陰陽學說認為，人體是由陰陽結合而成的有機整體，而各個組織構成，又都可以根據其所在的部位、機能特點來劃分其陰陽屬性。
確定人體臟腑組織的陰陽屬性。大體上有兩個方面：一是依據解剖的大體部位。二是依據其生理活動的相對屬性。
（二）說明人體的生理功能
對於人體的生理功能，無論就其整體還是其部分而言，都可以用陰陽來加以概括說明。人體正常的生命活動，是陰陽保持協調平衡的結果。
陰陽還常用來區分人體內各種具有不同生理功能的物質，如把具有固護、溫煦肌表作用的“衛氣”叫作“衛陽”；把能化生血液、具有濡養作用的“營氣”稱之為“營陰”。營衛和諧則正常，營衛不和則病。
（三）說明人體的病理變化
人體內陰陽之間的消長平衡是維持正常生命活動的基本條件。而陰陽失調，則是一切疾病發生的基本原理之一。
疾病的發生與發展，關係到人體的正氣和邪氣兩個方面。正氣，是指人體的機能活動及其對病邪的抵抗能力，對外界環境的適應能力和損傷組織有修復能力等；邪氣，泛指各種致病因素，而這些又都可以用陰陽來概括說明。
1.陰陽偏勝（盛）“勝”是指邪氣盛在。陰陽偏勝，即指陰邪或陽邪偏盛，屬於陰或陽任何一方高於正常水平的病理狀態。
2.陰陽偏衰 陰陽偏衰即陰虛、陽虛，是屬於陰陽任何一方低於正常水平的病理狀態。
（四）用於疾病的診斷
1.分析色澤、聲息、症狀、脈象和病變部位的陰陽屬性
2.辨別症候的陰陽屬性 在辨證中，一般首先以陰、陽、表、里、寒、熱、虛、實作為辨證的綱領，而在八綱之中又以陰陽為總綱，即以陰陽統率表里、寒熱、虛實。表、熱、實屬陽；里、寒、虛屬陰。
（五）用於疾病的防治
調理陰陽，使之保持或恢復相對平衡，達到陰平陽秘，是防治疾病孤基本原則，也是陰陽學說用於疾病防治的主要內容。
1.指導養生 注重養生是保持健康無病的重要手段，而養生最根本的就是善於調理陰陽。
2.用於疾病的治療
（1）確定治療原則：由於疾病發生髮展的根本原因是陰陽失調，因此，調整陰陽，補其不足，損其有餘，恢復陰陽的協調平衡，促使陰平陽秘，就是治療疾病的根本原則。
（2）分析和歸納藥物性能的陰陽屬性：陰陽學說用於疾病的治療，不僅用於確定治療原則，而且也用來概括藥物的性能，作為指導臨床用藥的根據。治療疾病，不但要有正確的診斷和治療方法，還必須熟練地掌握藥物的性能。