對外經濟合作在短短二十年里取得了可喜的成績，具有重要的經濟意義，已是不爭的事實。但成績並不能掩蓋問題，對外經濟合作在發展過程中存在不少問題，主要表現在以下五個方面：
1、對外經濟合作的市場不夠穩定，結構過於單一。一方面表現在市場不夠穩定，1998年新簽契約額1177323萬美元，比上年增長3.7%，落後於1997年的增長幅度6.8個百分點，呈放慢趨勢；另一方面市場結構單一，多集中在開發中國家，如亞洲、北非等地區，效益普遍不高，而已開發國家如歐美日等國家的經濟合作由於技術要求較高，其市場難以打入。
2、投資管理不力，效益不夠理想。對外經濟合作企業“一業為主，多種經營”應該說這是一種好的經營戰略，但是現在有些公司隨意投資，到處撒錢，變成以多種經營為主，主業為輔的局面。由於多頭投資，資金分散，而且投資可行性研究不夠，致使大量資金沉澱，投資效益很不理想，甚至投資都難於收回。境外投資缺乏制約，管理混亂，也是效益不好的一個原因。個別企業由於經營管理不善，出現了巨額虧損。近幾年，外經企業營業額每年遞增都在10%以上，而當年利潤增長幅度都大大低於營業額增長幅度。甚至是負增長。外經企業1997年同1996年相比，資金投入增長了40%，但同期利潤不僅沒有增長，反而下降了。重規模、重速度、輕效益、輕管理的思想是造成這種結果的主要原因。有的外經企業由於一味追求經營規模的擴大，不考慮自己的資金實力和管理水平，多頭投資，造成資金愈發緊張和管理上的失控，導致發生項目巨額虧損。
3、資金問題制約著外經企業的進一步發展。當今國際承包市場競爭日趨激烈，業主條件越來越苛刻，帶資承包項目非常普遍，能為業主解決項目資金往往成為奪標的關鍵。目前外經企業資產負債率已達近73%。由於資金匱乏，導致外經企業不得不放棄許多很好的項目。外經企業資金緊張，從自身因素來分析，那就是有的企業內部資金調度不合理，占用不合理，導致資金周轉緩慢，甚至呆滯。
4、財務人員財務管理意識淡薄，整體素質有待進一步提高。長期以來，許多人認為，經濟效益的好壞是企業業務部門的事，與財務部門無關，財務部門只負責記帳算帳，這種思想導致了重業務輕財務輕管理。個別企業財務管理混亂，一些財務人員素質不高，會計核算不實，成本費用控制不嚴，資金周轉慢，資產流失嚴重。
5、對外經濟合作的科技含量尚待提高。一般而言，對外經濟合作業務中，對外承包工程等業務體力勞動的成分較大，因此科技含量相對較低；而設計諮詢業務腦力勞動成分較大，需要的知識水平較高、科技含量相對較高。1998年我國科技含量較低的對外承包工程新簽契約額和完成營業額所占比重最大，均占到76%以上，說明我國的對外經濟合作的科技含量尚處於較低的水平，有待進一步提高。
三、今後外經企業發展的方向
“積極參與國際經濟合作和競爭，充分利用國內外兩種資源、兩個市場，進一步發展開放型經濟，運用我國經濟的比較優勢，提高競爭能力，更好地與國際經濟互接互補”，不僅肯定了外經企業的發展成就，同時也為今後的發展指明了方向。今後外經企業發展必須採取有力措施克服上述出現的問題，積極參與國際合作與競爭，並努力實現速度和效益的統一。
1、穩定老市場，努力開拓新市場，實施市場多元化戰略。早在90年代初，我國有關部門就提出市場多元化戰略，但是到目前為止，由於國內外、主客觀等種種原因，市場多元化戰略落實尚不夠到位，收效也不大。市場問題是對外經濟合作發展過程中壓倒一切的問題，對外經濟合作首先必須鞏固住已占有的亞洲、非洲市場，沒有鞏固就談不上發展；其次，國家要大力支持新市場的開拓，發揮我國的比較優勢，大力發展和深度拓展美歐日等市場。
同時，國家可以給予對外經濟合作企業優惠的財稅政策、建立市場開發風險基金或幫助培訓市場開發人員等措施，加速實現市場多元化。