自1995年5月中辦、國辦下發《縣級以下黨政領導幹部任期經濟責任審計暫行規定》和《國有企業及國有控股企業領導人任期經濟責任審計暫行規定》，縣及鄉鎮相繼出台了縣、鄉、村辦集體企業法人代表，行政事業單位負責人、行政村負責人任期經濟責任審計意見。經濟責任審計在財務收支審計的基礎上得到各級領導的重視，同時也收到了較好的效果。
按審計類別劃分，經濟責任審計和財務收支審計是審計其中一類；按審計的範圍內容劃分，經濟責任審計的內容較廣，稱全面審計，而財務收支審計為專項審計，按審計的目的劃分，經濟責任審計是對黨政領導幹部、企業領導人員任期內經濟責任的評價，為組織人事部門、企業領導人員管理機關提供幹部任免信息；而財務收支審計是對單位財務收支狀況真實、合法、效益及資金運轉進行審計評價；按時間劃分，經濟責任審計時間範圍是領導幹部任期屆滿，或者任期內辦理調任、轉任、輪崗、免職、辭職、退休等事項前，而財務收支審計沒有明確的時間界線。在實際審計中，經濟責任審計與財務收支審計既有區別，又有聯繫，也有相同之處。
一、經濟責任審計與財務收支審計的區別
1.審計項目的立項依據不同
經濟責任審計一般不列入審計部門年初項目計畫，而是由組織人事部門根據工作需要向審計機關提出審計的委託建議，安排審計部門在規定的時間對某些領導幹部任期內經濟責任進行審計。而財務收支審計是列入審計部門年初項目計畫的。
2.審計的對象和內容不同
經濟責任審計的對象是：黨政領導幹部、部門、單位負責人，企業法人代表。審計內容涉及面較廣，既有經濟活動又涉及財務領域。黨委書記、鄉鎮長任期經濟責任；任期內財政財務收支真實、合法、效益情況；鄉鎮企業利稅情況；固定資產投入、農民負擔情況；預算外資金管理使用情況；黨政建設、財政財務收支的內容控制制度及其執行情況；組織部門安排的其他內容：企業資產、負債、損益的真實性；國有集體資產的安全、完整，保值、增值及對外投資和資產的處理情況；企業收益分配；與上述經濟活動有關的內部控制制度執行情況；其他要審計的事項。
財務收支的對象是被審計單位，審計內容主要是財務收支的真實性、合法性。
3.審計的目的不同
經濟責任審計是對領導幹部、企業法人任期內的審計項目作出客觀公正的評價，認定領導幹部任期內政績大小，為組織人事部門提供人才信息。把經濟責任審計結果作為對幹部實行\"三定\"的參考依據，即：定政績、定獎懲、定位子。對政績大的成績突出的幹部給予表揚獎勵，提撥重用；對存在問題較小的一般實行打招呼、敲警鐘、提警告；對問題嚴重的幹部應當依法追究刑事責任的，移送司法機關處理。
財務收支審計的目的是檢查財務收支真實、合規、合法性。在審計中發現管理混亂、嚴重違規違紀、亂擠亂攤費用給單位帶來損失，再進一步查明領導個人對此應負的責任，只是財務收支審計的從屬內容，不是財務收支審計的目的。
4.審計要求提供的資料及責任歸屬不同
經濟責任審計在準備階段，除要求部門和單位提供有關資料外，領導幹部本人還應按要求寫出自己負有主管責任和直接責任的財政收支、財務收支事項的書面材料，並於審計工作開始5日內遞交審計機關。實施階段要對領導人任職期間財務收支及經濟工作目標數據進行核實，對發現的問題取得充分證據。對領導幹部應負的直接和間接責任劃清責任歸屬，如區分前任和繼任領導幹部責任；對遺留問題區分形成和解決責任，同時還要區分層次責任，明確領導人自身決策、民主決策，同主管領導部門干預和執行人員所負責任。
財務收支審計不要領導幹部提供上述書面材料，對領導幹部應負的直接和間接責任一般不作分層歸屬評價。
5.審計報告結論的寫法不同。
經濟責任審計結果報告，除財務收支方面要作出是否真實、合法、效益結果外，還要對領導幹部所在的部門，單位各項經濟指標進行對比，作為全面結論客觀公正反映與評價領導幹部任期內經濟責任。其評價側重點在於對領導幹部本人，而非對事。即重點是對領導幹部任期內應承擔經濟責任進行審計，對投資項目經濟責任進行界定，對資產負債表表述的業績作出說明，並具體說明潛在基礎上的性質、內容對財務狀況影響、對潛在的損失、潛在的負債還應說明離任人應承擔的直接或間接責任。
財務收支審計報告是對被審計單位財務收支的發生作出真實合法效益情況評價，對人一般不作評價。