針對20世紀90年代初出讓的土地，《城鎮國有土地使用權出讓和轉讓暫行條例》(國務院55號令)規定了使用年期屆滿時的兩種情形：使用者未申請續期或申請續期使用土地未獲批准，國家無償收回土地使用權，同時無償收回地上建築物及附著物所有權，使用者不再使用土地；使用者申請續期使用土地獲得批准，簽訂土地出讓契約，支付土地出讓金後使用者繼續使用土地。
出讓土地到期後的第一種情形
依據國務院55號令規定和土地出讓契約的約定，國家在無償收回土地使用權的同時無償收回地上建築物及附著物所有權。出於對建築物所有權的保護，1995年實施的《城市房地產管理法》並未規定無償收回地上建築物、附著物。國土資源部新修訂的國有土地出讓契約文本對申請續期未獲批准的情形增加了“對於地上建築物及其他附著物，出讓人應當根據收回時地上建築物、其他附著物的殘餘價值給予受讓人相應補償”的約定，但對於未申請續期的情形，新契約仍舊規定了對土地使用權和地上建築物、附著物一併無償收回。
依據適用法律原則，20世紀90年代初出讓的土地當然應當執行國務院55號令有關土地使用年期屆滿的規定，即在無償收回土地使用權的同時無償收回地上建築物、附著物。但是，出讓土地特別是使用年限較短的出讓土地到期時地上建築物殘餘價值往往較大，如果將地上建築物無償收回，勢必造成以下問題：
一是不能很好地保護地上建築物產權人的合法財產所有權，無法體現剛修訂的《憲法》中關於保護公民、法人合法財產的立法精神。地上建築物的所有權實質變成了只具有一定使用年限的使用權。
二是使大量到期出讓土地又重新回到原使用者手中。地上建築物無償收回必然造成土地使用者的財產損失，同時法律規定，除非社會公共利益需要，對申請續期使用土地應當批准。這勢必促使很多本不想再申請續期的使用者通過申請續期重新獲得土地使用權，然後再通過土地轉讓的方式來避免地上建築物的財產損失。
這樣，一方面必然影響當前的土地收購儲備和土地的招拍掛出讓，不利於加強對土地供應的巨觀調控；另一方面，由於到期的出讓土地大多處於城鎮中心地帶，土地增值較大，原使用者以協定出讓方式獲得土地，而後又按市場行情轉讓，會造成大量國有土地增值收益流向單位、個人手中。
出讓土地到期後的第二種情形
對第二種情形，國務院55號令、《城市房地產管理法》以及國土資源部新修訂的土地出讓契約文本的規定都是一致的，即重新簽訂土地出讓契約，支付土地出讓金。20世紀90年代初各地進行土地出讓時，土地使用者除支付土地出讓金外，還支付土地補償、拆遷費及其他有關稅費。當時，土地出讓金一般只占到使用者支付土地總費用的25％左右。如今大多地方都實行統一征地收購、儲備、開發，而後統一出讓的土地集中供應模式，土地使用者將所有費用即全部地價款以土地出讓金的形式支付給國家。
2003年6月的國土資源部21號令規定，協定出讓國有土地使用權時土地出讓金不得低於按國家規定的最低價，協定出讓最低價不得低於新增建設用地有償使用費、征地拆遷補償費用以及按國家規定應當繳納的有關稅費之和，有基準地價的不低於基準地價的70％。