與上述股權投資所得稅規定相比較，長期股權投資成本法的會計處理，與之基本接近，權益法的會計處理則與之存在明顯區別。新會計準則中按權益法確認投資收益的計量基礎有所變化，要求投資企業以取得投資時被投資單位各項可辨認資產等的公允價值為基礎，對被投資單位的淨利潤進行調整後予以確認。但權益法確認投資收益的基本原則未改變，仍然強調投資企業對被投資單位收益的享有權：按照應享有的被投資單位淨收益的份額，確認投資收益並調增長期股權投資的賬面價值；投資企業按照被投資單位宣告分派的利潤或現金股利計算應分得的部分，相應減少長期股權投資的賬面價值。對於權益法下確認的投資收益和長期股權投資賬面價值的調整數，稅收上不予確認，一方面導致當期會計利潤與應稅所得產生差異，需要作納稅調整；另一方面導致該項長期股權投資賬面價值與計稅基礎不一致，產生未來（在被投資單位分配利潤時）應納稅的暫時性差異。
此種暫時性差異有其特殊性。如果投資企業適用的所得稅稅率不高於被投資單位的稅率，該差異無須確認遞延所得稅負債，即未來分得利潤時無須繳納所得稅；如果投資企業適用的所得稅稅率高於被投資單位的稅率，除國家稅收法規規定的定期減稅、免稅優惠以外，應還原為被投資單位稅前收益後乘以雙方稅率差，確認遞延所得稅負債，在實際分得利潤時繳納所得稅。但若該項收益在投資持有期間未分配，待投資處置清算時構成處置所得，則無論被投資單位所得稅稅率如何，均應按投資企業所得稅稅率補足應繳所得稅額。在實務中，此項收益是採取利潤分配形式還是作為轉讓所得處理，兩者相比較，實際繳納的所得稅額有所不同，企業可以根據具體情況進行納稅籌劃。
3.涉及被投資單位所有者權益其他變動的差異。
對於被投資單位除淨損益以外所有者權益的其他變動，稅收法規不允許調整長期股權投資的計稅成本；但權益法下允許按照持股比例調整長期股權投資的賬面價值並計入資本公積，兩者的區別導致暫時性差異的發生。由於此項資本公積在處置該項投資時視為資產價值實現而轉入當期損益，故應按投資企業適用稅率確認遞延所得稅負債或資產。
4.涉及投資損失的差異。
對於被投資單位發生的經營虧損，稅收法規出於不得重複抵扣的考慮，明確由被投資單位按規定結轉彌補，投資企業不得調減其投資成本，也不得確認投資損失；權益法的會計規範基於充分反映投資企業應承擔責任的信息披露要求，規定按照應分擔被投資單位淨虧損的份額，確認投資損失並調減長期股權投資的賬面價值，兩者的區別導致暫時性差異的發生。
5.涉及投資減值損失的差異。
對於股權投資的減值損失，稅收法規遵循據實扣除原則，除國家稅法規定（如發生永久或實質性損害等）外，對企業計提的資產減值準備不允許在所得稅前扣除；會計準則規定，企業可以採用一定方法預計資產減值損失，同時抵減資產賬面價值。兩者對於資產減損的判斷標準和確認時點不同，導致產生資產賬面價值低於計稅基礎的暫時性差異。
（三）涉及股權投資處置的差異
所得稅法規對於企業股權投資轉讓所得或損失的認定，是指企業因收回、轉讓或清算處置股權投資的收入減除股權投資成本後的餘額；會計上根據所處置長期股權投資的賬面價值與實際取得價款的差額計量處置損益。兩者對於處置損益的計量差異，應當在處置當期進行納稅調整。一般情況下，隨著股權投資的處置，該項資產賬面價值與計稅基礎均趨於零，該項投資以前確認的暫時性差異不復存在，與此有關的遞延所得稅資產或負債也應予以轉銷。
對於企業因收回、轉讓或清算處置股權投資而發生的股權投資損失，按稅收規定可以在稅前扣除，但每一納稅年度扣除的股權投資損失，不得超過當年實現的股權投資收益和投資轉讓所得，超過部分可無限期向以後納稅年度結轉扣除。如果清算處置發生的投資損失當年未能抵扣完，從所得稅會計角度而言，即形成一項未來可抵扣的所得稅利益，但其賬面價值為零，於是在該項投資結束時又產生一項未來可抵扣的暫時性差異。
三、所得稅法規與新會計準則的協調
（一）稅收法規對稅基的確定應更加清晰
稅法上對資產的取得成本、後續調整及處置成本的規範，直接關係到計稅基礎的認定，從而影響所得稅會計準則的實施。我國現行有關所得稅的稅收法規中，著重規範“應稅收入確認”和“稅前扣除”兩個環節，而對於資產、負債的計稅基礎的規定有時比較含糊，可能導致理解上的歧義。例如，《國家稅務總局關於企業股權投資業務若干所得稅問題的通知》規定：企業股權投資轉讓所得或損失是指企業因收回、轉讓或清算處置股權投資的收入減除股權投資成本後的餘額。這裡的“股權投資成本”含義不明確。又如，國稅發*號文《企業所得稅稅前扣除辦法》規定，納稅人發生合併、分立和資本結構調整等改組活動，有關資產隱含的增值或損失在稅f上已確認實現的，可按經評估確認後的價值確定有關資產的成本。此處有關資產“隱含的增值或損失在稅收上已確認實現”究竟指哪些情況？即何種情況下投資等資產的稅基可以調整？實施新會計準則，企業及其會計人員必然會對資產、負債的計稅基礎更加關注，稅收上應針對新會計準則的實施，強化對資產、負債稅基的規範，使之更具明晰性和可操作性。