一般來說，每個績效審計項目大致要經過四個步驟：
（一）初步調查
績效審計的對象是各種不同性質的投資、規劃和管理活動。所以，績效審計必須圍繞著投資、規劃、管理項目的實施單位進行一系列的具體審計工作。在初步調查中，審計人員的工作就是從收集項目實施單位的基本情況和總況資料開始。根據這些初步調查的資料，首先確定該項目應該達到的目標或目標的適當水平，並鑑定投資、規劃項目的可行性方案。然後，編制一份在選定的領域裡(審計範圍)的管理監督系統的審查提綱。
(二)監督管理系統的審查
審計人員通過對管理監督系統的審查，來測試與審計項目相關的項目實施單位管理監督系統的健全和有效性，並取得相關的證據。以確定完成項目目標的標準是否是公認的並是否被接受和執行，項目完成後的結果如何，以及這些結果是否可全部作為我們的審計目標。然後，審計人員要編制一份詳細審計方案。
上述兩個步驟，在實際審計工作中通常作為一個步驟來實施。
我們在實施“農業高科技示範園”績效審計項目時，首先對被審計單位的基本情況和立項檔案進行了初步調查，再對項目的監督管理系統進行審查，確定審計評價標準和初步審計目標。
當前，我們搞績效審計，在審計標準確定方面，面臨著兩大難點：一是投資規劃項目的立項檔案中各項規劃投資目標的鑑定；二是沒有公認的評價標準體系，審計標準難以確定。我們在對“農業高科技示範園”績效審計的過程中，首先從觀念上轉變得比較徹底，認為：只有經過實踐，才能探索經驗；只有經過調查，才能獲得標準和結論。在對投資規劃項目立項檔案中的各項投資目標鑑定上，客觀得分析了立項檔案目標的各項指標、項目實施過程和結果，採取詢訪、諮詢和做大量社會調查的方法，得出比較客觀和社會公認的項目目標評價標準。在確定社會效益評價標準時，對市蔬菜辦公室等6部門、蔬菜批發市場、鎮政府分管農業的領導、14個蔬菜種植專業戶、2個蔬菜出口加工企業及多名蔬菜專業技術人員，從不同角度進行了40多人次深入細緻的詢訪、調查工作，得出了比較客觀的審計標準和初步結論，確定了“項目實施及管理情況，產生的社會效益與經濟效益情況，以評價社會效益為主”的初步審計目標。
(三)詳細檢查
審計人員按照審計目標收集足夠的相關、重要、充分的證據，以審查項目執行者是否按照項目規劃的目標來實施項目的，以及是否達到了預期結果，如果沒有完成，要分析沒有完成的原因，並要認真總結項目實施結果好的經驗和做法。然後，審計人員總結和分析全部證據，並得出審計目標的相應結論。
我們在實施“農業高科技示範園”績效審計項目時，根據審計目標，編制了詳細審查提綱。
我們分析了可能影響項目實施結果的原因，確定將下列人員和單位作為我們的詢訪、調查、諮詢範圍：(1)政府官員，了解決策意圖；(2)．項目執行單位有關管理人員，了解是否按立項規劃目標和有關管理要求實施項目；(3)有關技術人員， 了解項目是否起到示範作用，保持了技術領先的地位；(4)承包者，了解是否按照項目管理者的要求，進行新技術實驗和種植；(5)農戶，了解對示範園的“示範”作用的認識，對發展高效農業和推廣農業新技術前景評估，種植大棚蔬菜與傳統農業的比較效益；(6)蔬菜加工企業，了解所需蔬菜品種、進貨價格、數量及渠道，本地蔬菜的供應量及占所需數量的比重，消化本地蔬菜的能力等； (7)蔬菜市場及市場管理人員，考察市場供應量及需要量，進貨渠道，了解市場對反季蔬菜和新品種的需求情況，市場管理對蔬菜上市的要求等。
上述所舉七方面的原因，是我們詳細審查工作的基礎，按此思路，我們對項目實施及管理情況、社會效益和經濟效益情況制定了詳細審計提綱，並建立各分項審計目標。如：在項目實施及管理方面，確定對項目立項情況、是否按規劃目標及有關管理要求實施、實施過程中是否存在損失浪費現象、是否積極推廣新技術和新品種、自身經濟效益是否達到規劃目標、項目資金的到位和使用情況等幾個問題，進行詳細審查；在社會效益方面，確定對高效農業種植技術的推廣及套用情況、農戶的認識及與傳統農業的效益比較、引進和推廣新品種情況、探索試驗新技術情況、市場本地蔬菜供應情況、蔬菜加工企業對本地蔬菜的需求情況等問題，進行詳細審查；在項目自身經濟效益方面，確定對項目總體投資收益、項目設施建設成本、示範園種植收益、設施及設備利用率、土地利用率等問題，進行詳細審查。