縣級人民政府組織和督導企業自查是整個清倉查庫的基礎環節，對提高清倉查庫的效率具有重要作用。縣級人民政府要精心組織部署，按照清倉查庫的統一要求，督促本地納入檢查範圍的所有企業，切實做好自查工作。企業在完成自查的同時，要為下一步市級普查、省級複查和國家抽查做好充分準備。
市級普查是確保清倉查庫工作質量的關鍵環節。市級人民政府要切實按照“有倉必到，有糧必查，有賬必核，查必徹底”的原則，對本地區納入檢查範圍的糧食企業庫存情況逐一進行全面普查，確保檢查結果真實、準確。
省級複查由省人民政府採取隨機抽樣、突擊檢查和暗查等多種方式，對市級普查和縣級自查的工作質量進行覆核。省級複查要突出對重點地區、重點企業和重點環節的深入檢查，並對市級普查和縣級自查工作質量情況和檢查結果作出評估。
普查、複查均採取省內綜合交叉的檢查方式，對參與檢查的人員按照“統一抽調、混合編組、集中培訓、綜合交叉、本地迴避”的原則在轄區內擇優選調和安排。從縣（市、區）抽調參加市級普查的人員不得參與對本縣（市、區）的普查工作，從市抽調參加省級複查的人員不得參與對本市的複查工作。
自查、普查、複查的具體檢查方法，按照《XX年全國糧食清倉查庫檢查方法》執行，另文下發。
四、清倉查庫進度安排
（一）準備階段
1.成立機構。XX年2月底前，各市、縣人民政府都要成立糧食清倉查庫工作領導小組及辦事機構，並將機構設定和人員名單等情況報送上一級糧食清倉查庫工作機構備案。
2.制定和下發清倉查庫實施方案。各市、縣人民政府要根據國辦發〔XX〕118號檔案精神和本實施方案要求，結合本地實際，逐級細化制定本轄區內清倉查庫的具體實施方案，並報上一級清倉查庫領導機構備案。市級實施方案要在XX年2月底前報省級領導小組辦公室備案。
3.動員和培訓。XX年2月中旬前，省級領導小組辦公室組織業務骨幹和師資參加全國部際聯席會議辦公室組織的培訓。XX年3月中旬前，省級領導小組辦公室完成全省參加省級複查、市級普查和督導企業進行自查的全體檢查人員的培訓任務。培訓內容以本實施方案、《XX年全國糧食清倉查庫檢查方法》為主。XX年3月下旬，全省各級人民政府要完成清倉查庫工作的動員和部署。
4.其它準備。各級領導小組辦公室和被查企業，應按照本實施方案和市、縣領導小組辦公室制定的具體方案要求，備齊相關檔案、賬務和報表資料，提前準備工作底稿，對不規則貨位進行形態整理，備齊經質量技術監督部門檢定合格的計量和質量等檢查工具。考慮到個別存糧數量較少、糧堆形狀難以規範的貨位需要採用稱重法檢查糧食數量，各市應根據清查工作需要，提前配置少量移動式散糧自動秤。
（二）自查階段
4月5日前，縣級人民政府要督促和指導本地納入檢查範圍的所有企業認真自查，完成情況匯總，並上報市級領導小組辦公室。確因統計、賬務等資料匯總分解任務重的，自查階段可延至4月10日完成。被查企業要根據自查情況認真填寫各類工作底稿和匯總表格，準備與檢查當日糧食庫存實際情況一致的貨位平面圖、貨位明細表