桓溫
桓溫(312—373.8.18)，字元子，譙國龍亢(今安徽懷遠縣西北龍亢集)人，東晉權臣、名將。
桓溫是東晉宣城太守桓彝之子。桓彝為北方世族，西晉永嘉之亂後隨晉元帝南渡，很得信任，先後任中書郎、尚書吏部郎等職，名顯朝廷。明帝時，桓彝拜散騎常侍，曾與明帝密謀平定王敦之亂，以功封萬寧縣男，後為宣城太守。桓溫出生未滿周歲時，桓彝好友溫嶠(後為中書令)見到他桓溫，說：“此兒有奇骨，可試使啼，”及聞其聲，稱讚說：“真英物也”(《晉書·桓溫傳》)。因為得到溫嶠的賞識，桓彝便給他取名為桓溫。溫嶠笑道：“果爾，後將易吾姓也”(《晉書·桓溫傳》)。
鹹和二年(327年)十二月，蘇峻反晉。鹹和三年(328年)六月，桓彝被蘇峻部將韓晃所害，涇縣縣令江播曾經參與此事。當時桓溫年僅十五，“枕戈泣血，志在復仇”(《晉書·桓溫傳》)。鹹和六年(331年)，江播病死，其子江彪等兄弟三人為其父守喪，因怕桓溫前來尋仇，預先將兵器放在身邊。桓溫化裝改扮，詭稱來弔喪，衣袖內暗藏兵刃，手刃江彪於喪廬之中，又追殺了其二弟，終報父仇。桓溫由此為時人所稱。
桓溫“豪爽有風概，姿貌甚偉”(《晉書·桓溫傳》)，臉上長有七顆黑痣。年輕時與沛國劉惔為友，劉惔常說：“溫眼如紫石棱，須作猥毛磔，孫仲謀、晉宣王之流亞也”(《晉書·桓溫傳》)。桓溫成人後，娶南康長公主(明帝長女)為妻，拜駙馬都尉，又襲父爵為萬寧縣男。鹹康元年(335年)，桓溫除授琅玡太守，登上仕途。建元元年(343年)，桓溫進位都督青、徐、兗三州諸軍事、徐州刺史。
當時桓溫和征西將軍庾翼關係最好，庾翼有一次向成帝推舉桓溫說：“桓溫少有雄略，願陛下勿以常人遇之，常婿畜之，宜委以方召之任，托其弘濟艱難之勛”(《晉書·桓溫傳》)。永和元年(345年)，庾翼病死，他臨死前上表請以子庾爰之繼己之任。由於荊州是東晉重鎮，關於庾翼的繼承人選在朝臣中引起爭論，有人認為諸庾世在荊州人情所歸，應依庾翼所請，以庾爰之鎮守荊州。但時任宰輔的侍中何充則認為：“荊楚國之西門，戶口百萬，北帶強胡，西鄰勁蜀，經略險阻，周鏇萬里。得賢則中原可定，勢弱則社稷同憂，所謂陸抗存則吳存，抗亡則吳亡者，豈可以白面年少猥當此任哉！桓溫英略過人，有文武識度，西夏之任，無出溫者”(《晉書·何充傳》)。丹楊尹劉惔認為桓溫確有奇才，但亦有野心，說：“溫不可使居形勝地，其位號常宜抑之”(《晉書·劉惔傳》)。因此他勸會稽王司馬昱自己出鎮荊州，又請以自己為軍司，司馬昱不聽。有人還擔心道：“庾爰之肯避溫乎？如令阻兵，恥懼不淺。”何充說：“溫足能制之，諸君勿憂”(《晉書·何充傳》)。八月，桓溫被任命為安西將軍，持節，都督荊、司、雍、益、梁、寧等六州諸軍事，領任護南蠻校尉、荊州刺史。桓溫荊州後，庾爰之果然不敢與其相爭。從此以後，桓溫立志要在蜀地建立功勳。
荊州地處長江中游，其地民風勁悍，兵強財富居天下之半，素為東晉重鎮。東晉在江南立國，以建康為京都，以荊、揚為根本，而荊州地處揚州上流，常能對京師建康形成威脅，桓溫既居此形勝之地，就為他日後專制朝政，幾移晉室的作法打下了基礎。
桓溫有雄才，史稱他有“挺雄豪之逸氣，韞文武之奇才”(《晉書·桓溫傳》)。桓溫出任荊州刺史後，為立功以樹威，決定西伐占踞巴蜀並已日漸衰微的李氏成漢政權。在建元元年(343年)八月，李勢繼成漢主位。李勢驕奢淫逸，不理政事，刑法苛濫，常常殺人奪妻，荒淫無道；而且他經常誅殺大臣，使得人心離散；加上饑荒，國勢更加衰落。桓溫認為這是個好時機，便上奏皇帝請求帶兵去討伐李勢。當時眾位將領都認為北方戰亂，而且蜀地險遠，所以都表示反對。唯獨江夏相袁喬贊成，他說：“夫經略大事，故非常情所具，智者了於胸心，然後舉無遺算耳。今天下之難，二寇而已。蜀雖險固，方胡為弱，將欲除之，先從易者。今溯流萬里，經歷天險，彼或有備，不必可克。然蜀人自以斗絕一方，恃其完固，不修攻戰之具，若以精卒一萬，輕軍速進，比彼聞之，我已入其險要，李勢君臣不過自力一戰，擒之必矣。論者恐大軍既西，胡必窺覦，此又似是而非。何者？胡聞萬里片征伐，以為內有重備，必不敢動。縱復越逸江渚，諸軍足以守境，此無憂矣。蜀土富實，號稱天府，昔諸葛武侯欲以抗衡中國。今誠不能為害，然勢據上流，易為寇盜。若襲而取之者，有其人眾，此國之大利也”(《晉書·袁喬傳》)。桓溫從其策。
永和二年(346年)十一月，桓溫上疏朝廷要求伐蜀。隨後他不等回音，率益州刺史周撫、南郡太守司馬無忌精兵萬餘人，溯江而上，攻打成漢，並使袁喬率2000人為前鋒。朝中聞知，諸臣皆因蜀道險遠而溫軍寡少深以為憂，唯劉惔認為桓溫必能克蜀，人問其故，劉惔說：“以蒱博驗之，其不必得，則不為也。恐溫終專制朝廷”(《晉書·劉惔傳》)。
十二月，桓溫率領軍隊到達魚復浦(今四川奉節縣東南)，魚復平沙之上有諸葛亮所造的八陣圖(古時的一種作戰隊形)，壘石為八行，每行相距二丈遠。眾將見此陣圖，無人能知。桓溫見了說：“此常山蛇勢(是古代一種陣法，在《孫子》一書中稱之為山蛇：擊其尾則首至，擊其首則尾至，擊其中則首尾俱至)也”(《晉書·桓溫傳》)。眾人聽後，無不嘆服。
