劉裕
劉裕(363.4.16—422.6.26)，字德輿，小名寄奴。先祖是彭城人(今江蘇徐州市)，後來遷居到京口(江蘇鎮江市)。南北朝時期宋朝的建立者，史稱宋武帝。中國歷史上傑出的政治家、卓越的軍事家、統帥。
據《宋書·武帝本紀》記載，劉裕是漢高祖劉邦弟弟楚元王劉交的後代。並詳細記載了他家族顯赫的世系表：“交生紅懿侯富，富生宗正辟強，辟強生陽城繆侯德，德生陽城節侯安民，安民生陽城厘侯慶忌，慶忌生陽城肅侯岑，岑生宗正平，平生東武城令某，某生東萊太守景，景生明經洽，洽生博士弘，弘生琅邪都尉悝，悝生魏定襄太守某，某生邪城令亮，亮生晉北平太守膺，膺生相國掾熙，熙生開封令旭孫，旭孫生混，始過江，居晉陵郡丹徒縣之京口裡，官至武原令。混生東安太守靖，靖生郡功曹翹，是為皇考。”不過這裡面的可信程度尚待考證。
據《宋書·武帝本紀》記載，劉裕生於興寧元年三月壬寅夜，即公元363年4月16日。出生時，其母即死，其父劉翹因家境貧寒，便想將劉裕拋棄。與劉裕同郡的劉懷敬之母，是劉裕的從母，當時生劉懷敬尚未滿月，聞此事，便前去阻止了劉翹，“斷懷敬乳而乳之”(《資治通鑑·卷第一百一十一》)。
劉裕長大後，“雄傑有大度，身長七尺六寸，風骨奇偉，不事廉隅小節”(《南史·武帝本紀》)，對繼母也孝謹稱著(其繼母生有二子，為劉道規、劉道憐)。但僅識文字，以賣履為業。因為劉裕喜歡賭博，所以被鄰居們看不起。就是這樣一個人，後來竟當上了開國皇帝，所以有人將此稱為“寒人掌權”。
劉裕初為冠軍將軍孫無終司馬。在淝水之戰後，東晉外部威脅暫時消除，孝武帝滿足偏安局面，攝政的會稽王司馬道子專權，政刑謬亂，朝中黨派林立，互相傾軋，朝政腐敗，不斷爆發流血鬥爭。浙東地區賦役苛重。新安太守五斗米道教主孫泰，企圖利用傳道聚眾反抗東晉朝廷，被司馬道子誘殺。其侄孫恩逃入海島翁州(今浙江舟山群島)，聚眾百餘人，伺機復仇。隆安三年(399年)十月，孫恩乘朝廷強征“樂屬”(晉廷徵調浙東諸郡免奴為客者以充兵役)，引起浙東社會騷亂之機，登入攻克上虞(今屬浙江)，襲會稽(治山陰，今浙江紹興)。十一月，俘殺會稽內史王凝之，自稱征東將軍。一時會稽、吳郡、吳興、義興、臨海、永嘉、東陽，新安等八郡(今江蘇、浙江境)紛起回響，旬日之間，義軍發展至數十萬。
晉廷急命衛將軍謝琰、輔國將軍劉牢之率領北府兵前往鎮壓。時劉裕在劉牢之手下參府軍事，也隨軍參戰。十二月，劉牢之至吳，義軍緣道屯結，劉牢之命劉裕率數十人偵察義軍的行動，正遇義軍數千人。劉裕“即迎擊之，從者皆死，裕墜岸下。賊臨岸欲下，裕奮長刀仰斫殺數人，乃得登岸，仍大呼逐之，賊皆走，裕所殺傷者甚眾”(《資治通鑑·卷第一百一十一》)。劉牢之之子劉敬宣見劉裕久去不返，怕被義軍所困，便率兵尋找。卻見劉裕一人驅逐數千名義軍，眾人嘆息不已，劉敬宣遂率軍出擊，大破義軍，斬獲千餘人，又乘勝追擊，義軍兵敗，孫恩退回海島。
劉裕在其軍事生涯的第一次作戰中，便以勇猛的精神，以少勝多，取得了輝煌的勝利，也在軍事史上寫下了傳奇的一筆。
孫恩敗退海島後，東晉統治者仍不放心，怕其東山再起，於是任命謝琰為會稽內史都督五郡軍事，率徐州部眾，鎮守東土。謝琰是東晉著名大族，孝武帝馬司曜時宰相謝安之子。淝水之戰中，和其從兄謝玄一起立下大功，被封為望蔡公。朝廷以為從此可以高枕無憂，誰知謝琰“及至郡，無綏撫之能，而不為武備”(《晉書·謝安傳》)。將帥們都進諫說“強賊在海，伺人形便，宜振揚仁風，開其自新之路”(《晉書·謝安傳》)。謝琰卻頗不以為然，他認為：“苻堅百萬，尚送死淮南，況孫恩奔衄歸海，何能復出，若其復至，正是天不養國賊，令速就戮耳”(《晉書·謝安傳》)。眾人見他執意不聽，也就不再進言了。
隆安四年(400年)五月，孫恩從浹口(今浙江鎮海東南甬江河口)登入，攻克餘姚(今屬浙江)、上虞，進而進攻邢浦(今浙江紹興東)、會稽，轉攻臨海，與晉軍激戰，衛將軍謝琰被部下張猛殺死。謝琰的失敗意味著東晉士族已無力控制局面。從此，北府兵權盡入劉牢之、劉裕等人的手中。十一月，晉寧朔將軍高雅之大敗，孫恩軍追擊至山陰。東晉朝廷大震，再命劉牢之統率北府兵、都督浙東五郡兵對義軍反撲。孫恩為避其鋒芒，再退入海島。劉牢之屯上虞，派劉裕守句章城。
句章城小，士兵只有數百人。作戰中，劉裕常身先士卒，衝鋒陷陣。當時晉軍軍紀律混亂，士卒暴掠，甚為百姓所苦。只有劉裕常身的部隊號令明整，所到之處，甚得百姓擁護。
劉裕此時已受到劉牢之的賞識。隆安五年(401年)二月，孫恩第三次率義軍自浹口(今浙江鎮海東南甬江入海口處)登入，攻句章(今浙江寧波南鄞江南岸)，不克。劉牢之率晉軍反擊，孫恩退走入海。
三月，孫恩攻海鹽(今屬浙江)。劉裕追而拒之，在海鹽舊治築城。孫恩來攻，城內兵力甚弱，劉裕乃選敢死之士數百人，脫甲冑，執短兵，擊鼓而出。義軍一時沒有戒備，又不知劉裕真實意圖，士氣被奪，皆棄甲而逃，義軍將領姚盛被斬。劉裕雖屢破義軍，但仍是眾寡不敵。為此，劉裕於一天深夜令部下偃旗匿眾，裝出撤離的態式。翌日清晨，先讓老弱病殘者登城上鎮守。義軍不知劉裕底細，便向劉裕部下打聽劉裕情況。部下故意回答說：“夜已走矣”(《宋書·武帝本紀》)。義軍輕信其言，爭相入城。劉裕趁其無備，率軍奮戰，義軍大敗。孫恩知城不可破，乃向滬瀆進軍。劉裕遂棄城而追。
海鹽令鮑陋遣其子鮑嗣之率吳兵1000，請為前鋒。劉裕說：“賊兵甚精，吳人不習戰。若前驅失利，必敗我軍，可在後為聲援”(《宋書·武帝本紀》)。但鮑嗣之未納其言。是夜，劉裕多設伏兵，兼置旗鼓，但由於兵力不足，所以每處不過數人。翌日，義軍萬餘人與鮑嗣之部交戰，劉裕率伏兵盡出，舉旗鳴鼓，虛張聲勢。義軍以為四面皆有伏兵，遂退軍。鮑嗣之趁勢追趕，戰死。劉裕且戰且退，義軍兵盛，劉裕部死傷將盡，至伏兵處，劉裕令部下脫取死人的衣服，以示閒暇。義軍見劉裕忽然停止不前，懷疑仍有伏兵，不敢進攻。劉裕趁義軍遲疑之際，大呼而戰，氣色甚猛。義軍以為中計，引軍而退，劉裕則率軍徐徐而歸。
五月，孫恩攻克滬瀆，殺守將吳國內史袁崧，斬4000人。是月，劉裕於婁縣破義軍。六月，乘勝沿長江而上，襲取丹徒，擁眾10餘萬，樓船千餘艘，軍容極盛。時晉廷兵力空虛，內外戒嚴，急調兵遣將防衛京師。劉牢之自山陰引兵攻打義軍，但未至而義軍已過山陰，便令劉裕自海鹽馳援京師。時劉裕部不滿千人，倍道兼行，與義軍一起進抵丹徒。劉裕部兵少且疲，而丹徒守軍也沒有鬥志。孫恩指揮數萬義軍搶占鎮江之蒜山，劉裕率領所部奔擊，大破之，投崖赴水死者甚眾。孫恩失利，退至船上，欲恃其兵眾，整兵直攻建康。晉後將軍司馬元顯率軍拒戰，屢被打敗。義軍因戰船高大，逆行慢，數日才進至白石壘(今南京市西)，貽誤了戰機。劉牢之等得以率軍尾追而來。孫恩遂放棄攻建康，分兵襲取北岸之廣陵(今江蘇揚州西北)，殺3000人。孫恩率主力北取郁洲(今江蘇連雲港市東雲台山，當時隔江在海中)，晉將高雅之被擒。
