在集中力量建好浙東南化學原料藥出口基地的同時，全省的化學原料藥工業突出兩個發展方向：一是努力改造提高具有競爭優勢和潛在優勢的品種，進一步提高現有主導產品的各項技術、經濟指標。研究套用頭孢菌素抗生素的關鍵中間體7-aca和7-acx的大規模生產技術；廣泛採用高產菌種，提高現有發酵品種的發酵水平和後處理技術；提高合成、半合成藥生產水平及維生素e的生產工藝等關鍵技術水平，提高普利類他汀類、奧美拉唑等合成藥的工藝水平；加強甾體激素的資源開發，運用手性藥物合成技術，解決目前存在的消鏇體拆分和消鏇體處理等難題；加強對頭孢曲松、ve、撲熱息痛等大品種的結晶工藝技術研究，實現計算機輔助控制和操作。二是著力開發高附加值、高市場潛力、高技術含量的新品種，發展一批新的經濟成長點。緊跟國際藥品開發進程，加快仿製一批國外專利失效或即將失效的產品，特別是新型生物及化學藥物，並迅速產業化，努力縮短與已開發國家的差距，積極占領國內外市場。
（二）建設中藥現代化工程
在繼承和發揚傳統中醫藥特色優勢的基礎上，充分利用現代科技的方法和手段，借鑑國際通行的醫藥標準規範，研究開發符合現代用藥習慣、適應國內外市場要求的中藥產品；以藥材生產、中藥工業和中藥科研現代化為重點，建立科工農貿一體化的中藥產業體系，培育一批具有較強市場競爭力的企業集團；加快中藥現代化進程，中藥產業技術水平大幅提高，傳統中藥產業的比較優勢進一步轉化為競爭優勢。"十五"期間，全省中藥現代化工程規劃投入30億元。爭取到XX年，中藥工業銷售收入達100億元，經濟效益居全國前列。
中藥現代化工程主要從藥材生產現代化、中藥工業現代化、中藥科研現代化三個方面著力，實現傳統中藥產業向現代中藥產業提升，促使中藥產業化、國際化水平顯著提高。
--推進藥材生產現代化。推進藥材生產的規範化和標準化，大幅提升藥材生產產業化水平。實現大宗、地道中藥材和重點中成藥品種所用中藥材規範化生產，顯著提高中藥材質量和產量。以產地品質管理為中心，有重點地推行藥材種植管理規範（gap），建成5個以上符合gap要求的種植示範基地，全省藥材規範化種植面積超過30萬畝。積極推廣套用生物技術和新型育種、栽培技術，發展名貴中藥材種植，創建優質藥材品牌。
--推進中藥工業現代化。突出中藥提取、飲片、成藥三個關鍵環節，全面提升技術、工藝、裝備的現代化水平。建成5個以上中藥提取物加工基地，實行中藥標準提取物產業化生產；發展一批中藥飲片名牌，建成3個以上現代化的中藥飲片加工基地，以"浙八味"為重點，建立2個以上中藥單味濃縮顆粒飲片生產點；開發一批中成藥新產品，規劃研究1個以上一類中成藥新藥，5個以上二類中成藥新藥，及20個左右其它新藥；大規模實施技術裝備的現代化改造，部分重點骨幹企業在率先建成具有90年代末國際先進生產水平。
--推進中藥科研現代化。進一步實現產學研緊密結合，著力提升中藥研究、開發水平。中藥基礎研究取得明顯成效，在探索中藥機理、建立中藥研究開發中心、重點實驗室和臨床實驗基地、推廣中醫藥理論等中藥基礎研究領域取得較大進展；中藥製劑新技術的研究開發套用取得明顯成效，推進中成藥新藥研究開發和傳統產品的二次開發，重點選擇20個傳統名優中藥實施二次開發,"老藥新做"，提高產品檔次和適應現代用藥習慣。爭取2-3個品種以新藥的標準通過美國fda認證。