一篇完整的論文主要有標題、摘要、關鍵字、正文、注釋、和參考文獻這六部分組成。注釋是指論文中的一些專業辭彙的解釋。一般通過兩種途徑可找到，一種是通過專業工具書(專業詞典)。另一種最簡便的方法就是在搜尋引擎(百度、谷歌、雅虎等)裡面輸入該專業辭彙即可查到。許多作者不了解參考文獻與注釋的區別，相當多的人將參考文獻作為注釋寫於當頁之下，這是不規範的。
《中國學術期刊(光碟版)檢索與評價數據規範》中十分清楚地規定：“參考文獻是作者寫作論文著作時所參考的文獻書目”，一般集中列於文末;注釋是對論著正文中某一特定內容的進一步解釋或補充說明，一般排印在該頁地腳。參考文獻序號用方括弧標出，而注釋用數字加圓圈標註(如①②……)”。可見，參考文獻與注釋有著顯著的區別，作者在撰寫論著時應嚴格將其區分開來標註.
參考文獻和注釋對於一篇科研論文具有重要的意義。雖然並非每篇論文一定要有參考文獻和注釋，但完整、規範的參考文獻和注釋，能使論文顯得更具有科學性、客觀性，為論文更添一份可信度，同時也有利於大型資料庫的建立以及對文獻數據進行交換、處理、檢索、評價和利用。為此，清華大學《中國學術期刊(光碟版)》雜誌社制定了一套技術規範――《中國學術期刊(光碟版)檢索與評價數據規範》，對檢索與評價數據主要項目(包括參考文獻和注釋)的名稱、代碼、標識和編排格式等等，提出了一些建議。1999年，新聞出版署發文要求所有進入光碟版的期刊參照執行。該規範的制定和實施，有利於科研成果的信息化。但在參考文獻與注釋的具體注錄中，各種期刊存在著一些明顯不同的做法，從而使這一問題顯得比較隨意和混亂。為此，本文試圖對這一問題進行分析，並對二者的區分與處理作一些探討.
一、“參考文獻”與“注釋”的內涵
(一)關於“參考文獻”，
在學術論文的寫作過程中，我們必然要提及他人的研究成果，因為從科研的規律來看，任何研究都是在前人研究的基礎上進行的。這一提及他人科研成果的過程，就是參考或引用。
《辭海》(1999年版)的解釋是：“參考：參合他事他說而考察之;參酌”;“文獻：原指典籍與賢者。後專指有歷史價值的圖書文物資料。亦指與某一學科有關的重要圖書資料。今為記錄有知識的一切載體的統稱，即用文字、圖象、符號、聲頻、 視頻等手段以記錄人類知識的各種載體(如紙張、膠片、磁帶、光碟等)。”至於“參考文獻”則沒有專門的條目。
我們再看幾個規則的相關規定。
《文後參考文獻著錄規則》(gb7714-87)提出，文後參考文獻指“為撰寫或編輯論著而引用的有關圖書資料”。當然，在這裡，“引用”可以是直接引用原文，也可能是間接引用即借鑑、吸收其思想、觀點;而“文後”二字，則表明參考文獻與正文有明顯區別，即是置於正文之後的一類東西。
《中國學術期刊(光碟版)檢索與評價數據規範》的說法是：“參考文獻是作者寫作論著時所參考的文獻書目。”這裡強調“參考”二字，即這些文獻資料對作者寫作該文起了參酌、參照的作用。
《中國高等學校社會科學學報編排規範》(修訂版)關於參考文獻有這樣一段規定：“參考文獻的著錄應執行gb7714-87《文後參考文獻著錄規則》及《中國學術期刊(光碟版)檢索與評價數據規範》規定，採用順序編碼制，在引文處按論文中引用文獻出現的先後以阿拉伯數字連續編碼，序號置於方括弧內。一種文獻在同一文中被反覆引用者，用同一序號標示，需表明引文具體出處的，可在序號後加圓括弧註明頁碼或章、節、篇名，採用小於正文的字號編排。”從這段文字可以看出，該規範沒有明確論及什麼是參考文獻，但基本是沿襲前兩個規範的做法，並且明確將引文列入參考文獻。
《中國高等學校自然科學學報編排規範》(修訂版)關於參考文獻有這么幾段話：“為了反映論文的科學依據和作者尊重他人研究成果的嚴肅態度以及向讀者提供有關信息的出處，應在論文的結論(無致謝段時)或致謝段之後列出參考文獻表”，“參考文獻表中列出的一般應限於作者直接閱讀過的、最主要的、發表在正式出版物上的文獻。”在這裡，不僅指明了列出參考文獻的目的，而且就其內容做出了一定的要求。
