隔離是將傳染病患者、高度易感人群安置在指定的地方，暫時避免與周圍人群接觸。對前者採取傳染病隔離，以防止傳染病病原體向外傳播；對後者則採取保護性隔離，即保護高度易感人群免受感染。
隔離的目的
根據傳染病流行所具備的三個環節，控制感染髮生的主要手段就是阻斷感染鏈的形成，總之，隔離的主要目的是通過隔離技術防止微生物在病人、工作人員和媒介物中擴散，最終控制和清除傳染源。採取的主要措施為控制傳染源、切斷傳播途徑、保護易感人群。
隔離原則
一般消毒隔離
（1）凡進入隔離單位必須戴帽子、口罩、穿隔離衣，只能在規定的範圍內活動。
（2）穿隔離衣前，應備齊用物，周密計畫，集中操作和護理，以免影響病人休息和減少穿脫隔離衣、洗刷手的次數。
（3）嚴格遵守隔離制度。
（4）嚴格執行探視和陪伴制度，向家屬宣傳、解釋遵守隔離要求和制度的重要性。
（5）滿足患者的心理需要，儘量幫助其解除孤獨、悲觀、抑鬱的情緒，配合治療。
（6）經醫師開具醫囑後方可解除隔離。
終末消毒處理
終末消毒處理是指對轉科、出院或死亡的患者及其所住的病室、用物、醫療器械等進行的消毒處理。
（1）患者的終末處理：患者轉科或出院前應洗澡、更衣，個人用物需經消毒後帶出。死亡患者，屍體須用消毒液擦洗，並用無菌棉球塞住口、鼻、耳、肛門或瘺管等孔竅，傷口要更換敷料，最後用一次性屍單包裹屍體，送傳染科太平間。
（2）患者單位的終末處理：封閉病室門窗，打開床頭桌、攤開被褥、豎起床墊，用消毒液熏蒸消毒；消毒後打開門窗，用消毒液擦洗家具；被服類消毒後再清洗。
傳染病污染物品消毒法
類別物品消毒方法病室 病室空間
病室地面、牆壁、家具 消毒劑熏蒸、噴霧消毒
消毒劑噴霧、擦拭消毒醫療用品 金屬、橡膠、搪瓷、玻璃類
血壓計、聽診器、手電筒
體溫計 消毒劑浸泡、煮沸消毒
甲醛、環氧乙烷熏蒸消毒或消毒劑擦拭
75％酒精或過氧乙酸浸泡消毒日常用品 餐具、茶具、藥杯
信件、書報、票證 消毒劑浸泡、煮沸或微波消毒
甲醛、環氧乙烷熏蒸消毒被服類 布類、衣物
枕芯、被褥、毛紡織品 消毒劑浸泡、煮沸、環氧乙烷氣體消毒，壓力蒸汽滅菌
環氧乙烷氣體消毒、熏蒸，日光暴曬其他 排泄物、分泌物
便盆、痰杯、尿壺等
剩餘食物
垃圾 漂白粉消毒，痰盛於蠟紙盒內焚燒
漂白粉溶液、過氧乙酸溶液浸泡
煮沸30分鐘後棄去
焚燒