肉豆蔻富含豆蔻素、樟腦、龍腦等揮髮油，因此富有香氣，能祛除魚肉的腥膻異味，並且對胃腸道有局部的刺激作用，增加胃腸蠕動，促進胃液分泌，增進食慾。豆蔻的提取物能破壞癌細胞外圍防護因子，使癌組織容易被損害，從而增強機體對腫瘤的免疫功能。中醫還認為，肉豆蔻有溫中下氣、消食固腸、解酒的作用。
每次2～5克即可。肉豆蔻是溫燥的調料，不宜多吃，否則會導致口乾、傷肺、損目，如果服用量超過7．5克，可能會引起眩暈，譫妄、昏睡等症狀。有實熱火邪者忌用。
優質肉豆蔻大都顏色深紅，個大堅實，裂為兩瓣，露出深紅色的假種皮，內有堅硬種皮和果仁。肉豆蔻宜散裝或密封袋裝注意防雨、防潮。由於是氣味強烈的辛香料，保存時應避免與其他香料混放，以免損及風味。