。因而，為避免出現新的不良貸款現象，信貸員慎之又慎，為求穩而少放貸款以防範風險的作法也就成了理所當然的選擇。
3、信貸人員整體狀況不適應當前農村金融發展的要求。由於農信社許多信貸員的文化水平、思想素質、經營理念等較低，加上激勵機制與約束機制不夠統一，信貸員缺乏放貸的積極性。另外，實行減員增效後，農信社信貸員的工作範圍和工作量成倍增加，加上信貸員年齡老化，信貸員想增加信貸投入的動力和創新工作的能力明顯不足。
4、農信社對“三農”理解過於偏狹。農信社貸款撇開了對農村工商業的支持，致使農村個體工商戶和涉農工商企業不得不向其它金融機構尋求貸款支持，這對農信社發展和培養農村優質客戶十分不利，也造成農信社難以有效地發放大額貸款，難以擴大貸款規模。
如何解決“貸款難”與“難貸款”的癥結
如何有效解決農民“貸款難”和信用社“難貸款”這對矛盾，已經成為當前農村金融發展面臨的主要問題。
1、全面推廣農戶小額信用貸款，加大農戶聯保貸款推廣力度，解決農戶貸款擔保難問題。農信社要將新增存款的60%以上用於發放農戶貸款，力爭農戶貸款面達到40%，農業地區的農信社當年的農戶貸款面要達到50%以上。農信社發放農戶小額信用貸款，要堅持農戶自主申請、自主用款、自主還本付息和農信社自主審查、自主發放、主動收回貸款的原則。同時，根據各地不同情況，根據農戶的合理需要，擴大貸款使用範圍，更好地為農戶提供好金融服務，使農民貸款需求基本得到解決。
2、農信社要與當地政府攜起手來，共同實施農村“信用工程”。針對部分農民信用觀念淡薄，逃廢銀行債務等不良現象，農信社要結合農信社貼近農民、面向農村的實際，充分發揮基層村黨支部、村委會、村組幹部的作用，利用村黨支部、村委會、村組幹部熟悉情況、威信較高的優勢，讓他們充當信用社的“業務顧問”和“信貸指導員”，通過調查農戶生產經營和收入狀況，實事求是地向信用社推薦借款人，成為聯接農民與農信社的橋樑和紐帶，幫助信用社把好貸款調查關，既幫助農戶擴大了生產經營規模，又督促信貸戶還貸付息，確保資金放得出、收得回。貸款特別是農戶貸款的大量增加，不僅有效地解決農民貸款難的問題，而且可以最佳化信用社的資產質量，改善信用社的經營狀況。目前，一些地方的農信社和當地政府攜手合作，共同打造農村“信用工程”，已經取得了明顯的效果。
3、農信社要改進工作作風，結合農戶貸款證制度，簡化信貸手續。長期以來，信貸手續繁雜、信貸員服務態度差是制約農民貸款的主要因素。農信社要結合當地特點，推行“客戶一證通”、“農產信用證”、“興農致富卡”等方便農戶貸款新措施，採取一次核定、一次簽約、隨用隨貸、周轉使用，存貸匯通用，使貸款方式更加靈活，以加大貸款發放量。目前，“客戶一證通”已在一些地方推廣使用，深受農民歡迎。