八月，劉裕為建武將軍、下邳太守，率水軍追孫恩至郁洲，二軍激戰，孫恩又失利，損傷慘重，被迫沿海南撤。十一月，劉裕追孫恩至滬瀆、海鹽，又破之，斬俘以萬數，孫恩只得第四次撤回海島。東晉下令嚴密封鎖沿海，加強守備。義軍給養不繼，發生饑饉和災疫，死者大半，元氣大傷。為擺脫困境和繼續發展，元興元年(402年)三月，孫恩再率義軍登入攻臨海(今浙江臨海東南章安鎮)，被臨海太守辛景率軍擊潰，死亡慘重，孫恩恐被俘，投海自盡。餘部數千人在孫恩妹夫盧循率領下繼續堅持抗晉鬥爭。
早在隆安三年(399年)十二月至四年春，桓玄出兵襲占江陵(今屬湖北)，此後勢力大增。桓玄是東晉權臣桓溫之子。桓溫一生跋扈，位極人臣。桓玄長大後，也“常負其才地，以雄豪自處，眾鹹憚之”(《晉書·桓玄傳》)。因為朝廷忌恨桓家勢力過大，故一直疑而未用。桓玄二十三歲時，才拜為太子洗馬。太元末年，出補義興太守。為此桓玄常有鬱郁不得志之感。有一次，他登上高處感嘆道：“父為九州伯，兒為五湖長。”於是棄官而去。後來在東晉統治集團的內部鬥爭中，桓玄逐漸嶄露頭角，地位日趨顯赫。他都督荊、襄、雍、秦、梁、益、寧七州諸軍事荊州刺史，後桓玄又上疏固爭江州，於是都督八州及楊豫八郡，復領江州刺史。這以後，桓玄“樹用腹心，兵馬日盛”(《晉書·桓玄傳》)。孫恩起義後，桓玄又想借討伐之機，趁機擴展自己的勢力，於是屢次上疏求討孫恩。朝廷看出他有野心，“詔輒不許”。後來孫恩逼近建康，桓玄又“建牙聚眾，外托勤王，實欲觀釁”(《晉書·桓玄傳》)。他乘機控制了長江上游大部地區，而東晉朝廷轄地卻不出三吳，桓玄“斷江路，商旅遂絕。於是公私匱乏，士卒唯粰橡。”(《晉書·簡文三子傳》)至此，桓玄開始自命不凡，“自謂三分有二，知勢適所歸，屢上禎祥以為己瑞”(《晉書·桓玄傳》)。
元興元年(402年)正月，晉廷下詔討伐桓玄，以司馬元顯為征討大都督，以劉牢之作前鋒都督、征西將軍，領江州事。二月，司馬元顯畏桓玄，不敢發兵。桓玄兵抵姑孰(今安徽當塗)，遣部將馮該等攻歷陽(今安徽和縣)，東晉襄城太守司馬休之堅守城池。桓玄軍截斷洞浦(即洞口，今安徽和縣南)，焚燒豫州(治歷陽)守軍的舟艦。武都太守楊秋駐橫江(今安徽和縣東南長江北岸)，叛降桓玄，司馬休之軍潰敗。豫州刺史司馬尚之被俘。劉牢之進駐溧洲(今南京西南長江中)。
時劉裕為劉牢之參軍，請求攻打桓玄，劉牢之未許。時桓玄派其族舅何穆來見劉牢之，勸他投降桓玄。劉牢之長於用兵，短於謀略，認為桓玄少有雄名，依仗全楚之眾，恐怕難以制服他。又考慮到如果平定桓玄，那將功蓋天下，必定不能為元顯所容，便派使者去和桓玄交往。劉裕和其外甥何無忌苦勸諫，劉牢之皆不聽。劉敬宣相勸也無用。三月，劉牢之遣劉敬宣至桓玄處請降。不久，桓玄進至新亭(今南京市南)，司馬元顯棄船退入建康(今南京)城中，後列陣於宣陽門外，但由於軍心已亂，不戰自潰。桓玄進入建康擒司馬元顯。司馬尚之及司馬元顯均被殺，桓玄自任丞相，都督中外諸軍事。
桓玄以劉牢之為征東將軍、會稽太守，劉牢之這才感覺不妙，對劉裕說：“便奪我兵，禍其至矣。今當北就高雅於廣陵舉事，卿能從我去乎？”劉裕回答：“將軍以勁卒數萬，望風降服。彼新得志，威震天下。三軍人情，都已去矣，廣陵豈可得至邪！諱當反覆還京口耳”(《宋書·武帝本紀》)。此時，何無忌問計於劉裕：“我將何之？”劉裕說：“鎮北去必不免，卿可隨我還京口。桓玄必能守節北面，我當與卿事之。不然，與卿圖之。今方是玄矯情任算之日，必將用我輩也”(《宋書·武帝本紀》)。不久劉牢之自縊而死，桓玄下令斫棺斬屍，暴屍於市。等到後來劉裕建議，追理劉牢之，才復其本官。劉裕被任命為中兵參軍，其餘如故。
自孫恩死後，其妹夫盧循率義軍餘部數千人繼續堅持鬥爭。桓玄攻進建康執掌東晉朝權後，為安撫浙東，以盧循為永嘉太守。盧循表面受令，卻暗自擴展勢力。
五月，盧循率義軍自臨海西上攻東陽。東陽為浙江(今富春江)上游軍事重鎮和富庶地區。浙東屢經戰亂，經濟殘破，三吳大飢，戶口減半。劉裕率部將其擊退。
元興二年(403年)正月，盧循遣司馬徐道覆率部再攻東陽。二月，劉裕(時為建武將軍)又將其擊破，斬其將張士道。六月，劉裕被任為彭城內史，日益受到朝廷的重視。八月，盧循率義軍南下攻永嘉(今浙江溫州)，劉裕尾隨而至，雙方展開激戰，義軍兵敗。永嘉之戰，是盧循義軍企圖在東晉腹地建立根據地的最後一戰，失利後，不得不南下實行戰略轉移，在番禺(今廣州市)建立義軍的基地。
當時桓玄為楚王，準備篡位。何無忌便勸劉裕于山陰起兵，征討桓玄。劉裕問計於孔靖，孔靖說：“山陰去都道遠，舉事難成；且玄未篡位，不如待其已篡，於京口圖之”(《資治通鑑·卷第一百一十三》)。劉裕納其言。
由於忌憚劉裕，桓玄便於九月派其從兄衛將軍桓謙試探劉裕，桓謙屏退眾人，問劉裕：“楚王勛德隆重，四海歸懷。朝廷之情，鹹謂宜有揖讓，卿意以為何如？”劉裕假從其言，回答說：“楚王，宣武之子，勛德蓋世。晉室微弱，民望久移，乘運禪代，有何不可！”桓謙聞後大喜道：“卿謂可爾，便當是真可爾”(《宋書·武帝本紀》)。
十二月，桓玄逼晉安帝司馬德宗讓位於己，國號楚。桓玄稱帝後，“禍難屢構，干戈不戢，百姓厭之，思歸一統”(《晉書·桓玄傳》)。劉裕看清了局勢，與劉毅、何無忌等共謀反桓之事。從此，拉開了平定桓玄之亂的序幕。
元興三年(404年)二月，劉裕隨徐、兗二州刺史，安成王桓修入朝。桓玄見到劉裕，對司徒王謐說：“昨見劉裕，風骨不恆，蓋人傑也。”每次遊玩集會，都對劉裕態度優禮有加，贈賜甚厚。桓玄妻劉氏有智鑒，對桓玄說：“劉裕龍行虎步，視瞻不凡，恐不為人下，宜蚤為其所。”桓玄說：“我方欲平盪中原，非劉裕莫可付以大事。關隴平定，然後當別議之耳。”於是下詔說：“劉裕以寡制眾，屢摧妖鋒，泛海窮追，十殄其八。諸將力戰，多被重創。自元帥以下至於將士，並宜論賞，以敘勛烈”(《宋書·武帝本紀》)。桓玄以為用這種懷柔政策可以打消劉裕的不滿情緒，但劉裕卻暗中作了大量準備工作，加緊了起兵的步伐。
不久，劉裕以舊傷復發為由，與何無忌同船而回，密謀興復晉室。於是劉裕與其弟劉道規、何無忌、沛郡人劉毅、平昌人孟昶、任城人魏詠之、高平人檀憑之、琅邪人諸葛長民、太原人王元德、隴西人辛扈興、東莞人童厚之等共同謀划起兵。時桓修弟桓弘為征虜將軍、青州刺史，鎮守廣陵，劉道規為桓弘中兵參軍，孟昶為主簿。劉裕暗中派劉毅至江北，起兵後與二人共殺桓弘；諸葛長民為豫州刺史刁逵左軍府參軍，劉裕令其殺刁逵，占據歷陽；王元德、辛扈興和童厚之則在京城活動，以為內應。