永和三年(347年)二月，桓溫水軍至青衣(今四川青衣江)。成漢主李勢命其叔父右衛將軍李福、族兄鎮南將軍李權、前將軍昝堅率大軍自山陽(今四川雙流東南)赴合水(今彭山雙江鎮)阻拒晉軍。諸將欲在江南(今雙江鎮以北、府河以西之牧馬山區。古人以大江為東流，故以大江之西為“江南”)設伏以待晉軍，但昝堅不聽，率軍從江北鴛鴦琦(今雙流鎮西北，岷江東北岸)渡江向犍為(今彭山西北，岷江之西)開進。桓溫軍避開犍為郡城及武陽城(今雙江鎮北)，間道直指成都南面之白家場、石羊場。昝堅軍正好與晉軍異途。
三月，桓溫攻下彭模(今四川彭山東南，岷江東岸)。這時，有人建議桓溫分兵兩處，異道而進，以分散漢兵兵力。袁喬則認為：“今深入萬里，置之死地，士無反顧之心，所謂人自為戰者也。今分為兩軍，軍力不一，萬一偏敗，則大事去矣。不如全軍而進，棄去釜甑，齎三日糧，勝可必矣”(《晉書·袁喬傳》)。桓溫納其言，以參軍孫盛、周楚率老弱殘兵留守輜重，自率步兵輕裝向成都進軍。這時李福等回軍進攻彭模，被楚、孫盛奮力將其擊退，李福敗後退走。桓溫進軍途中與李權相遇，三戰三勝，漢軍潰散，從小路逃回成都。昝堅軍在犍為未遇晉軍，便從沙頭津(今新津南，彭山縣北岷江邊)渡江還軍，待趕到晉軍時，桓溫已攻至成都南郊，昝堅軍不戰自潰。李勢傾城中守軍在成都笮橋(今成都西南南河上，橋用竹索編成)同桓溫軍激戰。桓溫軍前鋒受挫，參軍龔護戰死，矢及桓溫馬首，桓溫的馬也中了四五支箭。晉軍皆懼，意欲退軍。不料鼓吏誤會了他的意思，猛鳴進鼓，袁喬乘勢督士卒力戰，大破成漢軍。晉軍乘勝直追，火燒城門，李勢連夜逃走，遠遁九十里，至葭萌關(今四川廣元西南)，遣散騎常侍王幼向桓溫請降。然後輿櫬面縛詣桓溫軍門投降，桓溫出來親手給他鬆綁下令燒掉棺材，把李勢及其宗室十餘人送到健康。至此，成漢滅亡。
桓溫既平蜀，在李勢殿上置酒大宴將佐參僚，當地縉紳皆來慶賀。桓溫生性豪爽，氣度不凡，加上新平蜀地，志得意滿，在宴會上神采飛揚，歷數古今成敗由人，存亡系才之事。他“音調英發，”“其狀磊落，一座嘆賞。既散，諸人追味余言”(《世說新語·豪爽篇》)。
桓溫駐軍蜀地，援引成漢政權中的賢才為己之用，像成漢尚書僕射王誓、中書監王嘏、鎮東將軍鄧定，散騎常侍常璩等，皆蜀地一時之選，桓溫並用為參軍。
不久，漢故尚書僕射王誓、鎮東將軍鄧定、將軍隗文等各擁兵萬餘反晉。桓溫親率軍進討鄧定，遣袁喬部進討隗文，晉軍皆大破叛軍。桓溫又命晉益州刺史周撫鎮守彭模(今四川彭山東南)，斬王誓、王潤。桓溫住成都30日後，即率主力撤還江陵(今屬湖北)。還軍時，仍以周撫為益州刺史，鎮彭模。四月，鄧定、隗文等反攻，入據成都(今屬四川)，晉征虜將軍楊謙棄涪城(今四川綿陽東)，退保德陽。七月，隗文、鄧定推立成故國師範長生之子范賁為帝，蜀人多來歸附。五年四月，周撫與晉龍驤將軍朱燾合擊范賁，斬之。至此，周撫經兩年掃除成漢殘餘勢力，使蜀地全歸東晉。
永和四年(348年)，桓溫以平蜀之功，進位征西大將軍、開府、封臨賀郡公。威名大振。
永和五年(349年)四月，後趙主石虎病死，趙國大亂。桓溫自江陵出屯安陸(今湖北安陸)，並上疏請求北伐，朝廷不加理睬。時晉廷中穆帝年幼，褚太后臨朝攝政。桓溫伐蜀時拜表輒行，已引起朝廷疑忌，待其平蜀，更怕他威名過大而日後難制。於是輔政的會稽王司馬昱乃使在朝野中素具盛名的揚州刺史殷浩參綜朝政，以期能對桓溫有所抑制。桓溫對此很是不滿，但他與殷浩素相識，知其不會有多大作為，並不懼怕。
六月，趙揚州刺史王浹舉壽春(今安徽壽縣)來降，形勢對東晉變得更為有利，征北大將軍褚裒遂上表請求伐趙。七月，晉廷以褚裒為征討大都督、督徐、兗、青、揚、豫五州諸軍事，命其北伐後趙。桓溫北伐之舉遂擱置。
永和七年(351年)十二月，桓溫再次拜表輒行，率大軍四、五萬自江陵順流而下，至武昌(今湖北鄂城)而止。朝廷上下驚恐不安。褚裒既敗，晉廷又欲以殷浩北伐，故殷浩時為中軍將軍、假節、都督揚、豫、徐、兗、青五州諸軍事，聞桓溫陳兵而下，驚慌失措，欲去位以避之，經吏部尚書王彪之力勸乃止。這時，會稽王司馬昱寫信給桓溫，極力勸阻，說：“寇難宜平，時會宜接。此實為國遠圖，經略大算，能弘斯會，非足下而誰？但以比興師動眾，要當以資實為本；運轉之艱，古人所難，不可易之於始而不熟慮。頃所以深用為疑，惟在此耳。然異常之舉，眾之所駭，游聲噂沓，想足下亦少聞之。苟患失之，無所不至，或能望風振擾，一時崩散。如此則望實並喪，社稷之事去矣。皆由吾暗弱，德信不著，不能鎮靜群庶，保固維城，所以內愧於心，外慚良友。吾與足下，雖職有內外，安社稷，保家國，其致一也。天下安危，系之明德。當先思寧國而後圖其外，使王基克隆，大義弘著，所望於足下。區區誠懷，豈可復顧嫌而不盡哉”(《資治通鑑·卷第九十九》)！
桓溫此時還不敢公開對抗朝廷，見信後即刻率軍還鎮，並上疏解釋：
“臣近親率所統，欲北掃趙魏，軍次武昌，獲撫軍大將軍、會稽王昱書，說風塵紛紜，妄生疑惑，辭旨危急，憂及社稷。省之惋愕，不解所由，形影相顧，隕越無地。臣以暗蔽，忝荷重任，雖才非其人，職在靜亂。寇讎不滅，國恥未雪，幸因開泰之期，遇可乘之會，匹夫有志，猶懷憤慨，臣亦何心，坐觀其弊！故荷戈驅馳，不遑寧處，前後表陳，於今歷年矣。丹誠坦然，公私所察，有何纖介，容此嫌忌？豈醜正之徒心懷怵惕，操弄虛說，以惑朝聽？
昔樂毅謁誠，垂涕流奔，霍光盡忠，上官告變。讒說殄行，奸邪亂德，及歷代之常患，存亡之所由也。今主上富於陽秋，陛下以聖淑臨朝，恭己委任，責成群下，方寄會通於群才，布德信於遐荒。況臣世蒙殊恩，服事三朝，身非羈旅之賓，跡無韓彭之釁，而反間起於胸心，交亂過於四國，此古賢所以嘆息於既往，而臣亦大懼於當年也。今橫議妄生，成此貝錦，使垂滅之賊復獲蘇息，所以痛心絕氣，悲慨彌深。臣雖所存者公，所務者國；然外難未弭，而內弊交興，則臣本心陳力之志也”(《晉書·桓溫傳》)。晉廷以桓溫為太尉，桓溫固讓不拜。
