現代醫學對咖啡的研究證明，咖啡對人體有益的方面主要是醒腦提神、使人興奮、消除疲勞，並能促進思維、增進食慾、幫助消化。但是，咖啡並非人人宜飲，飲用不當，會誘發或加重某些疾病。
冠心病患者常飲咖啡，可使血中膽固醇的含量增高。據國外調查資料表明，在心肌梗死患者中，不喝咖啡者占17％，每天喝5杯左右者占48％。
消化性潰瘍患者由於咖啡因會刺激胃酸分泌，並使消化系統平滑肌血管鬆弛，加速食物的代謝作用，從而降低食物的營養價值。
糖尿病患者咖啡因能降低胰臟中胰島素的分泌，降低葡萄糖的耐受量，增加胰島素的排泄而使血糖上升。
高血壓患者咖啡因能使部分敏感個體血壓上升，但對於習慣每天喝兩杯左右者，沒有什麼影響。
骨質疏鬆症患者咖啡可增加鈣的排泄，並能阻止老年人胃對鈣的吸收，而使老年人缺鈣狀況更加加重，加速骨質疏鬆症的發生。據《美國流行病學雜誌》報告，老年人常飲咖啡可增加骨質疏鬆症的危險，這也是老年人中髖骨骨折發病率高的主要原因。
服用鎮靜劑者一般來講，服用鎮靜劑者每天喝咖啡超過三杯，會變得興奮不安。
癲癇患者咖啡因能刺激腦運動中樞，黃嘌呤會引起血管收縮，減少腦部血液流量，對癲癇患者十分不利。
失眠者咖啡有刺激神經、興奮大腦的作用，故神經衰弱、失眠者不宜常飲，睡前尤其不宜飲用。