是月，劉裕以遊獵為由，與何無忌等人相聚，共有百餘人。第二天清晨，京口(今江蘇鎮江)城開，劉裕與何無忌等襲殺桓修。劉毅與孟昶等人於廣陵(今江蘇揚州市)攻殺桓弘。劉裕被推為盟主。傳檄文於京城：“夫治亂相因，理不常泰，狡焉肆虐，或值聖明。自我大晉，陽九屢構。隆安以來，難結皇室。忠臣碎於虎口，貞良弊於豺狼。逆臣桓玄，陵虐人鬼，阻兵荊郢，肆暴都邑。天未亡難，凶力繁興，逾年之間，遂傾皇祚。主上播越，流幸非所；神器沉淪，七廟毀墜。夏後之罹浞、豷，有漢之遭莽、卓，方之於玄，未足為喻。自玄篡逆，於今歷年，亢旱彌時，民無生氣。加以士庶疲於轉輸，文武困於造築，父子乖離，室家分散，豈唯《大東》有杼軸之悲，《摽梅》有傾筐之怨而已哉！仰觀天文，俯察人事，此而能久，孰有可亡！凡在有心，誰不扼腕。諱等所以叩心泣血，不遑啟處者也。是故夕寐宵興，援獎忠烈，潛構崎嶇，險過履虎。輔國將軍劉毅、廣武將軍何無忌、鎮北主簿孟昶、兗州主簿魏詠之、寧遠將軍劉道規、龍驤將軍劉籓、振威將軍檀憑之等，忠烈斷金，精貫白日，荷戈奮袂，志在畢命。益州刺史毛璩，萬里齊契，掃定荊楚。江州刺史郭昶之，奉迎主上，宮於尋陽。鎮北參軍王元德等，並率部曲，保據石頭。揚武將軍諸葛長民，收集義士，已據歷陽。征虜參軍庾賾之等，潛相連結，以為內應。同力協規，所在蜂起，即日斬偽徐州刺史安城王修、青州刺史弘首。義眾既集，文武爭先，鹹謂不有一統，則事無以輯。諱辭不獲已，遂總軍要。庶上憑祖宗之靈，下罄義夫之力，翦馘逋逆，盪清京輦。公侯諸君，或世樹忠貞，或身荷爵寵，而並俯眉猾豎，自效莫由，顧瞻周道，寧不吊乎！今日之舉，良其會也。諱以虛薄，才非古人，接勢於已替之機，受任於既頹之運。丹誠未宣，感慨憤躍，望霄漢以永懷，眄山川以增厲。授檄之日，神馳賊廷”(《宋書·武帝本紀》)。劉裕以孟昶鎮守京口，自率部眾1700餘人，進駐竹里(今江蘇句容北)。
劉裕部初克建康時，桓修司馬刁弘率文武佐吏前來救援。劉裕登上城樓對他說：“郭江州已奉乘輿反正於尋陽，我等並被密詔，誅除逆黨，同會今日。賊玄之首，已當梟於大航矣。諸君非大晉之臣乎，今來欲何為”(《宋書·武帝本紀》)？刁弘被劉裕唬住，只好收眾而退。不久劉毅率部眾趕到，劉裕急命他殺了刁弘。
劉毅的兄弟劉邁原來也在建康。劉裕起兵討桓玄後，曾派遣同謀周安穆前去通報劉邁，要他為內應。劉邁為人膽小怕事，他表面敷衍周安穆，內心卻不敢應允。周安穆看破了他的心事，心中懊悔，害怕事情會因此泄露，於是急忙趕回報告劉裕。這時，桓玄任命劉邁為竟陵太守。劉邁不知如何是好，準備船隻走馬赴任。一日夜，劉邁接到了一封桓玄給他的信。信中問道“北府人情云何？卿近見劉諱何所道”(《宋書·武帝本紀》)？劉邁閱信後驚恐萬分，以為桓玄已經知道劉裕的陰謀了。第二天一早就把事情全盤托出。桓玄大驚，封劉邁為重安侯，既而一想，劉邁不抓住周安穆，使周安穆得以逃出，於是又把劉邁給殺死。
桓玄以揚州刺史桓謙為征討大都督。桓謙等主張迎擊劉裕，桓玄則認為：“不然。彼兵速銳，計出萬死。若行遣水軍，不足相抗；如有蹉跌，則彼氣成而吾事敗矣！不如屯大眾於覆舟山以待之。彼空行二百里，無所措手，銳氣已挫，既至，忽見大軍，必驚懼駭愕。我案兵堅陣，勿與交鋒。彼求戰不得，自然散走。此計之上也”(《宋書·武帝本紀》)。桓謙力爭出擊，桓玄乃遣頓丘太守吳甫之、右衛將軍皇甫敷相繼自建康北攻京口。桓玄自聞劉裕起兵，甚為憂懼，有人勸慰他說：“劉裕等眾力甚弱，豈辦之有成，陛下何慮之甚！”桓玄說：“劉裕足為一世之雄，劉毅家無擔石之儲，摴蒲一擲百萬；何無忌，劉牢之甥，酷似其舅。共舉大事，何謂無成”(《宋書·武帝本紀》)。
三月，劉裕與吳甫之在江乘(今江蘇句容北)遭遇。吳甫之是桓玄驍將，其兵甚銳。劉裕手執長刀，大呼而沖，所向披靡，斬吳甫之。劉裕追至羅落橋(今南京東北)。皇甫敷率數千人迎戰劉裕，寧遠將軍檀憑之與劉裕各率一部，檀憑之戰死，其眾潰退。而劉裕則進戰彌厲，奮勇無比，斬皇甫敷。
桓玄聞二將戰死，大懼，再遣桓謙及游擊將軍何澹之屯兵東陵(覆舟山東北)，侍中、後將軍卞范之駐軍覆舟山以西，合計兵力二萬人。劉裕令部隊飽食後，棄餘糧，輕裝進至覆舟山以東，派老弱登山，張旗幟為疑兵，迷惑桓玄。桓玄急調武衛將軍庾賾之率精兵出援各軍。醒謙的士兵多為北府人，素畏伏劉裕，所以莫有鬥志。劉裕與劉毅等將軍隊分為數隊，突擊桓謙軍。劉裕身先士卒，將士無不死戰，以一當百。時值東北風急，劉裕借風縱火，“鼓譟之音震京邑”(《宋書·武帝本紀》)，桓謙大敗。桓玄已無意再戰，率其子侄乘船沿江南下。劉裕率軍進入建康(今南京)，並遣諸將追擊桓玄。
劉裕入建康後，屯石頭城，立留台官，焚桓溫神主於宣陽門外，重立晉新主在太廟中，以示自己是東晉的救世主。並誅殺桓氏宗族。桓玄司徒王謐與眾人推劉裕領揚州，劉裕心不在此，辭不肯受。乃以王謐為侍中、領司徒、揚州刺史、錄尚書事；王謐推裕為使持節、都督揚、徐、兗、豫、青、冀、幽、並八州諸軍事、徐州刺史；劉毅為青州刺史；何無忌為琅邪內史；孟昶為丹陽尹；劉道規為義昌太守。劉裕一下重兵在握，這才答應下來。
桓玄當權時，接下來的是晉朝廷留下來的爛攤子，史稱當時“百司縱弛，桓玄雖欲釐整，而眾莫從之”(《宋書·武帝本紀》)。到劉裕時卻截然不同，由於是眾望聽歸，他“先以威禁內外，百官皆肅然奉職，二三日間，風俗頓改”(《宋書·武帝本紀》)。在劉裕主持下，朝廷內外確實有振興氣象。
當初，劉裕家貧，一次劉裕與刁逵賭博，結果輸了三萬，劉裕還不起賭債，竟被刁逵縛在馬樁上，受盡了恥辱。時王謐到刁逵家中拜訪，見劉裕不凡，便對劉裕說：“卿當為一代英雄”(《資治通鑑·卷第一百一十三》)。王謐替劉裕還了債，刁逵才放了劉裕。從此劉裕便和王謐交上了朋友，由於和王謐的這層關係，所以王謐雖為桓玄佐命之臣，劉裕並沒有加害王謐。劉裕稱帝後，對王氏家族甚厚，以至其幾代不衰。
當時，也有一些人瞧不起劉裕，認為他出身布衣，地位卑賤，例如尚書左僕射王愉的兒子王綏，本是江左冠族。王綏少有重名，他對劉裕頗不服氣，對這一類人，劉裕都相繼予以剷除。
桓玄兵敗後，逃至尋陽(今江西九江東北)。當月，挾持晉安帝繼續西奔。劉裕、劉毅、何無忌、劉道規等率諸軍追討。桓玄留將領何澹之等守湓口(今江西九江西北)。四月，劉裕加督江州諸軍事。是月，桓玄進至江陵(今屬湖北)，增派將領庾稚祖、桓道恭率數千人與何澹之共守湓口。何無忌、劉道規兵至桑落洲(今江西九江東北)。何澹之隨即率水師迎戰。何無忌自知兵寡，遂採取集中兵力擊敵之弱的方略，大破何澹之，一舉攻克湓口，進占尋陽。桓玄集荊州兵力2萬餘人，率軍東進，以梁州刺史苻宏為前鋒，又派散騎常侍徐放先行，勸降劉裕。劉毅、何無忌、劉道規等率眾不足萬人，自尋陽西上。五月，與桓玄遭遇於崢嶸洲(今湖北黃岡西北)，劉毅等以少擊眾，又因風縱火，擊敗桓玄主力，其餘部潰不成軍，夜燒輜重而逃。