永和八年(352年)，殷浩自壽春率晉軍北伐。但不久其督統、安西將軍謝尚等在許昌(今河南許昌)大敗於前秦將張遇，晉軍死傷1.5萬人，謝尚逃回，殷浩退回壽春。永和九年(353年)，殷浩率軍7萬再次北進，進據洛陽，修復晉廷園陵。但前鋒羌人將領姚襄於中途倒戈，進擊殷浩。殷浩軍大敗，將士損失萬餘人，殷浩盡棄輜重狼狽逃回，北伐再次失敗。
殷浩奉命連年北伐，屢戰屢敗，糧草器械喪失無數，使得朝野一片怨憤。永和十年(354年)正月，桓溫乘機上疏彈劾，請朝廷廢掉殷浩。於是殷浩被免為庶人，徙居信安。自此，朝廷內外大權全部歸於桓溫，朝中已無人再能阻止桓溫北伐。
此時的殷浩也怨恨桓溫對自己的排斥，但他從不表現出來，久而久之，桓溫覺得殷浩有德有才，對郗超曰：“浩有德有言，向為令仆，足以儀刑百揆，朝廷用違其才耳”(《資治通鑑·卷第九十九》)。決定讓殷浩作尚書令，他寫了一封信說明己意。殷浩見信大喜，打算立即回復，他寫好回信，封好後又唯恐信中有謬誤之處，便又拆開重新檢查一遍，查讀完畢封好，又覺似有不妥之處，於是再拆開來看，就這樣他把這封信開封了十多次，最後終於覺得完美無誤，便派人把信送去，結果在送信差使走後，他才發現把信落在桌上未裝進信封，差使所送只是一封空信，他後悔莫及，幾欲暈死，桓溫接到空函大怒，痛罵殷浩不識抬舉，於是從此和他絕交，殷浩後死於徙所。
二月，桓溫親率步騎兵4萬從江陵(今屬湖北)北上：水軍從襄陽(今屑湖北)沿沔水入均口(今湖北均縣西)，至南鄉(今河南淅川東)；步兵從淅川趨武關(今陝西商洛西南丹江北岸)；命梁州刺史司馬勛由梁州(今陝西安康西北)出兵子午道(自今陝西安康穿秦嶺至長安縣子午鎮，南達漢中，古以北為子，南為午，故有此名)北進，合擊秦軍。
三月，桓溫先頭部隊攻克上洛(今陝西商州)和青泥(今陝西藍田南)，俘秦荊州刺史郭敬，司馬勛攻掠秦之西邊部分地區。前涼秦州刺史王擢也舉兵回響，進攻陳倉(今陝西寶雞市東)。
東晉大軍壓境，秦帝苻健派太子苻萇、丞相苻雄、淮南王苻生、平昌王苻菁、北平王苻碩率軍5萬屯於蟯柳(今陝西藍田縣南)抗擊東晉軍。
四月二十二日，桓溫率軍在藍田(今屬陝西)與秦軍交戰。前秦苻生驍勇善戰，單騎突陣十數次，殺應誕、劉弘等多人，晉軍死傷千餘人。桓溫督眾力戰，終於大破秦軍。與此同時，桓溫弟桓沖在白鹿原(今陝西藍田西灞河、產水之間)又敗苻雄軍。隨後，桓溫軍邊戰邊進，進抵長安城東灞上(今陝西西安市東北)，長安指日可下。
苻萇退守長安城南，秦主親率6000老弱堅守長安小城，悉發精兵3萬，派大司馬雷弱兒等與苻萇合兵共拒桓溫軍。長安城外的三輔郡縣紛紛投降桓溫。晉軍順利入關，關中百姓牽牛擔酒，歡迎東晉軍。老人們都流著熱淚說道：“不圖今日復見官軍”(《晉書·桓溫傳》)！
順陽太守薛珍力勸桓溫進軍長安，桓溫不從，頓軍灞上，貽誤了戰機。是時，隱居關中的王猛聞桓溫入關，前來相見，與桓溫談當世之務，旁若無人。桓溫大為驚異，問王猛：“吾奉天子之命，率銳師十萬，杖義討逆，為百姓除殘賊，而三秦豪傑未有至者何也？”王猛說：“公不遠數千里，深入寇境，長安咫尺而不渡灞水，百姓未見公心故也，所以不至”(《晉書·王猛載記》)。桓溫默然無以應。王猛意思是說桓溫志在立威，以功名鎮服江東，並非真心伐罪弔民，恢復晉土。這正說中桓溫心事，故其無所答對。
此時，前秦已適時組織反攻，苻雄率騎兵7000在於午谷襲敗司馬勛軍，司馬勛退守女媧堡(疑今陝西秦嶺北麓戶縣或周至縣)。五月，王擢部克陳倉，殺秦扶風內史毛難。苻雄率軍在白鹿原大敗桓溫，斬東晉士卒萬餘人。此時東晉軍糧食緊缺。桓溫指望關中麥熟補充軍糧，但秦人堅壁清野，已將小麥割完，使桓溫軍糧秣供應困難。
六月，桓溫被迫撤軍，隨軍遷徙關中3000餘戶百姓。苻萇等緊隨追擊，桓溫屢敗，及至潼關時，逃亡及戰死以萬計。苻雄等於陳倉擊敗司馬勛、王擢之兩部軍，迫其分別逃往漢中(今屬陝西)、略陽(今甘肅秦安東北)。九月，桓溫還至襄陽。
此戰，桓溫軍初期取勝，但在相持階段，猶豫觀望，加之糧秣供應不足，最終失利撤軍。
桓溫曾經自以雄姿風氣比司馬懿、劉琨。但卻有許多人都拿他和王敦(東晉叛將)相比，桓溫對此十分不滿。在桓溫還師途中，遇見一位手巧心靈的婦女，她是劉琨的一位伎女。巧婦見到桓溫，話還未講，就潸然淚下。桓溫見此情形大吃一驚，趕忙把她叫到跟前問她為何如此，這一婦人回答他道：“公甚似劉司空”(《晉書·桓溫傳》)。桓溫大悅，急忙重新整理一下衣冠，得意洋洋地讓婦人再仔細觀瞧，都哪些地方象劉琨，這一婦人觀瞧了一會，不再吭聲，桓溫再三追問，她回答道：“面甚似，恨薄；眼甚似，恨小；須甚似，恨赤；形甚似，恨短；聲甚似，恨雌”(《晉書·桓溫傳》)。桓溫聽了失望至極，回去後褫冠解帶，昏然而睡，數日不樂。
永和十二年(356年)，晉廷拜桓溫為征討大都督、督司冀二州諸軍事，去討伐姚襄。史稱桓溫第二次北伐。姚襄，是羌族首領，他最初臣屬於後趙，後又受東晉封號。公元352年，他和前秦符健作戰，大敗後逃奔東晉。次年，叛晉北還，投前燕。姚襄叛殷浩後，先屯於淮南，招掠流人，眾至七萬，同時遣使上疏晉廷罪狀殷浩，後又聽從其將佐的建議，自稱大將軍、大單于，帶兵北還，占據許昌。
