市規劃委：負責城市排水管線、排水河道、泵站等設施工程的規劃管理工作。
市住房城鄉建設委：負責在建捷運等施工現場的安全度汛工作；負責城鎮房屋防汛協調工作；組織對城鎮危舊房屋的檢查；督促屬地房屋管理部門落實房屋防汛責任；指導各區縣對屬地出現險情的房屋進行搶險搶修。
市市政市容委：負責組織督促城六區做好城市道路推水工作；負責防汛突發事件中供氣、供熱地下管線設施的搶險救援工作；視天氣情況提前開啟或延後關閉道路照明。
市交通委：負責檢查、督促有關單位開展市管道路設施水毀搶險工作、一般公路、高速公路及軌道交通既有設施的防汛搶險工作；負責組織協調相關單位落實市級防汛物資運輸車輛儲備、調集、運輸工作；保障公共運輸安全運營、維護客、貨運輸市場秩序，及時調配公共運輸力量疏散因降雨滯留火車站、飛機場的乘客；負責山區一般公路因降雨引發山體塌方阻斷交通的搶險處置工作。負責組織協調有關單位完成市防汛抗旱應急指揮部下達的防汛搶險任務。
市農委：重點負責永定河、潮白河、北運河流域的防汛指揮工作；負責農作物抗旱排澇工作；負責山區土石流易發區農戶搬遷工作。
市水務局：組織河道、水庫、閘壩、泵站等防汛設施和防汛信息化建設、管理和維護，確保工程設施在設計標準內充分發揮作用；負責水文工作管理，做好水文監測和洪水預報工作；組織水毀設施的修復，做好水利工程除險加固工作。檢查、監督各部門排水系統的正常運行。
市商務委：負責組織協調生活必需品以及部分應急物資、防汛物資的儲備、供應和調撥工作。
市衛生局：負責抗洪搶險傷病員的緊急醫學救援、組織災區衛生防疫和醫療救治工作。
市國資委：配合相關部門督促國有企業落實各自安全度汛職責，落實法定代表人安全度汛責任。
市安全監管局：負責指導、協調和監督各廠礦企業做好雨天安全生產工作；負責監督尾礦庫等採礦區安全度汛各項責任的落實。
市園林綠化局：負責協調影響行洪河道及水文站測流樹障的清除工作；負責汛前危樹排查；負責雨天及時清理城區倒樹；負責公園船隻應急調配工作。
市民防局：負責全市人防工程隱患消除和應急搶險的組織工作，監督檢查人防工程維護管理，確保人防工程度汛安全。
北京鐵路局：負責所轄工程及跨河鐵路橋的防洪安全；優先保證運送抗洪搶險救災物資。
中國民航華北地區管理局：負責首都機場及周邊排水等安全度汛工作，協調屬地政府共同做好機場外圍排水。
市通信局：負責組織電信系統的通信恢復工作；為搶險救災、應急指揮提供通信保障。
市氣象局：負責提供實時氣象服務，及時向社會和政府職能部門發布暴雨等災害天氣過程的預報、預警信息；負責組織開展氣象監測、預測、分析等工作。
市公安局公安交通管理局：負責雨天道路交通疏導維護和積水點周邊道路的疏導分流工作，負責組織指揮市政、公聯、首發等路權單位及時打開道路積水點調頭閥疏導交通，維護交通秩序；負責道路交通信息實時播報；負責做好搶險救災現場及路線的交通應急保障工作。
市公安局消防局：負責組織消防部隊配合各專業隊做好應急救援處置工作，必要時，承擔緊急情況下下凹式立交橋、低洼路段、低洼易積水居民區的突擊排水和應急救援任務。