（三）一些地方村黨支部與村委會、村民會議的關係有待於進一步理順。
今年初，中共中央下發的《中國共產黨農村基層組織工作條例》第九條規定：本村經濟建設和社會發展中的重要問題由村黨支部“討論決定”。而村委會組、織法第十九條規定的由村民會議“討論決定”，由村委會執行的八項事宜，卻又都是本村經濟建設和社會發展中的重要問題。有的基層幹部在理解上有偏差。有的村黨支部書記認為既然是村黨支部“討論決定”，就是村黨支部說了算，在具體工作實踐中往往越俎代庖，使村民會議、村委會等民眾自治組織形同虛設，流於形式。“兩套班子一個門，說話辦事全聽一個人”。有的村委會主任認為，自己是民選的，只要執行包括黨員參加的村民會議的決定就行了，至於黨支部書記個人的意見聽不聽無所謂，有的甚至與黨支部爭權。明確村黨支部、村委會、村民會議或村民代表會議的各自職權，明確涉及村民利益問題的民主決策程式，既保證村黨支部的領導核心作用，又保證村中大事真正由大多數民眾說了算，這是亟待解決的重大問題。在這個問題上要樹立三種觀念：一是村委會成員要牢固樹立黨的領導的觀念，維護和尊重村黨支部的領導核心地位，村中重大事情要向黨支部報告；二是黨支部成員要增強民主法制觀念，尊重村委會的法律地位，支持村委會依法開展工作；三是黨支部和村委會都要按照建設社會主義新農村的目標，樹立為民服務的觀念，做到村裡的人事，尤其是與家家戶戶切身利益密切相關的事情，都要經村民大會或村民代表會議討論，不能由少數人說了算。
（四）過錯追究機制有待健全，違法懲處有待立法。
我國刑法把選舉各級人民代表大會代表和政府領導的民主權利，納入了刑法保護範圍，但村級民主權利不在保護之列。民事訴訟法、刑事訴論法、行政訴訟法、行政複議法也主要側重公民的財產權和人身權的保護，村級民主權利也不在其保護之內。村委會組織法也僅僅把村級民主權利的糾錯機制界定在民眾舉報、縣鄉政府、人大及有關部門的調查處理、批評教育、自覺改正。由於缺乏行政糾錯的剛性約束和司法上的違法懲處依據，難以做到違法必糾。因此，違反村委會組織法的行為屢見不鮮，而行政、法務部門查處無據，無可奈何。可以說，這是許多農民多次上訪、甚至越級上訪的主要原因。違法必糾，是社會主義法制建設的重要原則。從長遠來看，健全村民自治的糾錯機制，根本的還是要靠法制，把村級民主納入我國司法實踐之中。從當前來看，除了繼續堅持思想教育，道德感化外，應當研究制定黨紀、政紀若干處罰規定，對違背或踐踏農民村級民主權利的農村黨員或國家公務人員，給予黨紀或政紀處分，以彌補現行法律的不足。
（五）調查研究有待深入，分類指導尚需加強。
儘管修訂後的村委會組織法比試行法要豐富得多，但比起豐富多彩的實踐來說，有些條款的規定依然顯得很原則。如選民資格問題、如何制止賄選問題、罷免村委會幹部的程式問題、保證婦女當選比例問題、村民會議向村民代表會議授權問題等等，都是實踐中遇到的需要認真研究解決的問題。所有這些問題有待進一步深入調查研究，及時掌握情況，以尊重實踐、尊重民眾首創精神的態度，分類指導，並允許在不違背村委會組織法基本精神的前提下，對有關程式性的條規大膽地進行試驗，不斷探索，不斷總結，不斷修訂，把村民自治工作引向深入。