五月時，姚襄自許昌(今河南許昌東)進攻晉另一叛將周成據守的洛陽。月余不克，部屬勸其退兵，姚襄不納，繼續圍攻洛陽。桓溫則乘機北伐。六月，桓溫軍發自江陵，遣督護高武據魯陽(今河南魯山縣)，輔國將軍戴施屯於河上，率舟師從黃河進逼許、洛，自己親率大軍隨後進發，又上疏晉廷，請徐、豫二州出兵從淮、泗入黃河配合作戰。
八月，桓溫軍進至伊水(洛陽南)。姚襄解洛陽圍以拒桓溫，並將精銳埋伏於伊水北岸樹林中。姚襄遣使對桓溫說：“承親帥王師以來，襄今奉身歸命，願敕三軍小卻，當拜伏路左。”桓溫明白其中有詐，便說：“我自開復中原，展敬山陵，無豫君事。欲來者便前，相見在近，何煩使人”(《資治通鑑·卷第一百》)！姚襄見用計不成，便拒水而戰。桓溫親自被甲督戰，命晉軍結陣而進。桓溫之弟桓沖及諸將奮勇向前，大敗姚襄，斬數千人。姚襄率數千騎兵逃至邙山(今河南洛陽北)，西走平陽(今山西臨汾西)。姚襄此人雖勇猛，但卻愛惜民眾，雖屢戰屢敗，民眾仍然都扶老攜幼緊緊跟隨著他，等到傳說姚襄戰死，許、洛士女為溫所得的無不北望而哭。據守洛陽的周成得知姚襄戰敗訊息，即率眾出城迎降。桓溫進入洛陽，謁晉諸帝陵寢，有毀壞者皆令人修復之，並置陵令看守。表鎮西將軍謝尚都督司州諸軍事，鎮洛陽。因謝尚未至，以潁川(今河南許昌東)太守毛穆之、督護陳午、河南(今洛陽)太守戴施領部眾2000人駐防洛陽，拘押周成，又徙歸順的百姓3000餘家於江、漢之間，班師而歸。
桓溫既掌內外大權，其諸弟皆身居要職，桓氏勢力一時甚盛。其二弟桓雲任江州刺史、加都督司豫二州軍事、領鎮蠻護軍、西陽太守、假節。桓雲在職，“招集眾力，志在足兵，多所枉濫，眾皆嗟怨。時溫執權，有司不敢彈劾”(《晉書·桓雲傳》)。其三弟桓豁任建威將軍、督沔中七郡軍事、新野義成二郡太守，後又因功進位右將軍。其四弟桓秘，雖素與桓溫不睦，但也任職輔國將軍、宣城太守，並一度監梁益二州征討軍事、假節，後官至中領軍。其五弟桓沖數從桓溫征伐有功，多次升遷，先後鎮守襄陽、江陵等要衝，昇平四年(360年)桓雲死，接任江州刺史、領鎮蠻護軍、西陽譙二郡太守，振威將軍。此外，其子侄也多有任要職者。昇平四年，晉廷加封桓溫為南郡公，桓沖為豐城縣公，桓溫之次子桓濟為臨賀郡公。
北伐姚襄之前，桓溫曾多次上疏，請求還都洛陽，朝廷不許。隆和元年(362年)二月，燕(即前燕)攻洛陽，桓溫派遣三千兵眾去援助，時洛陽已收復，遂再次上書朝廷建議遷都洛陽。書曰：
“巴蜀既平，逆胡消滅，時來之會既至，休泰之慶顯著。而人事乖違，屢喪王略，復使二賊雙起，海內崩裂，河洛蕭條，山陵危逼，所以遐邇悲惶，痛心於既往者也。伏惟陛下稟乾坤自然之姿，挺羲皇玄朗之德，鳳 妻外籓，龍飛皇極，時務陵替，備徹天聽，人之情偽，盡知之矣。是以九域宅心，幽遐企踵，思佇雲羅，混網四裔。誠宜遠圖廟算，大存經略，光復舊京，疆理華夏，使惠風陽澤洽被八表，霜威寒飆陵振無外，豈不允應靈休，天人齊契！今江河悠闊，風馬殊邈，故向義之徒履亡相尋，而建節之士猶繼踵無悔。況辰極既回，眾星斯仰，本源既運，枝泒自遷；則晉之餘黎欣皇德之攸憑，群凶妖逆知滅亡之無日，騁思順之心，鼓雷霆之勢，則二豎之命不誅而自絕矣。故員通貴於無滯，明哲尚於應機，砎如石焉，所以成務。若乃海運既徒，而鵬翼不舉，永結根於南垂，廢神州於龍漠，令五尺之童掩口而嘆息。
夫先王經始，玄聖宅心，畫為九州，制為九服，貴中區而內諸夏，誠以晷度自中，霜露惟均，冠冕萬國，朝宗四海故也。自強胡陵暴，中華盪覆，狼狽失據，權幸揚越，蠖屈以待龍伸之會，潛蟠之俟風雲之期，蓋屯圮所鍾，非理勝而然也。而喪亂緬邈，五十餘載，先舊徂沒，後來童幼，班荊輟音，積習成俗，遂望絕於本邦，宴安於所託。眷言悼之，不覺悲嘆！臣雖庸劣，才不周務，然攝官承乏，屬當重任，願竭筋骨，宣力先鋒，翦除荊棘，驅諸豺狼。自永嘉之亂，播流江表者，請一切北徙，以實河南，資其舊業，反其土宇，勸農桑之務，盡三時之利，導之以義，齊之以禮，使文武兼宣，信順交暢，井邑既修，綱維粗舉。然後陛下建三辰之章，振旗旗之旌，冕旒錫鑾，朝服濟江，則宇宙之內誰不幸甚！
夫人情昧安，難與圖始；非常之事，眾人所疑。伏願陛下決玄照之明，斷常均之外，責臣以興復之效，委臣以終濟之功。此事既就，此功既成，則陛下盛勛比隆前代，周宣之詠復興當年。如其不效，臣之罪也，褰裳赴鑊，其甘如薺”(《晉書·桓溫傳》)。
當時北方荒涼蕭條，洛陽殘破不堪，眾人雖然都明知遷都不可，但沒有誰而諫止。散騎常待領著作郎孫綽上疏曰：“昔中宗龍飛，非惟信順協於天人，實賴萬里長江畫而守之耳。今自喪亂已來，六十餘年，河、洛丘墟，函夏蕭條。士民播流江表，已經數世，存者老子長孫，亡者丘隴成行，雖北風之思感其素心，目前之哀實為交切。若遷都鏇軫之日，中興五陵，即復緬成遐域。秦山之安，既難以理保，烝烝之思，豈不纏於聖心哉！溫今此舉，誠欲大覽始終，為國遠圖；而百姓震駭，同懷危懼，豈不以反舊之樂賒，而趨死之憂促哉！何者？植根江外，數十年矣，一朝頓欲拔之，驅踧於窮荒之地。提挈萬里，逾險浮深，離墳墓，棄生業，田宅不可復售，舟車無從而得。舍安樂之國，適習亂之鄉，將頓仆道塗，飄溺江川，僅有達者。此仁者所宜哀矜，國家所宜深慮也！臣之愚計，以為且宜遣將帥有威名、資實者，先鎮洛陽，掃平梁、許，清壹河南。運漕之路既通，開墾之積已豐，豺狼遠竄，中夏小康，然後可徐議遷徙耳。奈何舍百勝之長理，舉天下而一擲哉！”孫綽，少慕高尚，嘗著《遂初賦》以見志。桓溫孫綽表，心中不悅，說：“致意興公，何不尋君《遂初賦》，而知人家國事邪”(《資治通鑑·卷第一百一》)！
