◎職官四
○南京宗人府 吏部 戶部附總督糧儲 禮部 兵部 刑部 工部 都察院附提督操江 通政司 大理寺 詹事府 翰林院 國子監 太常寺 光祿寺太僕寺 鴻臚寺 尚寶司 六科 行人司 欽天監 太醫院 五城兵馬司應天府附上元江寧二縣 已上南京官 王府長史司 布政司 按察司 各道行太僕寺 苑馬寺 都轉運鹽使司 鹽課提舉司 市舶提舉司 茶馬司 府州 縣 儒學 巡檢司 驛 稅課司 倉庫 織染局 河泊所(附閘壩官)批驗所 遞運所 鐵冶所 醫學 陰陽學 僧綱司 道紀司
南京宗人府。經歷司，經歷一人。(南京官品秩，俱同北京。)
吏部。尚書一人，右侍郎一人。(六部侍郎，至弘治後始專設右。萬曆三年俱革。十一年復設。天啟中，每部增侍郎一人。崇禎間革。)其屬，司務廳，司務一人。文選、考功、驗封、稽勛四清吏司，各郎中一人，主事一人。(驗封、稽勛二司主事，後並革。)凡南京官，六年考察，考功掌之，不由北吏部。
戶部。尚書一人，右侍郎一人，司務一人，照磨一人。十三司，郎中十三人，員外郎九人，(浙江、江西、湖廣、廣東、廣西、福建、山西、陝西、雲南九司各一人，嘉靖三十七年，革山西、陝西三司員外郎各一人，隆慶中又革廣西、雲南二司員外郎各一人。)主事十七人，(山西、廣東、廣西、雲南四司各二人，隆慶三年革廣東司主事一人。)所轄，寶鈔提舉司，提舉一人。廣積庫、承運庫、贓罰庫、甲乙丙丁戊五字型檔、寶鈔廣惠庫、軍儲倉，各大使一人。長安門倉、東安門倉、西安門倉、北安門倉各副使一人。龍江鹽倉檢校批驗所，大使一人。(隆慶三年，革寶鈔司提舉、軍儲倉大使。)
總督糧儲一人。(嘉靖以前，特設都御史。二十六年革，以戶部右侍郎加都御史銜領之。)
禮部。尚書一人，右侍郎一人，司務一人。儀制、祠祭、主客、精膳四司，各郎中一人。儀制、祠祭二司，各主事一人。所轄，鑄印局，副使一人。教坊司，右韶舞一人，左右司樂各一人。
兵部。尚書參贊機務一人，右侍郎一人，司務一人。武選、職方、車駕、武庫四司，郎中四人，員外郎二人，(武選、武庫無員外郎。)主事五人。(車駕主事二人。)所轄，典牧所，提領一人。(正八品)會同館、大勝關，各大使一人。按參贊機務，自宣德八年黃福始。成化二十三年，始奉敕諭，專以本部尚書參贊機務，同內外守備官操練軍馬，撫恤人民，禁戢盜賊，振舉庶務，故其職視五部為特重雲。
刑部。尚書一人，右侍郎一人，司務、照磨各一人。十三司郎中十三人，員外郎五人，(惟浙江、江西、河南、陝西、廣東五司設。)主事十四人，(廣東司二人。)分掌南京諸司，及公、侯、伯、五府、京衛所刑名之事。司獄二人。
工部。尚書一人，右侍郎一人，司務一人。營繕、虞衡、都水、屯田四司，郎中四人，員外郎二人，(營繕司一人，都水司一人，嘉靖三十七年，革都水員外郎。)主事八人。(營繕司三人，屯田司一人，餘各二人。)所轄，營繕所，所正、所副、所丞各一人。龍江、清江二提舉司，各提舉一人。(副提舉後革。)文思院、寶源局、軍器局、織染所、龍江抽分竹木局、瓦屑壩抽分竹木局，各大使一人。(嘉靖三十七年，革文思院大使。)
都察院。右都御史一人，右副都御史一人，右僉都御史一人，司務、經歷、都事、照磨各一人，司獄二人。(嘉靖三十七年，革司獄一人。隆慶四年，革都事。)浙江、江西、河南、山東、山西、陝西、四川、雲南、貴州九道，各御史二人。福建、湖廣、廣東、廣西四道，各御史三人。(嘉靖後不全設，恆以一人兼數道。)凡刷卷、巡倉、巡江、巡城、屯田、印馬、巡視糧儲、監收糧斛、點閘軍士、管理京營、比驗軍器，皆敘而差之。清軍，則偕兵部、兵科。核後湖黃冊，則偕戶部、戶科。
提督操江一人。(以副僉都御史為之，領上、下江防之事。)
通政使司。通政使一人，右通政一人，右參議一人，掌收呈狀，付刑部審理。經歷一人。