七年正月己未，振旅於京師，改授大將軍、揚州牧，給班劍二十人，本官悉如故，固辭。凡南北征伐戰亡者，並列上賻贈。屍喪未反，遣主帥迎接，致還本土。二月，盧循至番禺，為孫季高所破，收餘眾南走。劉藩、孟懷玉斬徐道覆於始興。
晉自中興以來，治綱大弛，權門併兼，強弱相凌，百姓流離，不得保其產業。桓玄頗欲釐改，竟不能行。公既作輔，大示軌則，豪強肅然，遠近知禁。至是，會稽餘姚虞亮復藏匿亡命千餘人，公誅亮，免會稽內史司馬休之。
天子又申前命，公固辭。於是改授太尉、中書監，乃受命。奉送黃鉞，解冀州。交州刺史杜慧度斬盧循，傳首京師。先是，諸州郡所遣秀才、孝廉，多非其人，公表天子，申明舊制，依舊策試。
征西將軍、荊州刺史道規疾患求歸。八年四月，改授豫州刺史，以後將軍、豫州刺史劉毅代之。毅與公俱舉大義，興復晉室，自謂京城、廣陵，功業足以相抗。雖權事推公，而心不服也。毅既有雄才大志，厚自矜許，朝士素望者多歸之。與尚書僕射謝混、丹陽尹郗僧施並深相結。及西鎮江陵，豫州舊府，多割以自隨，請僧施為南蠻校尉。既知毅不能居下，終為異端，密圖之。毅至西，稱疾篤，表求從弟兗州刺史藩以為副貳，偽許焉。九月，藩入朝，公命收藩及謝混，並於獄賜死。自表討毅，又假黃鉞，率諸軍西征。以前鎮軍將軍司馬休之為平西將軍、荊州刺史，兗州刺史道憐鎮丹徒，豫州刺史諸葛長民監太尉留府事，加太尉司馬，丹陽尹劉穆之建威將軍，配以實力。壬午，發自京師。遣參軍王鎮惡、龍驤將軍蒯恩前襲江陵。十月，鎮惡克江陵，毅及黨與皆伏誅。十一月己卯，公至江陵，下書曰：
夫去弊拯民，必存簡恕，舍網修綱，雖煩易理。江、荊凋殘，刑政多闕；頃年事故，綏撫未周。遂令百姓疲匱，歲月滋甚，財傷役困，慮不幸生。凋殘之餘，而不減舊，刻剝徵求，不循政道。宰蒞之司，或非良乾，未能菲躬儉，苟求盈給，積習生常，漸不知改。
近因戎役，來涉二州，踐境親民，愈見其瘼；思欲振其所急，恤其所苦。凡租稅調役，悉宜以見戶為正。州郡縣屯田池塞，諸非軍國所資，利人守宰者，今一切除之。州郡縣吏，皆依尚書定製實戶置。台調癸卯梓材，庚子皮毛，可悉停省，別量所出。巴陵均折度支，依舊兵運。原五歲刑已下，凡所質錄賊家余口，亦悉原放。
以荊州十郡為湘州，公乃進督，以西陽太守朱齡石為益州刺史，率眾伐蜀。進公太傅、揚州牧，加羽葆鼓吹，班劍二十人。
九年二月乙丑，公至自江陵。初，諸葛長民貪淫驕橫，為士民所患苦。公以其同大義，優容之。劉毅既誅，長民謂所親曰："昔年醢彭越，今年誅韓信，禍其至矣。"將謀作亂。公剋期至京邑，而每淹留不進，公卿以下頻日奉候於新亭，長民亦驟出。既而公輕舟密至，已還東府矣。長民到門，引前，卻人閒語，凡平生於長民所不盡者，皆與及之；長民甚說。已密命左右壯士丁旿等自幔後出，於坐拉焉。長民墜床，又於地毆之，死於床側。輿屍付廷尉；並誅其弟黎民。魑珂纈掠釁力，時人為之語曰："勿跋扈，付丁旿。"
先是，山湖川澤，皆為豪強所專，小民薪采漁釣，皆責稅直，至是禁斷之。時民居未一，公表曰：
臣聞先王制治，九土攸序；分境畫疆，各安其居；在昔盛世，人無遷業，故井田之制，三代以隆。秦革斯政，漢遂不改；富強兼併，於是為弊。然九服弗擾，所託成舊，在漢西京，大遷田、景之族，以實關中，即以三輔為鄉閭，不復系之於齊、楚。自永嘉播越，爰托淮、海，朝有匡復之算，民懷思本之心，經略之圖，日不暇給。是以寧民綏治，猶有未遑。及至大司馬桓溫，以民無定本，傷治為深，庚戌土斷，以一其業。於時財阜國豐，實由於此。自茲迄今，彌歷年載，畫一之制，漸用頹弛。雜居流寓，閭伍弗修，王化所以未純，民瘼所以猶在。
臣荷重任，恥責實深，自非改調解張，無以濟治。夫人情滯常，難與慮始，所謂父母之邦以為桑梓者，誠以生焉終焉，敬愛所託耳。今所居累世，墳壟成行，敬恭之誠，豈不與事而至。請準庚戌土斷之科，庶子本所弘，稍與事著。然後率之以仁義，鼓之以威武，超大江而跨黃河，撫九州而復舊土，則戀本之志，乃速由於當年，在始暫勤，要終所以能易。伏惟陛下，垂矜萬民，憐其所失，永懷《鴻雁》之詩，思隆中興之業。既委臣以國重，期臣以寧濟，若所啟合允，請付外施行。