時朝廷憂懼，揚州刺史王述認為：“溫欲以虛聲威朝廷，非事實也。但從之，自無所至”(《晉書·王述傳》)。於是朝廷詔答桓溫，詔曰：
“在昔喪亂，忽涉五紀，戎狄肆暴，繼襲凶跡，眷言西顧，慨嘆盈懷！知欲躬率三軍，蕩滌氛穢，廓清中畿，光復舊京，非夫外身殉國，孰能若此者哉！諸所處分，委之高算。但河洛丘墟，所營者廣，經始之勤，致勞懷也”(《晉書·桓溫傳》)。後遷都之事果然作罷。晉廷改授桓溫都督並、司、冀州，罷交、廣二州都督，桓溫表辭不受。
興寧元年(363年)五月，桓溫加侍中、大司馬、都督中外諸軍事、假黃鉞。東晉內外軍政大權集於桓溫一身。桓溫乃上疏陳便宜七事：“其一，朋黨雷同，私議沸騰，宜抑杜浮競，莫使能植。其二，戶口凋寡，不當漢之一郡，宜並官省職，令久於其事。其三，機務不可停廢，常行文案宜為限日。其四，宜明長幼之禮，獎忠公之吏。其五，褒貶賞罰，宜允其實。其六，宜述遵前典，敦明學業。其七，宜選建史官，以成晉書”(《晉書·桓溫傳》)。有司皆奏行之。從桓溫所陳七事看，大部分是針對當時朝廷上的問題而發，如果真能照此實行，對於東晉的弊政當能有所改革。
桓溫遇到大事必定要和參軍郗超，主簿王珣二人商計。當時有人這樣說：“髯參軍，短主簿(因郗超鬍鬚長，王珣鬍鬚短，故有此說)，能令公喜，能令公怒”(《晉書·郗超傳》)。
興寧二年，桓溫當政時期，東晉實行了“庚戌土斷”。由於桓溫法令嚴明，這是東晉最有成果的一次土斷。東晉過江以來，對於北來的流民採取優待政策，“以其舊壤之名，僑立郡縣，往往散居，無有土著”(《隋書·食貨志》)。這些“無有土著”之人不入於國家的正常編戶，因此也不負擔國家的賦役。從成帝鹹和年間，東晉政府為了增加勞動人手和賦役來源，也為了防止國家的正常編戶冒充北方流民逃避賦役，開始實行土斷。在“庚戌土斷”之前，先後實行過二次土斷。興寧二年三月初一庚戌這天，朝廷頒布法令，“大閱戶人，嚴法禁，謂之庚戌制”(《晉書·哀帝紀》)。桓溫當政，執法雷厲風行，彭城王司馬玄“違禁藏匿民五戶，桓溫表玄犯禁，收付廷尉”(《晉書·彭城穆王權傳》)，由於桓溫一反東晉過去優容世族貴戚的作法，執法有力，這次土斷取得很大成果，大批人口成為國家的編戶，流民減少，時會稽一郡即“亡戶歸口三萬餘口”(《晉書·王彪之傳》)。後來劉裕當政時評論此次土斷說：“大司馬桓溫，以民無定本，傷治為深，庚戌土斷，以一其業，於時財阜國豐，實由於此”(《宋書·武帝紀》)。桓溫當政期間，較之東晉其他時期，在政治上似乎稍有振作。
昇平四年(360年)時，前燕太子慕容暐繼位，司徒慕容評、太宰慕容恪輔政。燕軍繼續向南發展，先後占領東晉豫州許多郡縣。興寧二年(364年)二月，前燕又派太傅慕容評、龍驤將軍李洪率軍南下掠地。四月，李洪攻打許昌(今河南許昌東)、汝南(今屬河南)兩城。在懸瓠(今河南汝南)擊敗晉軍。東晉潁川太守李福戰死，汝南太守朱斌逃往壽春(今安徽壽縣)，陳郡(今河南淮陽)太守朱輔退保彭城(今江蘇徐州市)。桓溫派西中郎將袁真抵禦李洪，親率水軍進抵合肥，準備北伐。
五月，晉廷又以桓溫為揚州牧、錄尚書事，遣侍中顏旄宣旨，召桓溫入朝參政。桓溫以中原尚未恢復為由推託，書曰：
“方攘除群凶，掃平禍亂，當竭天下智力，與眾共濟，而朝議鹹疑，聖詔彌固，事異本圖，豈敢執遂！至於入參朝政，非所敢聞。臣違離宮省二十餘載，鞸奉戎務，役勤思苦，若得解帶逍遙，鳴玉闕廷，參贊無為之契，豫聞曲成之化，雖實不敏，豈不是願！但顧以江漢艱難，不同曩日，而益梁新平，寧州始服，懸兵漢川，戍御彌廣，加強蠻盤牙，勢處上流，江湖悠遠，當制命侯伯，自非望實重威，無以鎮御遐外。臣知舍此之艱危，敢背之而無怨，願奮臂投身造事中原者，實恥帝道皇居仄陋於東南，痛神華桑梓遂埋於戎狄。若憑宗廟之靈，則雲徹席捲，呼吸盪清。如當假息遊魂，則臣據河洛，親臨二寇，廣宣皇靈，襟帶秦趙，遠不五載，大事必定。
今臣昱以親賢贊國，光輔二世，即無煩以臣疏鈍，並是機務。且不有行者，誰捍牧圉？表里相濟，實深實重。伏願陛下察臣所陳，兼訪內外，乞時還屯，撫寧方隅”(《晉書·桓溫傳》)。
晉廷不許，再次征桓溫入朝。燕軍先後攻占許昌、汝南和陳郡，把萬餘戶居民遷至幽、冀二州，留鎮南將軍慕容塵駐守許昌。桓溫軍至赭圻(時屬宣城郡，今安徽宣城附近)，晉廷又詔尚書車灌止之，桓溫遂城赭圻而居之，辭錄尚書事不受，遙領揚州牧。同年，桓溫移鎮姑孰，轉以其弟桓豁監荊、揚、雍州軍事、領護南蠻校尉、荊州刺史、假節，右將軍號如故，鎮守荊州。其時，桓溫權傾天下，威勢鎮主，既鎮姑孰，遙控朝政，四方州牧皆遣上佐綱紀致敬。不久，哀帝死，桓溫北伐之舉暫時擱置。
太和三年(368年)，晉廷加桓溫殊禮，位在諸侯王之上。
太和四年(369年)，桓溫第三次出兵北伐，進攻目標是前燕。早在太和二年(367年)五月，前燕太宰慕容恪病死，前秦、東晉均欲乘機圖之。前秦因王公作亂，無暇外顧。桓溫則乘機北伐。
