（二）推進產業組織最佳化和現代企業制度建設
堅持"大上規模，小創特色"。著眼於提高產業組織化水平，繼續培育大公司大集團，對中小企業加大扶持；著眼於提高資源配置水平，進一步推動企業兼併、重組、上市和利用外資；著眼於完善現代企業制度，進一步深化企業內部制度改革和最佳化企業資本結構。
1、培育大公司大集團
以全面建立現代企業制度和推進企業重組為抓手，促進大公司大集團上規模、上水平，進一步發揮行業的示範、帶動和整合作用。一要引導大公司大集團處理好自我積累型發展和資本聚集型發展的關係，處理好資本經營與產品經營的關係，處理好主業與副業的關係，提高企業規模和經營水平，提高增長質量和效益。二要引導企業進一步深化改革，全面建立現代企業制度。國有企業要在"九五"的基礎上，進一步深化產權制度改革，推進員工持股計畫，鼓勵經營者適當持大股，向混合所有制的現代公司制發展。屬於民營企業的大公司大集團，要加快向規範的公司制轉變。各類大公司大集團特別是通過資產重組設立的企業，要按現代企業制度的要求構築法人治理結構，從思想認識上、組織體系上和企業的運行機制上融合一體，使聯合企業真正成為一個有機整體，內部資源得到最大最佳化。爭取更多的大公司大集團股票上市，成為經營規範、效益優良、信用可靠的高素質上市企業，成為全省行業發展的典範。
2、支持中小企業發展
制訂鼓勵和促進中小企業發展的政策措施，加快建立為中小企業提供資金融通、技術開發、管理診斷、信息諮詢、工業設計、市場開拓、外貿指導、人才培訓等多方支持的行業服務體系。積極引導中小企業圍繞名牌產品發展或為大型企業提供配套服務，在社會化、專業化分工協作體系中重新定位，謀求發展；引導中小企業在某個小品種、小類別中形成較高的市場占有率，促使更多企業向高科技的"小而精"型、具有特色優勢的"小而特"型、專業配套的"小而專"型的"小型巨人"企業發展。
3、最佳化企業資本結構
注重吸收增量與盤活存量相結合，擴大和最佳化資本規模。推進工商企業的產權改革和企業改組，吸收海內外法人、個人參股控股實現產權主體多元化，條件成熟的依法改制為現代公司制企業。引導大企業集團、各類投資機構對我省醫藥工商企業實施跨行業、跨地區、跨所有制的購併，完成一批企業的嫁接改造。繼續加強招商引資工作，提高利用外資的水平。繼續推動企業在境內外上市，幫助優勢企業做好爭取上市工作，利用資本市場籌集發展資金。力爭"十五"期間有2家企業成功上市。
（三）大力拓展國內外市場
深化流通體制改革，規範藥品流通秩序，實施國際經營戰略，開拓國內外市場，為醫藥行業發展創造更廣闊的需求空間。
1、適應流通體制改革和藥政、醫療衛生體制改革的趨勢，建立"高效開放、巨觀調控、有序競爭、科學管理"的醫藥流通新體制，實現減少環節、降低成本、加快物流、提高效益的目的。推動醫藥工商企業發展總代理總經銷，逐步形成以資本為紐帶的統一管理、統一核算、調批零一體化的母子公司制企業集團，形成全國總代理、地區分銷商、零售連鎖店的工商一體化的流通格局。大力開拓農村市場，加快發展零售業。