審計機關作為重要的綜合經濟監督部門，必須堅持以科學發展觀為指導，切實履行審計監督職能，充分發揮審計監督的作用，為構建社會主義和諧社會服務。
加強政府績效審計，推進政府管理創新。審計機關一定要深刻認識政府自身改革和建設的重要性和緊迫性，增強責任感和使命感，積極開展政府績效審計，科學確定政府績效評估的內容和指標體系，及時發現和糾正財政資金管理、使用中存在的不合理、不規範、效益低下的問題，減少損失浪費，節省資源，節省資金，提高資金使用效益。審計內容必須關注效益問題，做到真實、合法、效益三者並重，加大經濟效益審計的力度，以揭露管理不善、決策失誤造成的嚴重損失浪費和國有資產流失為重點，促進提高財政資金的管理水平和使用效益。
積極開展國家建設項目的績效審計。圍繞加強巨觀調控，進一步加強重大投資項目審計，促進完善投資管理體制，提高投資效益。重點選擇黨委、政府關注和人民民眾關心的重點項目進行審計，實現項目審計與效益審計的有機結合，促進提高建設項目的科學決策水平，提高建設資金使用的經濟效益和社會效益。
加強涉農資金審計，服務新型農村建設。審計機關必須強化審計監督，在促進深化農村改革、發展農村經濟、加強農村基礎設施建設、推進農村社會事業發展、維護農民切身利益等方面充分發揮作用，確保新農村建設資金落到實處。
當前各種涉農資金數量越來越大，投資渠道越來越多，資金撥付鏈越來越長，使用單位也越來越多，這就決定了審計的難度也越來越大。在具體審計中要注意三點：一要檢查涉農資金的分配和撥付情況，該由政府和財政兌現的政策和資金是否到位；二要監督涉農資金的管理和使用情況、促進完善規章制度，提高管理水平和使用效益；三要揭露和查處各種違法違規問題，切實維護農民民眾利益。
加強預算執行審計，促進部門依法行政。目前對政府部門的審計監督，主要是通過預算執行審計進行的。審計工作要圍繞建立公共財政制度，加強對財政資金徵收、管理和使用情況的審計監督，在進一步細化部門預算和規範轉移支付上下功夫，促進資金使用效益的提高，促進公共財政體制的形成。要按照財政預算執行審計一體化的工作思路，進一步深化對本級政府財政預算執行和對下級政府的財政決算審計。在審計財政部門的同時，要整合審計資源，加大對資金量大、有預算資金分配權和下屬單位多的城建、交通、教育等部門的審計力度。要適應財政體制改革重點向支出轉變的要求，預算執行審計要由收支審計並重向以支出審計為主轉變。通過財政資金支出結構、財政轉移支付資金、國庫集中支付情況、政府採購的審計，促進政府部門規範財政財務管理，合理有效地分配和使用財政資金。
加強專項資金審計，維護民眾切身利益。一是強化社會保障資金審計。審計機關必須進一步加大對社保資金分配和使用的審計力度，把社保資金收入籌集的真實性、分配的合理性、使用的合法性，作為審計的重點，密切關注社會保障資金政策、對象、範圍、方式的變化，關注這些資金的管理和安全，關注這些資金的去向和使用績效。二是強化科教文衛資金審計。審計機關要轉變觀念，重點關注用於教育投資的財政資金同國家經濟成長的協調。加強對教育、醫院等部門單位收費的審計和審計調查，促進規範收費行為，落實收費政策，制止亂收費和過高收費，解決民眾“上學難”、“看病難”問題。三是強化資源環保資金審計。審計機關要進一步加強對環境保護、生態建設專項資金的審計和審計調查，揭示資金管理使用中存在的問題，研究提出合理化建議，提高資金使用效益。四是強化扶貧救濟資金審計。審計機關要加強對扶貧、救災、撫恤等資金的審計監督，促進健全管理制度，保障資金安全，規範資金管理和使用，把資金真正用到被救助扶持者身上。
加強經濟責任審計，促進黨風廉政建設。一方面要通過經濟責任審計，強化對權力運行的制約和監督。審計機關要認真履行職責，堅持“積極穩妥、量力而行、提高質量、防範風險”的原則，做好經濟責任審計工作，加強對權力的制約和監督，深入推進各級各部門的黨風廉政建設。要通過經濟責任審計切實強化全體黨政領導幹部“權為民所用、情為民所系、利為民所謀”的意識。另一方面在經濟責任審計中，對領導幹部政績的評價，不僅要看ｇｄｐ的增長、城市經濟的發展，還要看一個地區的社會環境、農村的發展和社會穩定；不僅要看當前的發展，還要看可持續的發展。充分發揮經濟責任審計的作用，促進領導幹部樹立科學發展觀和正確的政績觀，為構建社會主義和諧社會多做貢獻。