太和四年三月，桓溫請與徐、兗二州刺史郗愔、江州刺史桓沖、豫州刺史袁真等討伐前燕。時郗愔所領徐州，其民多勁悍，為精兵所聚之地。桓溫常說：“京口酒可飲、兵可用”(《晉書·郗超傳》)，很不願意讓郗愔居於京口。這時，郗愔聽從其子郗超之計，寫信給桓溫，自稱老病，不堪軍旅，請桓溫統率自己所領之兵，並乞閒職自養。桓溫見信大喜，即刻轉郗愔為會稽太守，自己並郗愔之兵，又自領平北將軍、徐兗二州刺史，實力大增。
四月初一，桓溫率桓沖、袁真等步騎五萬從姑孰(今安徽當塗)出發開始北伐。朝中百官皆來送行，“都邑盡傾”(《晉書·桓溫傳》)。途中，大軍行經金城(東晉僑置琅玡郡治，在今江蘇句容縣北)，望見當年為琅玡太守時所種的柳樹皆已長大，慨然道：“木猶如此，人何以堪”(《晉書·桓溫傳》)！攀枝執條，泫然淚下。過淮泗，踏上北土時，桓溫和僚屬登平乘樓(大船之樓)遙望中原，慨然道：“假使神州陸沈，百年丘墟，王夷甫(王夷甫即王行，是西平靜一位大臣。此人清談虛無，信口雌黃，在“八王之亂”中，攀緣附勢，專謀自保)等人不得不任其責！”袁宏曰：“運有興廢，豈必諸人之過！”桓溫聞後，臉上變色，對從眾人說：“頗聞劉景升有千斤大牛，啖芻豆十倍於常牛，負重致遠，曾不若一羸牸，魏武入荊州，以享軍士”(《晉書·桓溫傳》)。桓溫“意以況宏，坐中皆失色”(《晉書·桓溫傳》)(《晉書·桓溫傳》記金城泣柳及北眺中原之事皆在穆帝永和十二年，《資治通鑑》不載金城泣柳事，但亦將北眺中原之事記於永和十二年，皆誤。劉盼遂、程炎震先生考辨此事當為海西公太和四年伐前燕時事，其說甚是。見余嘉錫先生《世說新語箋疏》(中華書局版)第115頁《言語篇》劉盼遂曰及第834頁《輕詆篇》程炎震雲。)。
時參軍郗超認為“道遠，汴水又淺，運道不通”(《晉書·郗超傳》)。桓溫不聽。六月初二，桓溫軍至金鄉(今山東嘉祥南)，適逢大旱，河床乾涸，水運斷絕。桓溫派冠軍將軍毛虎生在鉅野(今山東巨野北)開挖運河300里，引汶水(今大汶水)和清水(古濟水自鉅野澤以下別名清水)會合。這條航道後稱“桓公瀆”。桓溫率水軍從清水進入黃河，船艦綿延幾百里。這時，郗超又建議說：“清水入河，無通運理。若寇不戰，運道又難，因資無所，實為深慮也。今盛夏，悉力徑造鄴城，彼伏公威略，必望陣而走，退還幽朔矣。若能決戰，呼吸可定。設欲城鄴，難為功力。百姓布野，盡為官有。易水以南，必交臂請命。但恐此計輕決，公必務其持重耳。若此計不從，便當頓兵河濟，控引糧運，令資儲充備，足及來夏，雖如賒遲，終亦濟克。若舍此二策而連軍西進，進不速決，退必愆乏，賊因此勢，日月相引，僶俯秋冬，船道澀滯，且北土早寒，三軍裘褐者少，恐不可以涉冬。此大限閡，非惟無食而已”(《晉書·郗超傳》)。桓溫仍不納，繼續揮軍伐燕。先派建威將軍檀玄進攻湖陸(今山東魚台東南)，克之，俘燕寧東將軍慕容忠。前燕帝慕容暐任命下邳王慕容厲為征討大都督，統率步騎2萬人和晉軍戰於黃墟(今河南開封東)，燕軍大敗，慕容厲單騎逃回，燕高平太守徐翻舉郡降晉。晉軍前鋒鄧遐和朱序又在林渚(今河南新鄭東北)打敗燕將傅顏。慕容暐又派樂安王慕容臧統率諸軍抵抗，慕容臧深感不敵。於是，派散騎常侍李鳳去前秦求援。
七月，桓溫進駐武陽(今山東莘縣東南)，前燕舊將、故兗州刺史孫元率宗族起兵回響，桓溫到達枋頭(今河南濬縣西南)。東晉大軍連戰連勝，使慕容暐統治集團十分恐懼。慕容暐和太傅慕容評商議，欲逃故都和龍(今遼寧朝陽)。吳王慕容垂勸阻說：“不然，臣請擊之，若戰不捷，走未晚也”(《晉書·慕容暐載記》)。慕容暐遂以慕容垂代替慕容臧為南討大都督，率征南將軍慕容德等5萬步騎抵禦桓溫，慕容暐又派散騎侍郎樂嵩往前秦求救，並答應以割，讓虎牢(今河南滎陽西北汜水鎮)以西的土地給秦為條件。
前秦王符堅召集群臣商議，採納輔國將軍王猛先援弱擊強，後再乘燕衰而取的建議。八月，派將軍苟池和洛州刺史鄧羌率領步騎2萬救援前燕。援軍從秦洛州(今河南)出發，出洛陽進屯潁川(今河南許昌東)，又派散騎侍郎姜撫去燕國報信。時桓溫在枋頭徘徊不進，欲以持久靜觀燕國內變，坐獲全勝。慕容垂遣將與桓溫交戰，俘其嚮導段思，又擊斬晉將李述，使晉軍喪失銳氣。
攻燕初期，桓溫曾派袁真攻打譙(郡治今安徽亳州)、梁(治今河南商丘南)，欲占領石門(即汴口)，以通水運。結果袁真攻克了譙、梁而沒有打開石門。桓公瀆因為乾旱水位下降，已不能通運。而慕容垂又派燕范陽王慕容德，蘭台侍御史劉當率騎兵一萬五千駐屯石門，晉軍水運斷絕。
九月，慕容德率騎兵1萬，蘭台治書侍御史劉當率騎5000進屯石門，出晉軍之後。燕豫州刺史李邦率州兵5000切斷了桓溫的陸運糧道。慕容德派將軍慕容宙率步騎1000為前鋒，與晉軍相遇。慕容宙知晉軍不善於衝鋒陷陣，喜歡乘退進擊，遂採取後退誘敵，設伏聚殲的戰術，派200名騎兵出來挑戰，其他騎兵伏於三處，挑戰者未戰即退，晉兵猛追，中伏大敗。桓溫接連失利，糧草中斷，又聽說前秦援兵將要到達，遂下令焚燒戰船，丟下輜重、鎧仗，率軍從陸路撤回。桓溫從東燕(治今河南汲縣東南)出發，撤退途中恐前燕追兵在上游放毒，命士卒鑿井取水飲用，這樣一直行走了700里。前燕諸將爭欲追擊，慕容垂不許。他認為：“溫初退惶恐，必嚴設警備，簡精銳為後拒，擊之未必得志，不如緩之。彼幸吾未至，必晝夜疾趨；俟其士眾力盡氣衰，然後擊之，無不克矣”(《資治通鑑·卷第一百二》)。於是，慕容垂親率騎兵8000尾隨桓溫軍行進。桓溫果然加速退兵，幾天以後，慕容垂遂令諸將急進，在襄邑(今河南睢縣)追上桓溫。慕容德先率領4000名精銳騎兵埋伏於襄邑東澗中，和慕容垂東西夾擊桓溫，大敗晉軍，被斬首3萬人。秦將苟池又於譙郡截擊桓溫，晉軍死者復以萬計。晉將孫元據守武陽抵抗燕軍，被燕左衛將軍孟高擒獲。
