公文的主題詞是適應機關辦公自動化、公文處理規範化的需要，從公文標題選取轉換出來的，能反映公文主題概念的詞或詞組。公文主題詞的標引主要依據是由國務院辦公廳秘書局制定的《國務院公文主題詞表》。此外，各地區和各行業都結合自身公文處理實際，制訂了各自的主題詞表。我們水利部黃河水利委員會公文處理的主題詞標引，使用《黃河水利委員會公文主題詞表》。
一、主題詞標引程式"三步"走
第一步：審讀檔案，分析主題。
首先通讀公文，了解公文的主要內容和發文意圖。一般來說，審讀檔案標題，進行主題詞標引是文秘人員常用的方法。如檔案標題能概括公文的主要內容，就從標題入手分析主題。否則，就要從公文的內容入手進行主題分析。
其次分析主題。首先看一篇公文標題是單一型的主題還是多個主題。單主題標引時用多個表達同一概念主題詞，多主題用分組的多個主題詞分別表達各自的主題概念。
分析主題重點是主題結構分析。即分析主題裡面的主要成分和次要成分以及它們之間的關係。《黃河水利委員會公文主題詞表》將主題結構次序分為主體因素、通用因素、空間因素、文種因素五類。
第二步：提煉、轉換主題概念。
經過分析主題類型和主題結構後，就掌握了一份檔案的全部主題概念。對這些主題概念，並不完全需要標引出來，而應當去粗取精，有所取捨。要提煉標引那些最重要的、專指性最強的主題概念，捨棄一般的主題概念。
對提煉出的公文真正具有檢索意義的主題概念，查公文主題詞表將其準確、規範、科學地轉換成主題詞。查表取詞的主要途徑：（1）直接查字順表，適用於析出的主題概念與主題詞表的詞一致或接近。可以用拼音、也可用部首來查。（2）查範疇索引。主要適用兩種情況，一是公文主要內容集中於某一範疇，為提高標引效率，可先查範疇索引；二是主題概念一時找不到合適的詞，但範疇比較明確，也可查範疇索引。（3）查詞族索引。適用於查比較複雜的主題概念時，從複合主題的某一詞素入手，克服複雜主題查找時辭彙形式難以確定的困難。
第三步：標引記錄，審核校驗。主題詞成功轉換後，根據《國家機關公文格式》規定，將主題詞標註在公文末頁下部抄送欄目左上側。詞目之間空一字，不用標點符號，按主體、通用、空間、時間、文種等要素，依次進行著錄。
在結束主題詞標引之前，必須對標引結果進行審核。審核的主要內容有：（1）主題概念提煉是否準確、全面，有無漏項；（2）主題詞的轉換是否符合標強規則和組配規則；（3）同類型公文所選用的主題詞是否一致；（4）標引記錄有無遺漏等。如發現問題，及時糾正補救。
二、主題詞標引"三要"
一要準，即主題詞的標引對公文的內容揭失要準確，包括兩個方面的內容，（1）在主題分析過程中對公文主要內容的分析和提煉是否準確，（2）對分析出來的主題概念轉換成主題詞準確。二要全，標引主題儘量能全面反映公文的主題內容，不能漏標。黃委系統公文主題詞最大標引深度不超過7個。三要專，即標引的主題詞與公文主要內容的相符程度，一般說來，對於一個公文主題概念只有一個專指的主題詞。這是衡量主題詞揭失主題概念精度的一個重要因素。
三、主題詞標引"三不"
一是不能使用表外詞。有很多人在標引主題詞時，往往都是從標題中抽取幾個關鍵字進行標引，根本沒有由於使用主題詞錶轉換，致使標引的主題詞出現了表外詞，這是主題詞標引的大忌。
二是不能顛倒順序。主題詞的標引按照主體()、通用、空間、時間、文種五大因素的順序排列。但是有很多人都是依據公文的標題，從前向後依次標引。
三是不能字面組配。主題詞標引時經常遇到待標的主題概念沒有現成的主題詞可供直接標引，必須先將該主題概念分解成二個以上的簡單的主題概念，然後再分別用相應的主題詞進行轉換。分解時應將主題概念分解成兩個或多個有交叉關係的子概念，或者是有限定關係的子概念，切忌避免字面拆分。
主題詞標引是一項基礎性工作，也是技術性很強的工作。做好這項工作，不僅需要從業人員熟悉使用的標引工具，熟練掌握標引規則和方法，而且還要掌握相應的專業知識，更需要從業人員嚴謹、認真、踏實的作風。限於篇幅，不再一一贅述。