在一個高度競爭的環境中，傳統的職能型組織正面臨著巨大的生存壓力，越來越多的問題在組織的日常運作範圍內無法得以解決，不得不對現有的組織結構進行變革 。傳統的職能型組織為適應現實的環境進行的變革分為二種情況。一種是將職能型組織架構徹底重組，改變成項目型組織架構，組織的運營由一個一個的項目運作組成，如建築企業和研發企業。另一種方法是將職能型組織改變成矩陣型組織，根據組織的需求，設定項目管理在組織運營中扮演的角色和程度，用項目管理的系統方法來解決組織日常運營無法解決的問題。
職能型組織為實施項目化管理，將現有組織構架改造成項目型組織構架，還是矩陣型組織構架，完全取決於企業的文化及行業或業務特性，並沒有孰優孰劣之分。這種組織構架的重組變革，開始時往往給組織的運營帶來一定的影響，主要體現在以下幾個方面：
（1）新的組織構架以項目為中心，項目團隊是一個臨時性的團隊，項目完成後，團隊成員將會被解散或加入另一個項目團隊。如何培養項目成員對項目目標的忠誠度，將是團隊建設的一項重要任務。
（2）矩陣組織中的雙重匯報關係和匯報關係的臨時性，開始時可能使很多員工和部門經理都不大適應，在員工日常管理、激勵和績效評估方面都有一個磨合的過程。
（3）項目經理與部門經理的合作關係和權利結構需要一定的時間去適應，在項目優先權等問題上項目經理可能與部門經理有著不同的看法。
（4）在項目人力資源安排上，由於各自的出發點有所不同，項目經理可能難以從職能部門得到最合適的人員。
在職能型組織中實施項目化管理，有很多成功的例子，也有很多失敗的教訓，陣痛是不可避免的。組織的管理層要有一個通盤考慮，逐步推進，不要盲目冒進，應儘量遵循以下的流程：
（1） 管理層應就在本組織中實施項目化管理達成共識，包括項目組織的形式，是採用弱矩陣型組織，平衡型矩陣組織，強矩陣型組織，還是項目型組織。組織構架變革從哪些業務開始試行，進度計畫如何等。
（2） 定義好項目經理的角色和職責和權力，與職能部門經理的合作關係及權利關係。
（3） 事先在組織內部進行項目管理知識、技能方面的培訓，使員工對項目及項目管理有一定的了解。在項目管理培訓方面，對項目經理應有更高的要求。
（4） 在人力資源管理、調配、績效評估方面建立相應的流程以支持項目化管理的運作。
（5） 在財務管理方面建立相應的以項目為結算單位的財務管理體系。
（6） 先選擇一、二個規模較小、耗時不太長（如1-2個月），費用不太大項目作為試點，要求項目經理完全按項目管理的流程開展項目活動，啟動項目，制定計畫、實施計畫、項目控制、項目收尾等過程走上一、二遍，在此過程中，相關人員、部門通過實戰的磨合，開始形成新的合作方式，熟悉自己在項目中的位置和職責。
（7） 在試行階段項目後評審是不可缺少的，管理層應組織這個會議，與項目經理和項目成員一道回顧項目所走過的歷程，總結經驗教訓，並正式形成項目化管理的組織形式、涉及的業務範圍及運作流程的書面文檔。
（8） 發布正式檔案，宣布新的項目化管理的組織形式、運作流程正式生效，項目化管理運作就正式開始了。
在職能型組織中實施項目化管理是企業求得生存的必由之路，這種變革的過程本身就是一個項目，我們應該合理規劃，逐步實施，儘量減少因這種轉變帶來的不適應給組織的運營帶來不利影響。