義熙元年(405年)正月，劉毅等到達江津，破桓謙、桓振，收復了江陵。三月，晉安帝司馬德宗也到達江陵，並下詔書：
“古稱大者天地，其次君臣，所以列貫三辰，神人代序，諒理本於造昧，而運周於萬葉。故盈否時襲，四靈通其變；王道或昧，貞賢拯其危。天命所以永固，人心所以攸穆。雖夏、周中傾，賴靡、申之績，莽、倫載竊，實二代是維，或乘資藉號，或業隆異世，猶詩書以之休詠，記策用為美談。未有因心撫民，而誠發理應，援神器於已淪，若在今之盛者也。朕以寡昧，遭家不造，越自遘閔，屬當屯極。逆臣桓玄，乘釁縱慝，窮凶恣虐，滔天猾夏。遂誣罔人神，肆其篡亂。祖宗之基既湮，七廟之饗胥殄，若墜淵谷，未足斯譬。
皇度有晉，天縱英哲，使持節、都督揚徐兗豫青冀幽并江九州諸軍事、鎮軍將軍、徐青二州刺史，忠誠天亮，神武命世，用能貞明協契，義夫響臻。故順聲一唱，二溟卷波；英風振路，宸居清翳。暨冠軍將軍毅、輔國將軍無忌、振武將軍道規，舟旗遄邁，而元兇傳首；回戈疊揮，則荊、漢霧廓。俾宣、元之祚，永固於嵩、岱；傾基重造，再集於朕躬。宗廟歆七百之祜，皇基融載新之命。念功惟德，永言銘懷。固已道冠開闢，獨絕終古，書契以來，未之前聞矣。雖則功高靡尚，理至難文，而崇庸命德，哲王攸先者，將以弘道制治，深關盛衰。故伊、望膺殊命之錫，桓、文饗備物之禮，況宏征不世，顧邈百代者，宜極名器之隆，以光大國之盛。而鎮軍謙虛自衷，誠旨屢顯。朕重逆仲父，乃所以愈彰德美也。鎮軍可進位侍中、車騎將軍、都督中外諸軍事，使持節、徐青二州刺史如故。顯祚大邦，啟茲疆宇”(《宋書·武帝本紀》)。
詔書歷數桓玄罪狀，竭力稱讚劉裕平定桓玄之亂中所立下的功績，並封劉裕侍中、車騎將軍，都督中外諸軍事，使持節、徐青二州刺史如故。這樣一來，劉裕的權力大增強。四月，劉裕鎮守京口，改授都督荊、司等十六州諸軍事，加領兗州刺史。
此時，盧循已攻下番禺(今廣州市)，番禺地扼郁水(今珠江)入海口，華南軍事重鎮和政治經濟中心。盧循自稱平南將軍，攝廣州事。遣驍將徐道覆率軍北上攻占始興(今廣東韶關西南)。盧循企圖割據嶺南，遂向東晉妥協，遣使稱臣納貢，以求得到晉廷承認。由於劉裕正全力消滅桓玄殘餘勢力，無暇南顧，遂於四月，委任盧循為廣州刺史，徐道覆為始興相。
義熙二年(406)十月，劉裕被封為豫章郡公。
義熙五年(409年)正月，南燕帝慕容超嫌宮廷樂師不夠，欲對東晉用兵掠取。二月，慕容超輕啟邊釁，進擊東晉宿豫(今江蘇宿遷東南)，掠走百姓2500人。
三月，劉裕上書請伐南燕，一是為抗擊南燕，二是外揚聲威。劉裕知道，要想取晉而代之，僅僅靠立功於東晉境內還不足以服眾，要樹立更高的威信只有北伐。東晉歷史上，北伐向來是權臣立功業的好機會，除祖逖北伐沒有私心，一心只想收復失地，統一河山外，其餘的庾亮、庾翼和殷浩、桓溫的北伐都帶有藉此建功立業，擴大勢力影響的意圖，劉裕當然也不例外。
四月，劉裕自建康(今南京)率舟師溯淮水入泗水。五月，進抵下邳(今江蘇睢寧西北)，留船艦、輜重，改由陸路進至琅邪(今山東臨沂北)。為防南燕以奇兵斷其後，所過皆築城壘，留兵防守。時有人對劉裕說：“燕人若塞大峴之險，或堅壁清野，大軍深入，不唯無功，將不能自歸，奈何？”劉裕說：“吾慮之熟矣。鮮卑貪婪，不知遠計，進利虜獲，退惜禾苗，謂我孤軍遠入，不能持久，不過進據臨朐，退守廣固，必不能守險清野，敢為諸君保之”(《資治通鑑·卷第一百一十五》)。
南燕主慕容超聞劉裕率軍北伐，召群臣商討對策。征虜將軍公孫五樓認為：“吳兵輕果，利在速戰，不可爭鋒。宜據大峴，使不得入，曠日延時，沮其銳氣，然後徐簡精騎二千，循海而南，絕其糧道，別敕段暉帥兗州之眾，緣山東下，腹背擊之，此上策也。各命守宰依險自固，校其資儲之外，余悉焚盪，芟除禾苗，使敵無所資，彼僑軍無食，求戰不得，旬月之間，可以坐制，此中策也。縱賊入峴，出城逆戰，此下策也。”公孫五樓這幾條建議都是知己知彼的可行之策，但慕容超沒有採納，還將其建議逐一駁斥說：“今歲星居齊，以天道推之，不戰自克。客主勢殊，以人事言之，彼遠來疲弊，勢不能久。吾據五州之地，擁富庶之民，鐵騎萬群，麥禾布野，奈何芟苗徙民，鮮自蹙弱乎！不如縱使入峴，以精騎蹂之，何憂不克”(《資治通鑑·卷第一百一十五》)！輔國將軍廣寧王賀賴盧苦諫不從。太尉桂林王慕容鎮說：“陛下必以騎兵利平地者，宜出峴逆戰，戰而不勝，猶可退守，不宜縱敵為峴，自棄險固也”(《資治通鑑·卷第一百一十五》)。慕容超仍是不從。
六月，劉裕未遇抵抗，過莒縣(今屬山東)，越大峴山。劉裕見燕兵不出，舉手指天，喜形於色。部下不解，問：“公未見敵而先喜，何也？”，劉裕說：“兵已過險，士有必死之志；餘糧棲畝，人無匱乏之憂。虜已入吾掌中矣”(《資治通鑑·卷第一百一十五》)。
慕容超先遣公孫五樓、賀賴盧及左將軍段暉等，率步、騎兵5萬進據臨朐(今屬山東)。慕容超得知晉兵已過大峴山，自率步騎4萬繼後。燕軍至臨朐，待劉裕軍至，便留老弱之兵守廣固(今山東青州西北)，余者皆出。臨朐城南有巨蔑水(今山東彌河)，城大約有四十里。慕容超對公孫五樓說：“急往據之，晉軍得水，則難擊也”(《宋書·武帝本紀》)。公孫五樓率騎前出，欲控制巨蔑水(今山東彌河)。與晉軍前鋒孟龍符遭遇，公孫五樓戰敗退走。
劉裕以戰車4000輛分左右翼，兵、車相間，騎兵在後，向前推進。軍令嚴肅，行伍齊整。晉軍進抵臨朐南，慕容超派精騎前後夾擊。兩軍力戰，勝負未決。參軍胡籓獻計說：“燕悉兵出戰，臨朐城中留守必寡，願以奇兵從間道取其城，此韓信所以破趙也”(《資治通鑑·卷第一百一十五》)。劉裕納其策，遣胡藩及咨議參軍檀韶、建威將軍向彌率軍繞至燕軍之後，乘虛攻克臨朐，當日即克。劉裕還聲言輕兵自海道而至，慕容超大驚，單騎逃往城南左將軍段暉營中。劉裕縱兵追擊，大敗燕軍，段暉等十餘將被斬。慕容超逃還廣固。其良馬、輦車、玉璽、豹尾等皆被晉軍繳獲，送往京師。劉裕乘勝追擊北上，第二天進至廣固，克其外城。慕容超退守內城。劉裕築長圍困之，圍高三丈，穿塹三重。劉裕招降納叛，爭取民心，並就地取糧養戰。慕容超被困於廣固內城，先後遣尚書郎張鋼、尚書令韓范，馳往後秦求援。
七月，劉裕被加北青、冀二州刺史。南燕尚書垣遵、其弟京兆太守垣苗也率眾前來歸順。劉裕治攻城器具，城中燕軍說：“汝不得張綱，何能為也”(《宋書·武帝本紀》)。劉裕部下也對其說：“張綱有巧思，若得綱使為攻具，廣固必可拔也”(《資治通鑑·卷第一百一十五》)。時張綱正從後秦返回，被泰山太守申宣抓住送給了劉裕。劉裕把張綱囚在車中，讓慕容超守城的將士看，並說：“劉勃勃大破秦軍，無兵相救”(《資治通鑑·卷第一百一十五》)。城內守軍莫不失色。北方人民也荷戈負糧，前來援助晉軍。
