第一條為了規範審計檔案工作，保證審計檔案的質量，發揮審計檔案的作用，根據《中華人民共和國檔案法》、《中華人民共和國審計法》和《中華人民共和國國家審計基本準則》，制定本準則。
第二條本準則所稱審計檔案，是指審計機關在項目審計或者專項審計調查活動中直接形成的，具有保存價值的以紙質、磁質、光碟和其他介質形式存在的歷史記錄。
審計檔案是國家檔案的重要組成部分。
第三條本準則所稱審計檔案工作，是指審計機關建立審計檔案並進行收集、整理、保管、利用、編研、統計、鑑定和移交的活動。
第四條審計檔案工作實行統一領導、分級管理的原則。審計署主管全國的審計檔案工作，同時接受國家檔案行政管理部門的監督和指導；地方各級審計機關的審計檔案工作，接受上一級審計機關和同級檔案行政管理部門的監督和指導。
第五條審計機關應當設立檔案管理機構或者配備專職（兼職）檔案工作人員負責本單位的審計檔案工作。
第六條審計機關檔案管理機構和檔案工作人員的職責是：
（一）貫徹執行國家檔案工作法律、法規，擬定審計檔案工作規章制度；
（二）對本機關各部門審計檔案材料的立卷和歸檔工作進行監督和指導；
（三）按照國家有關規定，做好審計檔案的收集、整理、保管、利用、編研和統計工作；
（四）定期對本機關庫存審計檔案進行鑑定，如期移交應由同級檔案館保管的審計檔案；
（五）監督和指導下級審計機關的審計檔案工作；
（六）開展審計檔案工作的檢查、總結、培訓、研究等活動。
第七條審計檔案的建立實行審計組負責制。
第八條應歸入項目審計檔案的檔案材料是：
（一）立項性檔案材料，如審計通知書、審計實施方案；
（二）證明性檔案材料，如審計證據（含承諾書）、審計工作底稿；
（三）結論性檔案材料，如審計報告、審定審計報告的會議紀要、審計報告徵求意見書、覆核意見書、審計意見書、審計決定書、審計建議書、移送處理書、審計處罰決定書、審計聽證告知書、審計文書送達回證；
（四）其他備查檔案材料。
第九條審計檔案材料按審計項目立卷，一個審計項目可立一個卷或者若干卷，不得將幾個審計項目合併立為一個卷。
跨年度的審計項目，在項目審計終結的年度立卷。
第十條審計案卷內檔案材料按結論性檔案材料、證明性檔案材料、立項性檔案材料、其他備查檔案材料四個單元進行排列。
結論性檔案材料，採用逆審計程式並結合檔案材料的重要程度進行排列。
證明性檔案材料，按與審計方案所列審計事項或者會計報表科目對應的順序排列。
立項性檔案材料，按檔案材料形成的時間順序，並結合檔案材料的重要程度進行排列。
其他備查檔案材料，按檔案材料形成的時間順序，並結合檔案材料的重要程度進行排列。
第十一條審計案卷內的每份或者每組檔案之間的排列規則是：
（一）正件在前，附屬檔案在後；
（二）定稿在前，修改稿在後；
（三）批覆在前，請示在後；
（四）批示在前，報告在後；
（五）重要檔案在前，次要檔案在後；
（六）匯總性檔案在前，基礎性檔案在後。
第十二條審計組確定的立卷責任人應當及時收集審計項目的檔案材料；審計終結後，立卷責任人對審計項目形成的全部檔案材料按立卷方法和規則進行歸類整理，經審計組組長（或業務部門負責人）複查，並經檔案管理機構或者檔案工作人員檢查後，依照有關規定進行編目和裝訂。
第十三條審計複議案件的檔案材料由複議機構按案件單獨立卷歸檔。
為了便於查找和利用，檔案管理機構應當將審計複議案件歸檔情況在被複議的審計項目案卷備考表中加以說明。
第十四條審計項目案卷的歸檔，應當以審計項目案卷為單位進行交接，歸檔時間不得遲於該審計項目結束後的次年4月底。
第十五條審計機關應當根據審計項目案卷的保存價值確定保管期限。
第十六條審計檔案在劃定保管期限的基礎上，應當採用“年度－組織機構－保管期限－審計類別”的方法排列和編目。審計案卷排列方法應當統一，前後保持一致，不可任意變動。