寫論文時，參考文獻的引用是一件很麻煩的事，每個雜誌要求的文獻格式是不一樣的，包括在文章中插入的方法和在文章後面排列的格式和順序等都不同。根據排列順序，主要分為兩種：一是按插入順序排序，二是按作者的姓名排序。
如果是按作者姓名排序，文章內容如果要改動(包括移動、插入或刪除)，對參考文獻在最後的排序影響不大，編號也好改。但如果是按插入順序排序(國內的絕大部分雜誌和國外的許多雜誌都是這樣的)，則文章如有改動，參考文獻的增刪和重新排序的工作就會變得很煩瑣，而且容易出錯。有的編輯對這方面的要求很嚴格，把參考文獻的格式作為筆者是否認真的一個重要衡量標準。所以，參考文獻是我們寫論文時不容忽視的一個環節。有一個很出名的軟體reference manager是專門用來管理參考文獻的，它功能很強大，能對文獻進行二次檢索、管理，與word結合還可完成論文中參考文獻的插入，相信很多高手都用它解決了參考文獻的插入問題。但這個軟體不是免費的(d版的不算)，而且對於一些不是很高手的人來說，把rm的功能都開發出來也不是件容易的事。我對rm就掌握得不是很好，但我發現其實只要簡單地用word中的插入章節附注的功能就能很好地解決按插入順序排序的論文中參考文獻的排序問題。
方法如下(以wordXX為例)：
1.游標移到要插入參考文獻的地方，選單中“插入”——“腳註和章節附注”。
2.對話框中選擇“章節附注”，編號方式選“自動編號”，所在位置建議選“節的結尾”。
3.如“自動編號”後不是阿拉伯數字，選右下角的“選項”，在編號格式中選中阿拉伯數字。
4.確定後在該處就插入了一個上標“1”，而游標自動跳到文章最後，前面就是一個上標“1”，這就是輸入第一個參考文獻的地方。
5.將文章最後的上標“1”的格式改成正常(記住是改格式，而不是將它刪掉重新輸入，否則參考文獻以後就是移動的位置，這個序號也不會變)，再在它後面輸入所插入的參考文獻(格式按雜誌要求來慢慢輸，好像沒有什麼辦法簡化)。
6.對著參考文獻前面的“1”雙擊，游標就回到了文章內容中插入參考文獻的地方，可以繼續寫文章了。
7.在下一個要插入參考文獻的地方再次按以上方法插入章節附注，就會出現一個“2”(word已經自動為你排序了)，繼續輸入所要插入的參考文獻。
8.所有文獻都引用完後，你會發現在第一篇參考文獻前面一條短橫線(頁面視圖里才能看到)，如果參考文獻跨頁了，在跨頁的地方還有一條長橫線，這些線無法選中，也無法刪除。這是章節附注的標誌，但一般科技論文格式中都不能有這樣的線，所以一定要把它們刪除。
9.切換到普通視圖，選單中“視圖”——“腳註”，這時最下方出現了章節附注的編輯欄。
10.在章節附注右邊的下拉選單中選擇“章節附注分隔設定”，這時那條短橫線出現了，選中它，刪除。
11.再在下拉選單中選擇“章節附注延續分隔設定”，這是那條長橫線出現了，選中它，刪除。
12.切換回到頁面視圖，參考文獻插入已經完成了。這時，無論文章如何改動，參考文獻都會自動地排好序了。如果刪除了，後面的參考文獻也會自動消失，絕不出錯。
13.參考文獻越多，這種方法的優勢就體現的越大。在寫畢業論文的時候，我就是用這個方法分節插入參考文獻的.
存在一個小問題：如果同一個參考文獻兩處被引用，只能在前一個引用的地方插入章節附注，不能同時都插入。這樣改動文章後，後插入的參考文獻的編號不會自動改動。哪位高手有什麼辦法解決這個問題也來交流一下。
其實也不難
1,單擊要插入對注釋的引用的位置。
2,單擊“插入”選單中的“交叉引用”命令。
3,在“引用類型”框中，單擊“腳註”或“章節附注”。
4,在“引用哪一個腳註”或“引用哪一個章節附注”框中，單擊要引用的注釋。
5,單擊“引用內容”框中的“腳註編號”或“章節附注編號”選項。
6,單擊“插入”按鈕，然後單擊“關閉”按鈕。
不過得注意：word 插入的新編號實際上是對原引用標記的交叉引用。如果添加、刪除或移動了注釋，word 將在列印文檔或選定交叉引用編號後按 f9 鍵時更新交叉引用編號。如果不容易只選定交叉引用編號，請連同周圍的文字一起選定，然後按 f9 鍵。
參考文獻作為章節附注，在字型及與正文的默認距離等方面都有較大差異。現在我已經完全不用這種辦法排版參考文獻了，而是轉用isi公司出品的endnote(巧的是，這個軟體的名字居然也是“章節附注”的意思),reference manager等軟體了，尤其對參考文獻的管理及任意調整格式等操作非常方便。至於數學公式和科技符號較多的文檔，我還使用latex排版系統(許多國際期刊都支持這種投稿的)，也頗為方便。
認為en等工具沒有word的章節附注方便，那是因為還沒有真正去嘗試過使用en及rm等工具，或者說沒有遇到投很多次稿的經歷吧,endnote，感覺最方便的地方在於這幾點：
1) 參考文獻庫一經建立，以後在不同文章中作引用時，既不需重新錄入參考文獻，也不需仔細地人工調整參考文獻的格式。而且參考文獻很多情況下可以直接從網上下載導入至庫中，很方便。可謂一勞永逸。這一點是word的章節附注絕對無法比擬的。
2) 對文章中的引用進行增、刪、改以及位置調整都會自動重新排好序。文章中引用處的形式(如數字標號外加中括弧的形式，或者是作者名加年代的形式，等等) 以及 文章後面參考文獻列表的格式都可自動隨意調整。這對修改退稿準備另投它刊時特別有用。
3) endnote並非對中文完全不支持，只是在顯示中文時會成亂碼，但其功能不受影響。實際上，真正的不方便之處在於中英文混合引用的時候。這時，由於習慣不同，中英文文獻格式會出再混亂。比如，某個文獻的多位中文作者排列時出現類似“劉某某,張某某,et al”字樣而不是中文習慣里的“劉某某、張某某，等”字樣。4) 與word的真正協同功能。安裝了en後，自動在word中建立了一個新的工具列，我們在寫作時最常用的幾項功能都只需簡單點擊這個工具列即可。