是月，後秦主姚興派衛將軍姚強率步、騎兵1萬，與洛陽(河南洛陽東北)守將姚紹匯合，統兵共救南燕。並遣使對劉裕說：“慕容見與鄰好，又以窮告急，今當遣鐵騎十萬，徑據洛陽。晉軍若不退者，便當遣鐵騎長驅而進。”劉裕識破姚興虛張聲勢，不以為然地說：“語汝姚興，我定燕之後，息甲三年，當平關、洛。今能自送，便可速來”(《宋書·武帝本紀》)！時劉穆之聞有秦使至，急忙來見劉裕，但使者已回。劉裕將所言之事告訴劉穆之，劉穆之擔心地說：“常日事無大小，必賜與謀之。此宜善詳之，云何卒爾便答？公所答興言，未能威敵，正足怒彼耳。若燕未可拔，羌救奄至，不審何以待之？”劉裕笑著說：“此是兵機，非卿所解，故不語耳。夫兵貴神速，彼若審能遣救，必畏我知，寧容先遣信命。此是其見我伐燕，內已懷懼，自張之辭耳”(《宋書·武帝本紀》)。不久，姚興被夏主劉勃勃擊敗於貳城(今陝西黃陵西北)，遂令姚強撤周長安(今西安西北)。慕容超久困於廣固，不見後秦援兵，欲割大峴山以南與東晉、獻良馬千匹為條件，稱藩於東晉，劉裕不允，日夜加緊攻城。南燕大臣張華、封愷、封融及尚書張俊相繼降晉。
九月，晉廷加劉裕為太尉、中書監，劉裕固辭。是月，劉裕又截獲為借兵去後秦的韓范，使其繞城而行，以示後秦救兵無望，城內南燕守軍驚恐。十月，張綱製成飛樓、衝車等各種攻城器具，“設諸奇巧，飛樓木幔之屬，莫不畢備，城上火石弓矢，無所用之”(《宋書·武帝本紀》)。
義熙六年(410年)二月，南燕賀賴盧、公孫五樓率軍挖地道出擊晉軍，被擊敗，退回內城。劉裕率全軍攻城，有人說：“今日往亡，不利行師。”劉裕說：“我往彼亡，何為不利”(《資治通鑑·卷第一百一十五》)！遂四面攻城，南燕尚書悅壽打開城門迎降，晉軍攻入廣固內城。慕容超率數十騎突圍而走，被晉軍追獲，送至建康斬首，南燕滅亡。
此戰，劉裕善於料敵，利用燕軍恃強棄險的失誤，乘機攻擊，以車制騎，在廣固內城攻堅戰中，又採取久圍待其疲而後攻之的方略，將軍事進攻與政治攻心相結合，穩紮穩打，掌握主動，一舉獲勝。
劉裕在破城後，怒廣固久攻不下，欲屠城，將守軍妻女賞給將士。韓范勸阻說：“晉室南遷，中原鼎沸，士民無援，強則附之，既為君臣，必須為之盡力。彼皆衣冠舊族，先帝遺民；今王師吊伐而盡坑之，使安所歸乎！竊恐西北之人無復來蘇之望矣”(《資治通鑑·卷第一百一十五》)。劉裕改容謝之，但仍殺王公以下三千人，沒入家口萬餘，
史學家司馬光對劉裕此舉很不滿：“晉自濟江以來，威靈不競，戎狄橫騖，虎噬中原。劉裕始勸王師剪平東夏，不於此際旌禮賢俊，慰撫疲民，宣愷悌之風，滌殘穢之政，使群士向風，遺黎企踵，而更恣行屠戮以快忿心。跡其施設，曾苻、姚之不如，宜其不能盪壹四海，成美大之業，豈非雖有智勇而無仁義使之然哉”(《資治通鑑·卷第一百一十五》)！
其實劉裕誅殺慕容氏還是有一定的道理的。慕容氏在當時素以反叛稱著，符堅就是前車之鑑，所以劉裕只殺燕國王公，而赦其民，免去了分裂之憂。司馬光在評價符堅時，稱其是婦人之仁，而此時又把劉裕“不能盪壹四海，成美大之業”說成是因為濫殺無辜，實在是沒有道理。
在劉裕伐燕之時，義軍名將徐道覆便勸盧循乘虛而出，盧循不從。徐道覆便親至番禺勸說盧循：“本住嶺外，豈以理極於此，正以劉公難與為敵故也。今方頓兵堅城之下，未有鏇日。以此思歸死士，掩襲何、劉之徒，如反掌耳。不乘此機而保一日之安，若平齊之後，小息甲養眾，不過一二年間，必璽書征君。若劉公自率眾至豫章，遣銳師過嶺，雖復將軍神武，恐必不能當也。今日之機，萬不可失。既克都邑，傾其根本。劉公雖還，無能為也”(《宋書·武帝本紀》)。盧循納其言。
義熙六年(410年)二月，盧循義軍乘晉都城建康兵力空虛之機，在始興(今廣東韶關西南)會合後，兵分兩路北上進攻東晉都城建康(今江蘇南京)。東路由徐道覆率領，取道贛水(今贛江)而下，向尋陽(今江西九江西南)進軍。西路由盧循率領，攻破桂陽(今湖南郴州)、湘東(今湖南衡陽)、長沙(今屬湖南)諸郡，進至巴陵(今湖南嶽陽)。義軍北征之初進軍順利，徐道覆軍連克南康(今江西贛州)、廬陵(今江西吉水北)。
三月，晉鎮南將軍何無忌不聽部下勸告，率軍出戰，結果於豫章(今南昌)當場戰死，致使晉軍全線崩潰，中外大震，晉廷一進準備北投劉裕，後知義軍未至京城，才做罷。時劉裕已至下邳，以船載輜重，自率精銳南歸。至山陽，聞何無忌戰死，擔心京城失守，遂晝夜兼行，並與數十人至淮上，向行人打聽京城的訊息。行人說：“賊尚未至，劉公若還，便無所憂也”(《宋書·武帝本紀》)。劉裕大喜。渡江時，風急浪大，部下都很擔心，劉裕說：“若天命助國，風當自息；若其不然，覆溺何害”(《資治通鑑·卷第一百一十五》)！即命登舟，舟移而風止。劉裕過江，至京口，朝廷見劉裕回來，這才放心。
四月，劉裕至建康，京城戒嚴。時撫軍將軍劉毅準備南征。臨行時，劉裕寫信勸阻說：“吾往習擊妖賊，曉其變態。賊新獲奸利，其鋒不可輕。今修船垂畢，當與弟同舉。克平之日，上流之任，皆以相委”(《資治通鑑·卷第一百一十五》)。還派劉毅從弟劉籓去勸阻。劉裕不但不從，反而大怒，對劉籓說：“往以一時之功相推耳，汝便謂我真不及劉裕邪”(《資治通鑑·卷第一百一十五》)！於是投書於地，率舟師2萬自姑孰溯江而上，進兵尋陽。
徐道覆聞劉毅至，急告示盧循說：“毅兵眾甚盛，成敗事系之於此，宜併力摧之。若此克捷，天下無復事矣。根本既定，不憂上面不平也”(《宋書·武帝本紀》)。盧循接受徐道覆建議，停止進攻江陵，順江而下，與徐道覆聯兵共擊劉毅軍。
五月，盧、徐率義軍10萬、戰船千艘與劉毅軍戰於桑落洲(今江西九江東北)，晉軍大敗，部眾多被義軍俘獲，劉毅帶從數百人陸上逃走，所棄輜重堆積如山，義軍乘勝直逼建康(今南京市)。此時，北歸將士多有傷病，建康守軍不過數千，而義軍則“戰士十餘萬，舟車百里不絕。奔敗還者，並聲其雄盛”(《宋書·武帝本紀》)。處絕對優勢。但盧循得知劉裕已回師建康，心中懼怕，便動搖了直攻建康的決心。徐道覆堅持己見，當盧循採納徐道覆的意見，率兵東下進攻建康時，戰機已被貽誤。
此時，劉裕在京城招募新兵，強了兵力，並調整了部署，增強了防衛。時有人建議分兵防守各個要塞，劉裕認為不可，他說：“賊眾我寡，若分兵屯，則人測虛實。且一處失利，則沮三軍之心。今聚眾石頭，隨宜應赴，既令賊無以測多少，又於眾力不分。若徒旅轉集，徐更論之耳”(《宋書·武帝本紀》)。
