為保證自查效果，各中心要組織力量有重點地進行督促指導，及時做好政策解釋和諮詢工作，開展內部檢查，儘量把問題解決在自查階段，將自查自糾總結報告和統計表報報局工作領導小組辦公室，由局統一上報縣治理“小金庫”工作領導小組辦公室。，
（二）重點檢查（2011年6月20至10月20日）
在自查自糾基礎上，局“小金庫”治理領導機構要組織開展重點檢查，重點檢查要與加強非稅收入管理、規範津貼補貼、規範行政事業單位經營性資產管理、節約和控制行政成本支出、加強銀行賬戶監管，以及行政事業單位票據管理檢查等工作相結合，也要與財政監管、審計監督、稅務稽查等日常監管工作相結合，整體推進，綜合實施。
重點檢查報告及《“小金庫”重點檢章情況統計表》（見附屬檔案3），局治理“小金庫”工作領導小組辦公室匯總後，於2011年11月5日前報送縣治理“小金庫”工作領導小組辦公室。
（四）整改落實（截至2011年11月中旬）
各中心要針對治理工作中發現的問題，制定整改措施並抓好落實，做到資金資產處理到位、違紀責任人員處理到位。在整改過程中要深入剖析產生問題的原因，完善制度，深化改革，強化源頭治理，建立和完善防治“小金庫”的長效機制。局“小金庫”治理領導機構要加強對整改落實情況的督促指導。局各中心要將專項治理工作情況形成書面報告，於2011年11月5日前報局治理“小金庫”工作領導小組辦公室，由其對局“小金庫”專項治理工作進行全面總結分析，形成專題報告，經局“小金庫”工作領導小組審定後報縣“小金庫”工作領導小組。
四、專項治理的政策規定
對專項治理中發現的“小金庫”，要嚴格按照“依法處理，寬嚴相濟”的原則進行處理．
（一）“小金庫”治理工作鼓勵自查，對自查發現的問題從輕從寬處理。凡自查認真、糾正及時的，對責任單位可從輕、減輕或免予行政處罰，對有關責任人員可從輕、減輕或免予處分。對自查出的“小金庫”，要如數轉入符合規定的單位賬薄，依法進行財務、稅務等相關處理。各單位進行的內部檢查，視同自查。
（二）對被查發現的“小金庫”除依法進行財務、稅務等相關處理外，還要對責任單位和責任人員依法予以行政處罰，並依紀依法追究責任．
對設立“小金庫”負有領導責任和直接責任的人員，依照《設立“小金庫”違紀行為適用＜中國共產黨紀律處分條例>若干問題的解釋》、《設立“小金庫”違法違紀行為政紀處分暫行規定》，嚴肅追究責任。
（三）對專項治理工作中走過場的單位，要及時了解掌握有關情況，給予通報批評並責令整改，對問題嚴重的，要追究主要負責人的責任（四）對在專項治理工作中弄虛作假、壓案不查、對抗檢查、拒不糾正、銷毀證據、突擊發錢、打擊報復的、或重點檢查中發現“小金庫”數額巨大、情節嚴重的，要按照有關規定從重處理。涉嫌犯罪的，移交司法機關依法處理。
（五）《意見》下發後再設立“小金庫”的，對主要領導和直接責任人要嚴肅處理，依據黨紀政紀和有關法律法規追究責任
（六）對專項治理工作中發現的其他違反法律法規的問題，按國家有關法律法規進行處理。
五、專項治理的組織領導