馮異字公孫，潁川父城人也。好讀書，能《左氏春秋》、《孫子兵法》。
漢兵起，異以郡掾監五縣，與父城長苗萌共城守，為王莽拒漢。光武略地潁川，攻父城不下，屯兵巾車鄉。異間出行屬縣，為漢兵所執。時異從兄孝及同郡丁綝、呂晏，並從光武，因共薦異，得召見。異曰："異一夫之用，不足為強弱。有老母在城中，願歸據五城，以效功報德。"光武曰："善。"異歸，謂苗萌曰："今諸將皆壯士屈起，多暴橫，獨有劉將軍所到不虜掠。觀其言語舉止，非庸人也，可以歸身。"苗萌曰："死生同命，敬從子計。"光武南還宛，更始諸將攻父城者前後十餘輩，異堅守不下；及光武為司隸校尉，道經父城，異等即開門奉牛、酒迎。光武署異為主簿，苗萌為從事。異因薦邑子銚期、叔壽、段建、左隆等，光武皆以為椽史，以至洛陽。
更始數欲遣光武徇河北，諸將皆以為不可。是時，左丞相曹竟子詡為尚書，父子用事，異勸光武厚結納之。及度河北，詡有力焉。
自伯升之敗，光武不敢顯其悲戚，每獨居，輒不御酒肉，枕席有涕泣處。異獨叩頭寬譬哀情。光武止之曰："卿勿妄言。"異復因間進說曰："天下同苦王氏，思漢久矣。今更始諸將從橫暴虐，所至虜掠，百姓失望，無所依載。今公專命方面，施行恩德。夫有桀、紂之亂，乃見湯、武之功；人久饑渴，是為充飽。宜急分遣官屬，徇行郡縣，理冤結，布惠澤。"光武納之。至邯鄲，遣異與銚期乘傳撫循屬縣，錄囚徒，存鰥寡，亡命自詣者除其罪，陰條二千石長吏同心及不附者上之。
及王郎起，光武自薊東南馳，晨夜草舍，至饒陽無蔞亭。時天寒烈，眾皆飢疲，異上豆粥。明旦，光武謂諸將曰："昨得公孫豆粥，饑寒俱解"及至南宮，遇大風雨，光武引車入道傍空舍，異抱薪，鄧禹熱火，光武對灶燎衣。異復進麥飯菟肩。因復度虖沱河至信都，使異別收河間兵。還，拜偏將軍。從破王郎，封應侯。
異為人謙退不伐，行與諸將相逢，輒引車避道。進止皆有表識，軍中號為整齊。每所止舍，諸將並坐論功，異常獨屏樹下，軍中號曰"大樹將軍"。及破邯鄲，乃更部分諸將，各有配隸。軍士皆言願屬大樹將軍，光武以此多之。別擊破鐵脛於北平，又降匈奴於林闟頓王，因從平河北。
時，更始遣舞陰王李軼、廩丘王田立、大司馬朱鮪、白虎公陳僑將兵號三十萬，與河南太守武勃共守洛陽。光武將北徇燕、趙，以魏郡、河內獨不逢兵，而城邑宗，倉廩實，乃拜寇恂為河內太守，異為孟津將軍，統二郡軍河上，與恂合執，以拒朱鮪等。
異乃遺李軼書曰："愚聞明鏡所以照形，往事所以知今。昔微子去殷而入周，項伯畔楚而歸漢。周勃迎代王而黜少帝，霍光尊孝宣而廢昌邑。彼皆畏天知命，睹存亡之符，見廢興之事，故能成功於一時，垂業於萬世也。苟令長安尚可扶助，延期歲月，疏不間親，遠不逾近，季文豈能居一隅哉？今長安壞亂，赤眉臨郊，王侯構難。大臣乖離，綱紀已絕，四方分崩，異姓並起，是故蕭王跋涉霜雪，經營河北。方今英俟雲集，百姓風靡，雖邠歧慕周，不足以喻。季文誠能覺悟成敗，亟定大計，論功古人，轉禍為福，在此時矣。如猛將長驅，嚴兵圍城，雖有悔恨，亦無及已。"
初，軼與光武首結謀約，加相親愛，及更始立，反共陷伯升。雖知長安已危，欲降又不自安。乃報異書曰："軼本與蕭王首謀造漢，結死生之約，同榮枯之計。今軼守洛陽，將軍鎮孟津，俱據機軸，千載一會，思成斷金。惟深達蕭王，願進愚策，以佐國安人。"軼自通書之後，不復與異爭鋒，故異因此得北攻天井關，拔上黨兩城，又南下河南成皋已東十三縣，及諸屯集，皆平之，降者十餘萬。武勃將萬餘人攻諸畔者，異引軍度河，與勃戰於士鄉下，大破斬勃，獲首五千餘級，軼又閉門不救。異見其信效，具以奏聞。光武故宣露軼書，令朱鮪知之。鮪怒，遂使人刺殺軼。由是城中乖離，多有降者。鮪乃遣討難將軍蘇茂將數萬人攻溫，鮪自將數萬人攻平陰以綴異。異遣校尉護軍將兵，與寇恂合擊茂，破之。異因度河擊鮪，鮪走；異追至洛陽，環城一匝而歸。