晉廷聞劉毅戰敗，人情恟懼。孟昶、諸葛長民準備讓皇帝過江，劉裕不從。當初何無忌、劉毅出兵時，孟昶便說二人必敗，後果然應其言。如今又說劉裕抵抗不了義軍的進攻，所以很多人都相信。但也有一些人不同意孟昶做法，中兵參軍王仲德便對劉裕說：“明公命世作輔，新建大功，威震六合，妖賊乘虛入寇，既聞凱還，自當奔潰。若先自遁逃，則勢同匹夫，匹夫號令，何以威物！此謀若立，請從此辭”(《資治通鑑·卷第一百一十五》)。劉裕聽後很是高興。後孟昶固請不止，劉裕說：“今重鎮外傾，強寇內逼，人情危駭，莫有固志。若一旦遷動，便自瓦解土崩，江北亦豈可得至！設令得至，不過延日月耳。今兵士雖少，自足以一戰。若其克濟，則臣主同休；苟厄運必至，我當以死衛社稷，橫屍廟門，遂其由來以身許國之志，不能遠竄於草間求活也。我既決矣，卿勿復言”(《宋書·武帝本紀》)！孟昶恐晉軍必敗，便請死，劉裕怒道：“卿且申一戰，死復何晚”(《資治通鑑·卷第一百一十五》)！孟昶劉裕不能用其言，便上表說：“臣裕北討，眾並不同，唯臣贊裕行計，致使強賊乘間，社稷危逼，臣之罪也。今謹引分以謝天下”(《宋書·武帝本紀》)。然後飲毒而死。
盧循至淮口，見百姓隔水望義軍，劉裕奇怪，問參軍張劭，張劭說：“若節鉞未反，民奔散之不暇，亦何能觀望？今當無復恐耳。賊若於新亭直進，其鋒不可當，宜且迴避，勝負之事未可量也；若回泊西岸，此成禽耳”(《資治通鑑·卷第一百一十五》)。時徐道覆便勸盧循“於新亭至白石，焚舟而上，數道攻之”(《晉書·盧循傳》)。但盧循多謀少斷，做事求萬無一失，便對徐道覆說：“大軍未至，孟昶便望風自裁；以大勢言之，自當計日潰亂。今決勝負於一朝，乾沒求利，既非必克之道，且殺傷士卒，不如按兵待之。”徐道覆見盧循如此，嘆息道：“我終為盧公所誤，事必無成；使我得為英雄驅馳，天下不足定也”(《資治通鑑·卷第一百一十五》)。
時劉裕登石頭城望盧循軍，初見引軍向新亭，劉裕大驚失色。不久又回到蔡洲，劉裕這才放心。又用虞丘之計，伐樹柵石頭淮口，修治越城，築查浦、藥園、廷尉三壘，皆以兵守之。冠軍將軍劉敬宣屯北郊，輔國將軍孟懷玉屯丹陽郡西，建武將軍王仲德屯越城，廣武將軍劉默屯建陽門外。
六月，晉廷以劉裕為太尉、中書監、加黃鉞，劉裕受黃鉞，其餘固辭。
義軍兵臨建康兩月，屢遭挫敗，兵疲糧乏。七月初，盧循放棄攻取建康計畫，決定退回尋陽，西進江陵。劉裕派輔國將軍王仲德、廣川太守劉鍾、河間內史蘭陵蒯恩、中軍咨議參軍孟懷玉等率軍追擊。
八月，劉裕還東府，大治水軍，並建“皆艦重樓，高者十餘丈”(《宋書·武帝本紀》)。遣建威將軍會稽孫處、振武將軍沈田子率3000人自海上襲番禺。眾人認為“海道艱遠，必至為難，且分撤見力，非目前之急。”劉裕不從，並對孫處說：“大軍十二月之交必破妖虜，卿至時，先傾其巢窟，使彼走無所歸也”(《資治通鑑·卷第一百一十五》)。
十月，裕帥兗州刺史劉籓、寧朔將軍檀韶、冠軍將軍劉敬宣等南擊盧循。是月，徐道覆所率3萬義軍攻江陵，遭晉軍夾擊，損兵萬餘人，退還湓口(今江西九江境)。
十一月，孫處等所率軍水軍從海道至番禺，趁大霧四面而攻之，當日即克其城，完成了對義軍的戰略包圍。是月，劉裕至雷池，盧循揚聲不攻雷池，但被劉裕識破，並派王仲德率水師于吉陽斷其後路。
十二月，劉裕進軍大雷(今安徽望江)。盧循、徐道覆率數萬義軍沿江而下，“前後相抗，莫見舳艫之際”(《宋書·武帝本紀》)。劉裕率輕利鬥艦出戰，又以步騎屯於西岸，投火焚船，大敗義軍。盧循等回尋陽，準備逃往豫章，故在左里(今江西都昌西北左蠡山下)做柵。劉裕進至左里，不得進，遂率軍力戰，再破義軍，盧循單舸而逃，義軍投水死者達萬餘人。劉裕遣劉籓、孟懷玉率軍追擊。盧循、徐道覆得分率殘兵數千向始興和番禺撤退。
義熙七年(411)正月，劉裕回到京城。改授大將軍、揚州牧，給班劍二十人，本官悉如故，劉裕固辭。
二月，劉藩、孟懷玉所部至嶺南，攻破始興城，徐道覆戰死。三月，盧循率義軍攻番禺，晉將孫處據城固守，相持20餘日不克。四月，劉藩、沈田子所部晉軍南下救援番禺，內外夾擊，大破攻城義軍，殺義軍萬餘人。盧循率眾西走，沈田子、孫處率軍追之，又破盧循於蒼悟(今廣西梧州)、鬱林(今廣西桂平)、寧浦(今廣西橫縣西)，晉軍窮追不捨，連破義軍。盧循率殘部3000餘人襲取合浦(今廣西境)，與在九真(今越南清化)起兵抗晉的李遜、李脫所領導的俚、僚等少數民族5000餘人聯合進攻交州(今越南北寧仙遊東)與晉交州刺史杜慧度激戰，遭火攻潰敗，盧循投河自盡，堅持十餘年的孫恩、盧循起義徹底失敗。
劉裕在鎮壓孫恩、盧循起義中，憑其卓越的軍事才能，從一名普通的軍官升到晉軍的最高軍事統帥，並多次救廷於危難之中，使他獲取了足夠的政治資本，也為將來取代晉室打下了堅實的基礎。
三月，劉裕始受太尉、中書監，執掌晉廷大權。晉朝自中興以來，“治綱大弛，權門併兼，強弱相凌，百姓流離，不得保其產業。桓玄頗欲釐改，竟不能行”(《宋書·武帝本紀》)。劉裕當權後，“大示軌則，豪強肅然，遠近知禁”(《宋書·武帝本紀》)。
義熙八年(412年)四月，晉廷以劉裕為豫州刺史，以後將軍豫州刺史劉毅為衛將軍、都督荊、寧、秦、雍四州諸軍事、荊州刺史。此時，劉裕權傾朝野，只有豫州刺史劉毅對劉裕有很大危脅，劉毅與劉裕共同起兵興復晉室，屢立戰功，威名僅次於劉裕。劉毅不像劉裕那樣不學無術，頗涉文雅，所歸附他的清望之士也非常多。內亂平息後，二人的矛盾也就更加尖銳。劉毅性剛愎，不甘屈居太尉劉裕之下，但自從桑落洲敗於義軍後，一蹶不振，便暗中積蓄實力，圖謀朝權。
劉毅任荊州刺史後，便對想拉攏左衛將軍劉敬宣，對其說：“吾忝西任，欲屈卿為長史南蠻，豈有見輔意乎？”劉敬宣害怕，便告訴了劉裕，劉裕笑著說：“但令老兄平安，必無過慮”(《資治通鑑·卷第一百一十六》)。
不久，劉毅又想兼督交、廣二州，劉裕同意。劉毅又以黨羽郗僧施為南蠻校尉後軍司馬，毛修之為南郡太守，劉裕也同意。時寧遠將軍胡籓提醒劉裕：“公謂劉衛軍終能為公下乎？”劉裕默然，良久不語，問：“卿謂何如？”胡籓說：“連百萬之眾，攻必取，戰必克，毅固以此服公。至於涉獵傳記，一談一詠，自許以為雄豪；以是搢紳白面之士輻湊歸之。恐終不為公下，不如因會取之。”但劉裕認為時機尚未成熟，便說：“吾與毅俱有克復之功，其過未彰，不可自相圖也”(《資治通鑑·卷第一百一十六》)。
九月，劉毅至江陵，偶染疾病，郗僧施等恐劉毅死後，不能自保，便勸劉毅上書請調其堂弟、兗州刺史劉藩為副手，劉裕假意應允。劉藩自廣陵(今江蘇揚州西北)入建康(今南京)。劉裕藉機以皇帝詔書，陳列劉毅反叛之罪，指出劉藩與之共謀不軌，勒令劉藩及劉毅黨羽尚書僕射謝混自殺。
十五日，劉裕率諸軍自建康出發，以參軍王鎮惡、龍驤將軍蒯恩為前鋒。二十九日至姑孰(今安徽當塗)，劉裕調整部署後，還告誡王鎮惡說：“若賊知吾上，比軍至，亦當少日耳。政當岸上作軍，未辦便下船也。卿至彼，深加籌量，可擊，便燒其船艦，且浮舸水側，以待吾至。慰勞百姓，宣揚詔旨並赦文、及吾與衛軍府文武書。罪止一人，其餘一無所問。若賊都不知訊息，未有備防，可襲便襲。今去，但云劉兗州上”(《宋書·王鎮惡列傳》)。