十月，天氣漸冷，桓溫收集餘眾，屯于山陽(今江蘇淮安)。此戰，桓溫屢據良策，糧運被斷，遂以失敗告終。
桓溫此次北伐，損失重大，深以為恥。回至山陽，乃歸罪於豫州刺史袁真未能保障後方及糧運，奏免其官。袁真上表辯冤，並奏桓溫罪狀，朝廷明知是桓溫的過錯，但畏於他的威勢，不敢處理，於是只好置之不理。袁真不服桓溫誣己，遂於十月據壽春(今安徽壽縣)投降前燕，又派使臣與前秦通好。
桓溫使毛虎生領淮北太守，鎮戍歷陽(今安徽和縣)，防備袁真。並於十二月徵發徐州、兗州居民修築廣陵城(今揚州市)，征役本來已經特別頻繁，又加上當時瘟疫流行，所以死亡人數達十之四五，百姓怨聲載道。秘書監孫盛對桓溫特別不滿，他寫了《晉春秋》呈交朝廷，把情況如實向皇帝陳述。桓溫大怒，對孫盛子說：“枋頭誠為失利，何至乃如尊君所說！若此史遂行，自是關君門戶事”(《《晉書·孫盛傳》》)。孫盛生性剛正嚴謹，當時雖然其子孫都已頭髮斑白，而他對待他們的嚴厲程度絲毫未減。他兒子回家告訴家裡人桓溫的威嚇之語後，全家人都驚恐萬分，他的幾個兒子嚇得號啕大哭，跪在孫盛跟前，請求父親從保住子女性命的想法出發改掉那段歷史。孫盛大怒，堅決不改。諸子跪在他腳下哀求競日，未成，遂私自改之，不料孫盛早已寫好別本，寄於慕容氏。太元中，孝武帝博求異聞，於遼東得此書，發現內容不同，書遂兩存。
太和五年(370年)二月，袁真死，陳郡太守朱輔立袁真之子袁瑾為建威將軍、豫州刺史，以保壽春。又派人至鄴城(今河北臨漳西南)請命。前燕封袁瑾為揚州刺史，朱輔為荊州刺史。四月，前燕、前秦均派兵援助袁瑾。桓溫派督護竺瑤、矯陽之等率兵迎戰，與燕軍戰於武丘(在今河南沈丘東南)，敗之，南頓太守桓石虔攻克壽春南城。八月，桓溫親率軍2萬從廣陵(今江蘇揚州)出發，敗袁瑾於壽春，並將其包圍。前燕左衛將軍孟高率騎兵救袁瑾，剛到淮水北岸，準備渡淮水，正值前秦進攻前燕，孟高被召回。
太和六年(371年)正月，袁瑾、朱輔再向秦求援。前秦王苻堅封袁瑾為揚州刺史，朱輔為交州刺史，並派武衛將軍王鑑、張蚝等率步騎2萬來援。桓溫遣淮南太守桓伊、南頓太守桓石虔率軍迎擊，大敗秦軍於石橋，秦軍退屯慎城。桓溫攻克壽春，擒袁瑾、朱輔及其宗族幾十人，並送建康(今南京)斬首，並將其所侍養的數百人全部挖坑活埋。
桓溫既負其才力，久懷異志。其北伐本意是欲先立功河朔，然後還受九錫，漸竊朝柄。既有枋頭之敗，威望頓減。參軍郗超乃勸桓溫說：“明公既居重任，天下之責將歸於公矣。若不能行廢立大事、為伊霍之舉者，不足鎮壓四海，震服宇內，豈可不深思哉”(《晉書·郗超傳》)！桓溫素有野心，遂納其策。他曾對對親信說：“為爾寂寂，將為文、景所笑”，接著又撫枕而起說：“既不能流芳後世，不足復遺臭萬載邪！”(《晉書·桓溫傳》)？其部下見桓溫出此不臣之言，莫敢答對。又桓溫對於叛逆王敦甚為傾慕，經過王敦墓時，連聲說：“可人，可人”(《晉書·桓溫傳》)，稱讚王敦能行非常之舉。這時與郗超一拍即合，遂定廢立之事。
由於海西公司馬奕(366—371在位)平素謹慎，沒有過錯，桓溫與郗超商量，乃誣海西公有陽痿，是太監之身，並說海西公使嬖人相龍、計好、朱靈寶等與美人田氏、孟氏私通，生下三子，將要冒充皇子建儲為王，改變皇家血統，傾移皇基。
十一月，桓溫率軍從廣陵返回姑孰，半路止軍於白石(今安徽當塗西)，帶兵入朝，威逼褚太后廢海西公帝位，立會稽王司馬昱為帝，並草擬好詔令呈之於太后。褚太后在逼迫之下，只得同意。桓溫集百官於朝堂，然而廢立之事在晉代從未發生過，又沒有知其典故的人，大家都非常震驚恐懼。桓溫也變了臉色，不知如何是好。尚書左僕射王彪之對桓溫說：“公阿衡皇家，當倚傍先代”(《資治通鑑·卷第一百三》)。於是下令取《漢書·霍光傳》，把霍光歷史典故公布於眾。然後宣太后令，廢海西公為東海王，立會稽王司馬昱為帝。桓溫命督護竺瑤、散騎侍郎劉亨收海西公皇帝璽綬，又親率百官至會稽王邸。迎司馬昱入朝。於是司馬昱即帝位，改年號為鹹安，司馬昱是為簡文帝。簡文帝詔桓溫依諸葛亮故事，甲仗百人入殿。賜錢五千萬，絹二萬匹，布十萬匹。
桓溫廢掉海西公後，對朝中的異己力量大加廢徙。太宰武陵王司馬晞(即簡文帝的哥哥)平時酷愛研習武事，被恆溫所忌，使御史中丞譙王司馬恬上疏，請依律處死司馬晞，簡文帝不許。桓溫又親自上表請殺司馬晞，言詞酷切。簡文帝便賜給桓溫一手詔，說：“若晉祚靈長，今便宜奉行前詔(免官之詔)；如其大運去矣，請避賢路”(《晉書·簡文帝紀》)。桓溫看罷詔書，大驚失色，汗流浹背。改請廢司馬晞及其二子，其家屬皆徙於新安郡。
著作郎殷浩之子殷涓、廣州刺史庾蘊素與桓溫有隙。又庾、殷二姓勢力很強，太和年間，庾希、庾邈等兄弟7人並為朝中顯貴，桓溫內心不滿，皆欲除之。乃使其弟桓秘逼迫新蔡王司馬晃自首，稱與司馬晞、殷涓、庾蘊之弟庾倩、庾柔等謀反，然後將他們全部收付廷尉。不久，殷涓、庾倩、庾柔等都遭族誅，唯庾蘊因其侄媳乃桓豁之女，桓溫使其飲酖自盡。