(二)關於“注釋”：
《辭海》(1999年版)：“注釋：亦稱‘註解’，指對書籍、文章中的詞語、引文出處等所作的說明。”注釋作為書籍和論文的附屬檔案，最早產生於漢代，曾有傳、注、故、訓、箋、疏、章句、解詁等名稱，後通稱為“注”，相對於“白文”而言。當時的所謂“白文本”，即指先秦著作不加注釋、音訓、疏解的純正文本。
我們來看一下有關規範關於“注釋”的說法：
“注釋是對論著正文中某一特定內容的進一步解釋或補充說明”。――《中國學術期刊(光碟版)檢索與評價數據規範》)
“注釋主要用於對文章篇名、作者及文內某一內容作必要的解釋或說明。” ――《中國高等學校社會科學學報編排規範》(修訂版)：
“解釋題名、作者及某些內容，均可使用注釋”。――《中國高等學校自然科學學報編排規範》(修訂版)
可以看出，三個規範有關注釋的規定基本一致，但在注釋的對象問題上略有不同，《中國學術期刊(光碟版)技術標準規範》僅限於正文內容，而其他兩個規範擴展到了對題名(或篇名)、作者的解釋。
(三)參考文獻與注釋的區別：
以上是摘錄了各規範有關“參考文獻”和“注釋”的規定。關於二者的區別，《中國學術期刊(光碟版)技術標準規範》明確從內容、形式、編排位置等方面試圖對二者做出區分：
“參考文獻是作者寫作論著時所參考的文獻書目，一般集中列表於文未;注釋是對論著正文中某一特定內容的進一步解釋或補充說明，一般排印在該頁地腳。參考文獻序號用方括弧標註，而注釋用數字加圓圈標註(如①、②…)。”這種規定，努力將二者區分開來，在實際寫作中也具有較強的可操作性，並在實際操作中常常出現這樣兩種情況：一是引文一律被當作參考文獻處理，二是論文中的注釋極少或者說大多沒有。
二、實際工作中存在的問題
規定似乎已經清晰明確，然而在實際操作中，更多的事實是，由於規定的並未精確到位以及以往的習慣，學術論文的作者以及期刊編輯在這個問題上存在太多的隨意與混亂。我們不妨看幾個例子：
《教育研究》(中國期刊方陣雙效期刊)XX年第1 期p30：
注釋：
①樊浩.教育倫理本性與倫理精神前提[j].教育研究，XX，(1).
②王小錫.經濟論理與企業發展[m].南京：南京師範大學出版社，1998.66-71.
…… ……
注1的正文內容為：
“最近，樊浩教授撰文專門探討了‘教育的倫理本性與倫理精神’問題”，提出了倫理精神是教育共同體的人文本性的核心，教育共同體是一個倫理實體的重要論斷。①(p25)
可以看出，這裡的“注釋”，如果按照《中國學術期刊(光碟版)技術標準規範》的規定，分明就是“參考文獻”，但又採用了“注釋”的外在形式――用數字加圓圈標註。
我們再看《南京師大學報(社會科學版)》(中國期刊方陣雙效期刊、中國綜合性人文社會科學類核心期刊)XX年第6期中的幾例：
及至中世紀，基督教徒也高舉自由主義旗幟，宣揚“耶穌就是一個自由探索原則的提倡者，一個創建文明的偉大英雄，正式他使人類從迷信中解放出來” [1](p.83) 。(p5)
在這裡，直接引文被處理為參考文獻：
參考文獻：
[1]弗里德利希·包爾生.倫理學體系[m].北京：中國社會科學出版社，1998. (p8)
再看：
也正是在這個意義上，黑格爾才說，自由作為一種普遍精神，作為現存世界、自我意識以及人之根本意志的根本性規定，就像“重力是物的根本性規定一樣”，不僅為自然界所固有，也為人類所固有;而且自由只有作為意志、作為主體才具有現實性。(p5)
然而，這裡對黑格爾觀點的間接引用，既沒有標為參考文獻，也沒有標為注釋。
我們再看：
所以在英國儘管也有排除司法審查的規定，但法院總是根據“越權無效”的原則使排除司法審查的法律條款要么完全不發生作用，要么只在一個小範圍內發生。① (p49)
這裡則被處理為注釋，排於當頁地腳：
①參見[英].威廉·韋德：《行政法》，中國大百科全書出版社，1997年版，第43-52頁。(p49)