王鎮惡晝夜兼程，並偽稱是劉藩西上。十月二十二日，王鎮惡抵達豫章口(今湖北江陵東南)，距江陵城20里，棄船步行進軍。船上留少數人豎旗擊鼓，顯示大軍在後。又遣人燒毀江津(今湖北沙市東南)劉毅船艦，斷其退路。王鎮惡則率軍突進江陵城。兩軍混戰。劉毅軍得知劉裕兵到，戰無鬥志，潰散逃走。王鎮惡遣人送詔書及赦文與劉毅，劉毅焚而不視，與司馬毛惰之等督士卒力戰。王鎮惡恐其作困獸斗，遂引軍出圍金城(今內城)，故網開南門。劉毅恐有埋伏，乘夜率300餘人由北門突圍，投奔牛牧佛寺，為僧人所拒，遂自縊而死。自此，劉裕除掉了身邊最大的隱患。
十一月，劉裕至江陵，殺郗僧施。為安撫人心，劉裕下書：“夫去弊拯民，必存簡恕，舍網修綱，雖煩易理。江、荊凋殘，刑政多闕；頃年事故，綏撫未周。遂令百姓疲匱，歲月滋甚，財傷役困，慮不幸生。凋殘之餘，而不減舊，刻剝徵求，不循政道。宰蒞之司，或非良乾，未能菲躬儉，苟求盈給，積習生常，漸不知改。近因戎役，來涉二州，踐境親民，愈見其瘼；思欲振其所急，恤其所苦。凡租稅調役，悉宜以見戶為正。州郡縣屯田池塞，諸非軍國所資，利人守宰者，今一切除之。州郡縣吏，皆依尚書定製實戶置。台調癸卯梓材，庚子皮毛，可悉停省，別量所出。巴陵均折度支，依舊兵運。原五歲刑已下，凡所質錄賊家余口，亦悉原放”(《宋書·武帝本紀》)。果然效果甚好。
除掉劉毅後，劉裕又除掉了諸葛長民。諸葛長民也是與劉裕一同起兵抗擊桓玄的，所以資格很高。劉毅被殺後，諸葛長民感到自己處境危險。十一月，對自己親信感慨道：“昔年醢彭越，今年誅韓信，禍其至矣”(《宋書·武帝本紀》)。於是開始密謀作亂，劉裕召他到建康，他託故不行。後來劉裕設計，將諸葛長民和其弟諸葛黎民一起殺死，又解除了一隱患。
十二月，晉太尉劉裕力排眾議，任用資歷尚輕的西陽太守朱齡石為益州刺史，率寧朔將軍臧熹、河間太守蒯恩、下邳太守劉鍾等2萬人，自江陵(今屬湖北)征討蜀地割據勢力譙縱。在與朱齡石商討軍情時，劉裕說：“劉敬宣往年出黃虎，無功而退。賊謂我今應從外水往，而料我當出其不意猶從內水來也。如此，必以重兵守涪城以備內道。若向黃虎，正墮其計。今以大眾自外水取成都，疑兵出內水，此制敵之奇也”(《資治通鑑·卷第一百一十六》)。並交給朱齡石一封書函，認其至白帝城(今四川奉節東)後再打開。是月，劉裕被加為太傅、揚州牧。
義熙九年(413年)六月，朱齡石兵至白帝城，打開劉裕密令，上面寫道：“眾軍悉從外水取成都。臧熹從中水取廣漢，老弱乘高艦十餘，從內水向黃虎”(《資治通鑑·卷第一百一十六》)。朱齡石遂按劉裕之令，以主力從外水(今四川成都市府河及其下游岷江)攻取益州(今成都)；臧熹從中水(今四川沱江)攻取廣漢(今四川射洪南)，老弱者乘戰艦十餘艘從內水(今涪江及其下游嘉陵江)向黃虎(今四川射洪境)，各軍倍道兼行。成都王譙縱果然如劉裕所料，命譙道福率重兵鎮守涪城(今四川三台西北)，以備內水。在部署上，譙縱敗局已定。朱齡石兵抵平模(今四川彭山東)，離成都200里，譙縱命秦州刺史侯暉、尚書僕射譙詵率兵萬餘紮營平模，夾岷江岸築壘拒守。
七月，朱齡石聽從劉鍾建議，不失戰機，力克北城，斬侯暉、譙詵，轉攻南城，南城自潰。朱齡石率軍舍船登入前進；臧熹至牛脾(今四川簡陽西)，擊斬蜀大將譙撫之。譙小苟率軍自打鼻山(今彭山南岷江西岸)潰退。譙縱軍諸營望風而走。尚書令馬耽，封存府庫，以待晉軍接攻。譙縱棄城投奔譙道福，被譙道福斥責，走投無路，自殺。朱齡石進入益州。譙道福無奈之際，投奔僚人部落，後被晉軍俘斬。三月，
劉裕不僅以武功顯赫於當時，而且在一些政治措施上，他也很有建樹，這些為他日後稱帝打下了基礎。當時晉朝“山湖川澤，皆為豪強作專，小民薪采漁釣，皆責稅直”(《宋書·武帝本紀》)。劉裕認為這對百姓不利，於是“禁斷之”。
時民居未一，劉裕便於是年三月上表：“臣聞先王制治，九土攸序；分境畫疆，各安其居；在昔盛世，人無遷業，故井田之制，三代以隆。秦革斯政，漢遂不改；富強兼併，於是為弊。然九服弗擾，所託成舊，在漢西京，大遷田、景之族，以實關中，即以三輔為鄉閭，不復系之於齊、楚。自永嘉播越，爰托淮、海，朝有匡復之算，民懷思本之心，經略之圖，日不暇給。是以寧民綏治，猶有未遑。及至大司馬桓溫，以民無定本，傷治為深，庚戌土斷，以一其業。於時財阜國豐，實由於此。自茲迄今，彌歷年載，畫一之制，漸用頹弛。雜居流寓，閭伍弗修，王化所以未純，民瘼所以猶在。臣荷重任，恥責實深，自非改調解張，無以濟治。夫人情滯常，難與慮始，所謂父母之邦以為桑梓者，誠以生焉終焉，敬愛所託耳。今所居累世，墳壟成行，敬恭之誠，豈不與事而至。請準庚戌土斷之科，庶子本所弘，稍與事著。然後率之以仁義，鼓之以威武，超大江而跨黃河，撫九州而復舊土，則戀本之志，乃速由於當年，在始暫勤，要終所以能易。伏惟陛下，垂矜萬民，憐其所失，永懷《鴻雁》之詩，思隆中興之業。既委臣以國重，期臣以寧濟，若所啟合允，請付外施行”(《宋書·武帝本紀》)。於是依界土斷。這些措施，使劉裕在百姓心中，留下了較好的印象。
義熙十年(414年)時，荊州刺史司馬休之在江陵，頗得江、漢民心，遭到劉裕妒恨。劉裕還又厭惡其子譙王司馬文思在京都建康(今南京)惹事，遂於義熙十一年(415年)正月，逮捕司馬休之次子司馬文寶等，命其自殺。同時以縱子凶暴為名，發兵西上，征伐司馬休之。二十七日，兵出建康。
二月，司馬休之上書陳述劉裕罪狀，舉兵迎戰。雍州刺史魯宗之與其子竟陵太守魯軌，起兵回響。劉裕命參軍檀道濟、朱超石率步、騎兵出襄陽，以江夏太守劉虔之屯兵三連(今湖北安陸西)，架橋籌糧以待檀道濟。魯軌乘虛襲殺劉虔之。劉裕以女婿、振威將軍徐逵之，統領參軍蒯恩、王允之、沉淵子為前鋒，出江夏口(江水夏水合口處，今湖北監利西)。於破冢(今湖北江陵東南)中魯軌埋伏，兵敗，徐逵之、王允之、沉淵子相繼戰死，魯軌再攻蒯恩，不克退走。劉裕軍抵馬頭(今湖北公安西北)，聞徐逵之戰死，於三月率諸軍渡江。魯軌及司馬休之子司馬文思率兵4萬，據岸列陣。劉裕逼迫建武將軍胡藩強行沿懸崖攀登上岸，後續部眾奮勇力戰，擊退司馬文思，劉裕率軍乘勝猛攻，大敗司馬休之，繼克江陵。五月，魯軌在石城(今湖北鍾祥)被劉裕部將閬中侯趙倫之、太尉參軍沈林子擊敗。司馬休之、魯宗之救援不及，遂與魯軌逃奔後秦。武陵內史王鎮惡等追至國境而還。
是月，加劉裕太傅、揚州牧，劍履上殿，入朝不趨，贊拜不名。以其弟兗、青二州刺史劉道憐為都督荊、湘、益、秦、寧、雍七州諸軍事、驃騎將軍、荊州刺史。劉道憐為人貪鄙，無才能，劉裕便以中軍長史晉陵太守謝方明為驃騎長史、南郡相，劉道憐府中之事皆咨決於謝方明。八月，劉裕回建康，固辭太傅、州牧，其餘受命。以長子劉義符為兗州刺史。
義熙十二年(416年)正月，加劉裕平北將軍、兗州刺史，增都督南秦州，總計二十二州，以劉義符為豫州刺史。二月，又加劉裕中外大都督。