庾希、庾邈則逃至海陵郡(治今江蘇泰州)陂澤中。前青州刺史武沈是庾希的從母兄弟，暗中供其糧餉達一年之久。鹹安二年(372年)，桓溫得知庾希兄弟蹤跡，派兵搜捕。六月，武沉子武遵與庾希在海邊聚集人馬，搶奪船隻，乘夜向京口城(今江蘇鎮江)進攻。晉陵太守卞耽逃往曲阿(今江蘇丹陽)，士兵皆散。庾希等入城開監，放出數百囚犯，發給兵器。對外則宜稱桓溫廢帝殺王，今承海西公密旨，誅除凶逆。庾氏兄弟強大的聲勢震擾京都。桓溫下令內外戒嚴，各城門增兵防備。平北參軍劉爽與高平太守郗逸之、游軍督護郭龍等合兵抗擊，卞耽又和曲阿人弘戎徵發諸縣鄉兵2000人，與庾希對抗。雙方交戰，庾希戰敗，退守城池。桓溫又派東海太守周少孫率軍往攻，克京口。庾希、庾邈、武遵及其部眾被斬。
桓溫既誅庾、殷之族，“威勢翕赫”(《晉書·桓溫傳》)，侍中謝安見而遙拜。桓溫大吃一驚，問他道：“安石，卿何事乃爾！”謝安國答說：“未有君拜於前，臣揖於後”(《晉書·桓溫傳》)。時桓溫有腳疾，簡文帝讓其乘輿入朝，“既見，欲陳廢立本意，帝便泣下數十行，溫兢懼，不得一言而出”(《晉書·桓溫傳》)。簡文帝下詔進桓溫為丞相，桓溫辭讓不受，帶兵返回白石，還鎮姑孰。
前秦帝苻堅聞知桓溫行廢立之事，很不以為然，說：“溫前敗灞上，後敗枋頭，十五年間，再傾國師。六十歲公舉動如此，不能思愆免退，以謝百姓，方廢君以自悅，將如四海何”(《晉書·苻堅載記》)！
簡文帝雖身為帝王，但攝於桓溫權勢，常懼被廢，有一次他抒發鬱悶，吟詠元帝時的給事中庾闡的詩說：“志士痛朝危，忠臣哀主辱”(《晉書·簡文帝紀》)。吟罷潸然淚下，眾人無不落淚嘆惜。簡文帝在位不到二年，便憂憤而死。
二年七月，簡文帝病重，急忙召桓溫說：“吾遂委篤，足下便入，冀得相見。便來，便來”(《晉書·桓溫傳》)！一晝夜四詔，桓溫上書推辭不至，書曰：“聖體不和，以經積日，愚心惶恐，無所寄情。夫盛衰常理，過備無害，故漢高枕疾，呂后問相，孝武不豫，霍光啟嗣。嗚噎以問身後，蓋所存者大也。今皇子幼稚，而朝賢時譽惟謝安、王坦之才識智皆簡在聖鑒。內輔幼君，外御強寇，實群情之大懼，然理盡於此。陛下便宜崇授，使群下知所寄，而安等奉命陳力，公私為宜。至如臣溫位兼將相，加陛下垂布衣之顧，但朽邁疾病，懼不支久，無所復堪托以後事”(《晉書·桓溫傳》)。
幾天后，簡文帝病死。群臣懼於桓溫，不敢擁立太子，有人認為應該請桓溫來朝後再說，尚書僕射王彪之說：“天子代立，大司馬何容得異！若先面咨，必反為所責”(《晉書·王彪之傳》)。於是群臣才敢立太子司馬曜即帝位，司馬曜是為孝武帝。簡文帝臨死，遺詔使太子家國事一稟之於桓溫，如諸葛亮、王導故事。桓溫本以為簡文帝臨死將禪位於己，不然便會使己如周公行居攝之事。見簡文帝遺詔，大失所望，十分憤怒，給其弟桓沖寫信說：“遺詔使吾依武侯、王公故事耳”(《晉書·桓溫傳》)。桓溫未能遂願，疑心是侍中王坦之、吏部尚書謝安從中作梗，因此，心中對二人恨之入骨。
寧康元年(373年)二月，桓溫帶兵入朝，朝中人心惶惶，傳言桓溫將要殺掉王坦之、謝安，取代晉室稱帝。孝武帝詔令王、謝率百官至新亭(今南京市西)迎接桓溫。王坦之恐懼不安，而謝安則神態自若，說：“晉祚存亡，決於此行”(《晉書·謝安傳》)。桓溫至新亭，百官拜伏於道，桓溫大陣兵衛，和百官相見。於時氣氛十分緊張，朝中位望稍高者皆驚慌失措，王坦之汗流遍體，衣服都沾貼在身上，還錯將手版倒拿。只有謝安從容就坐，跟桓溫說：“安聞諸侯有道，守在四鄰，明公何須壁後置人邪”？桓溫笑道：“正自不能不爾耳”(《晉書·謝安傳》)。桓溫遂令左右撤下。與桓溫談笑自若，答對得體，氣氛漸漸緩和，二人交談多時，竟盡歡而散。時郗超為桓溫的謀主，謝安和王坦之見桓溫時，郗超臥在帳中竊聽他們的談話。恰巧這時來一陣風把帳幕吹開，謝安笑道：“郗生可謂入幕之賓矣”(《資治通鑑·卷第一百三》)。
桓溫入朝，因當時發生的盧悚入宮事，將尚書陸始收付廷尉，連座者甚眾。三月，桓溫染病，於是回姑孰養病，在建康只呆了十四天。
桓溫回至姑孰，病漸沉重，但其野心未已，逼迫朝廷加其九錫，屢屢使人催促。謝、王等人聞知其病重，故意拖延，時桓溫使其記室袁宏撰九錫文，謝安屢次修改，多日不成。七月己亥(公元373年8月18日)，桓溫病重身死，終年六十二歲。終於沒能實現他先加九錫，再漸移晉室的野心。
點評：桓溫生活簡樸，富有軍政之才，很熟悉兵法，也善於用兵，但並不是一個出色的軍事家。其戰績是負多勝少，而且多數是先勝後敗。桓溫一生主要有四次征戰，即一次西征和三次北伐。西征之役勝之僥倖；第二次北伐雖勝，但規模不大；第一、三次北伐則都是慘敗而歸。
桓溫的失敗有主客觀二方面的原因。從主觀上來說，桓溫北伐不是真正想收復中原，而是志在立威，企圖通過北伐，樹立個人威信，伺機取晉室而代之。因此，桓溫在作戰中務求持重，在大好形勢下常常觀望不進，貽誤戰機。用兵貴在多謀善斷，相機而動。桓溫此多次在大好形勢下觀望不進，優柔寡斷，雖與他志在立威，無意真正北伐有關，但也反映出他用兵不善於捕捉戰機，缺乏靈活性。而且桓溫但性情驕燥，不聽勸諫，這些都使得他的報負難以實現。
從客觀上來說，東晉君臣無意恢復失地，志在割江自保，又桓溫權勢日增，朝廷對其深懷戒心，因此其北伐得不到真正的支持。當桓溫大軍進展順利之時，申胤就曾預料說：“以溫今日聲勢，似能有為，然在吾觀之，必無成功。何則？晉室衰微，溫專制其國，晉之朝臣未必皆與之同心。故溫之得志，眾所不願也，必將乖阻以敗其事”(《資治通鑑·卷第一百二》)。這是正確的分析。
但從另一方面來講，桓溫的征伐還是有一定的積極意義。它支持了北方各族人民反抗剝削壓迫的鬥爭，打擊了少數族統治者的殘暴統治，這是符合當時中原人民願望的。