劉裕自滅南燕後，便有進圖關中、洛陽之志，後因內憂不斷，便沒有完成自己的願望。此時，內亂已平，後方無憂，便準備北伐後秦。後秦是由羌族貴族姚萇建立的，歷來威脅東晉。劉裕在攻滅南燕和益州割據勢力後，謀伐後秦。正月，後秦國主姚興派兵攻東晉雍州（治今湖北襄陽)，被雍州刺史趙倫之擊敗。為晉提供了北伐的藉口。二月，後秦國主姚興病死，太子姚泓即位，兄弟爭位相殺，關中騷亂。四月，西秦主乞伏熾磐侵犯秦邊。六月，并州(治今山西太原西北)匈奴部落聚眾叛亂。同時，夏國赫連勃勃乘機起兵擾秦邊境。後秦因此內外交困，國力大減。
八月，劉裕興師伐秦。以其長子劉義符和親信劉穆之等留守建康(今南京)，親率大軍，兵分五路征討後秦。龍驤將軍王鎮惡、冠軍將軍檀道濟率步兵為前鋒，自淮、肥一帶向許昌、洛陽(今河南許昌東、洛陽東北)方向進攻；建武將軍沈林子、彭城內史劉遵考率水軍，趨石門(今河南滎陽北)，自汴水入河水(今黃河)；直指洛陽；新野太守朱超石、寧朔將軍胡藩率部由襄陽赴陽城(今河南登封東南)，策應洛前鋒主力，從南面進攻洛陽；振武將軍沈田子、建威將軍傅弘之率部由襄陽趨武關(今陝西商南西南)，牽制關中的後秦軍；冀州刺史王仲德統領前鋒諸軍，經泗水開巨野澤(今山東巨野北)入河水(今黃河)。
九月，劉裕率大軍至彭城(今江蘇徐州)，各路晉軍進展順利。劉裕加領徐州刺史。當時，後秦於潼關(今陝西潼關東北)以東置有豫，徐、兗三州，屯兵薄弱，且缺乏防備。晉將王鎮惡、檀道濟進入後秦境，連戰告捷。秦將王苟生獻漆丘(今河南商丘東北)降王鎮惡，徐州刺史姚掌以項城(今河南沈立)降檀道濟。其它要點屯守兵力，亦望風降附。檀道濟又破新蔡(今屬河南)，執殺太守董遵，進克中原重鎮許昌，擒獲秦潁川太守姚垣及大將楊業。沈林子自汴入黃河，攻克倉垣(今河南開封西北)，擊降後秦兗州刺史韋華。王仲德率水軍入黃河，借道北魏滑台(今河南滑縣東)，守將尉建率眾棄城北渡黃河西走。王仲德進屯滑台。
十月，王鎮惡、檀道濟會師成皋(今滎陽西北)。後秦陽城、滎陽(今滎陽東北)二城皆降。鎮守洛陽的後秦征南將軍姚洸求救於長安。後秦主姚泓派越騎校尉閻生率騎兵3000人，武衛將軍姚益男率步兵1萬前往助守。同時遣并州牧姚懿自蒲阪(今山西水濟西南)進屯陝津(即茅津，今河南三門峽市西黃河上)為後援。洛陽守將姚洸拒納部將趙玄集中兵力，固守金墉(今洛陽東北)，以待援軍建議，分兵扼守各處險要：命寧朔將軍趙玄率千餘人南守柏谷塢(今河南偃師東南)，廣武將軍石無諱東守鞏城(今河南鞏縣西南)。不久，成皋、虎牢(今河南滎陽西北)守軍相繼降晉。王鎮惡、檀道濟、沈林子等長驅而進。石無諱退還洛陽，趙玄戰死。檀道濟進逼洛陽，姚洸出降，秦軍4000餘人被俘。後秦援軍閻生、姚益男等得知洛陽失陷，不敢往援。晉軍占領洛陽。西秦主乞伏熾磐遣秦州刺史王松壽據馬頭(今甘肅禮縣東北)，緊逼後秦上邦(今甘肅天水)。
這時劉裕認為自己功勞甚高，便於十一月派左長史王弘還建康，“諷朝廷求九錫”(《資治通鑑·卷第一百一十七》)。時劉裕的心腹劉穆之在建康掌留任，看見劉裕居然如此無賴，感到為他羞愧，因之發病。
十二月，晉廷見劉裕功高難治，只好下詔以劉裕為相國，總百揆、揚州牧，封十郡為宋公，備九錫之禮，位在諸侯王上，領征西將軍，司、豫、北徐、雍四州刺史。劉裕原先讓王弘還建康求九錫用意大概是想探探朝廷態度，現朝廷果然能如他的意，他反倒感到自己有些操之過急了，所以沒有敢接受朝廷之封。
是月，西秦主乞伏熾磐遣使至劉裕處求擊後秦以自效。劉裕封乞伏熾磐為平西將軍、河南公。後秦在洛陽被占後，正準備派兵增援潼關，未想到接連發生兩起內亂，只得將兵抽回。
義熙十三年(417年)正月，劉裕留子彭城公劉義隆鎮守彭城，親率水軍自彭城西進。劉裕原令前鋒諸軍到達洛陽後，等待後續大軍會合再前進；但王鎮惡見後秦內亂，潼關空虛，便機斷而行，於二月乘勝進擊澠池(今河南洛寧西)，遣毛德祖攻蠡吾城(今河南洛寧西北)、引兵疾趨潼關。檀道濟、沈林子則從陝縣(今屬河南)以北渡黃河，攻拔襄邑堡(今山西平陵境)，再攻秦并州刺史尹昭於蒲阪，不克，轉攻匈奴堡(今山西臨汾一帶)，為姚成都所敗。蒲阪城堅兵多，一時難下。檀道濟等揮師南下，與王鎮惡會師併力攻潼關。
三月，晉軍奪取潼關，乘勝追擊。後秦姚紹引兵出戰失利，損兵千餘，退駐定城(今潼關西)，依險拒守。後秦軍先後兩次派兵斷晉軍糧道，封鎖水路，均被沈林子部所敗。是月，劉裕率水軍自淮、泗入清河，準備逆黃河西上，北魏因滑台丟失而倍防劉裕。魏帝拓跋嗣不聽謀臣崔浩之言，不肯借道，反以司徒長孫嵩督山東諸軍事，遣振威將軍娥潔、冀州刺史阿薄幹，率步騎兵10萬屯黃河北岸。北魏還以數千騎兵，緣黃河北岸隨劉裕軍西行，不時襲擾，遲滯晉軍西進。
四月，劉裕令部分軍隊渡過黃河，為了對抗北魏的精銳騎兵，在此擺成了軍事史上著名的“卻月陣”。史書上對“卻月陣”的記載如下：“裕遣白直隊主丁旿帥仗士七百人、車百乘，渡北岸，去水百餘步，為卻月陣，兩端抱河，車置七仗士，事畢，使豎一白毦；魏人不解其意，皆未動。裕先命寧朔將軍朱超石戒嚴，白毦既舉，超石帥二千人馳往赴之，齎大弩百張，一車益二十人，設彭排於轅上。魏人見營陣既立，乃進圍之；長孫嵩帥三萬騎助之，四面肉薄攻營，弩不能制。時超石別齎大錘乃槊千餘張，乃斷槊長三四尺，以錘錘之，一槊輒洞貫三四人。魏兵不能當，一時奔潰，死者相積；臨陳斬阿薄幹，魏人退還畔城。超石帥寧朔將軍胡籓、寧遠將軍劉榮祖追擊，又破之，殺獲千計”(《資治通鑑·卷第一百一十八》)。
“高祖乃遣白直隊主丁旿，率七百人，及車百乘，於河北岸上，去水百餘步，為卻月陣，兩頭抱河，車置七仗士，事畢，使豎一白毦。虜見數百人步牽車上，不解其意，並未動。高祖先命超石馳往赴之，並齎大弩百張，一車益二十人，設彭排於轅上。虜見營陣既立，乃進圍營。超石先以軟弓小箭射虜，虜以眾少兵弱，四面俱至。嗣又遣南平公托跋嵩三萬騎至，遂內薄攻營。於是百弩俱發，又選善射者叢箭射之，虜眾既多，弩不能制。超石初行，別齎大錘並千餘張槊，乃斷槊長三四尺，以錘錘之，一槊輒洞貫三四虜，虜眾不能當，一時奔潰。臨陣斬阿薄幹首，虜退還半城。超石率胡籓、劉榮祖等追之，復為虜所圍，奮擊盡日，殺虜千計，虜乃退走。高祖又遣振武將軍徐猗之五千人向越騎城，虜圍猗之，以長戟結陣。超石赴之，未至，悉奔走”(《宋書·朱超石列傳》)。
劉裕憑“卻月陣”，以2000步兵破魏軍3萬精銳騎兵，顯示了強大的威力，是軍事史上以步制騎的著名戰例。其實，劉裕並不是第一次擺陣，在北伐南燕時，劉裕“有車四千兩，分車為兩翼，方軌徐行，車悉張幔，御者執槊，又以輕騎為游軍。軍令嚴肅，行伍齊整”(《宋書·武帝本紀》)。燕軍騎兵來襲，無功而返。
魏帝拓跋嗣聞魏軍大敗，方信崔浩之言，便按兵以待，只監視晉軍行動。在潼關方向，後秦姚紹再一次遣長史姚洽、寧朔將軍安鸞、護軍姚墨蠡、河東太守唐小方率眾2000進趨黃河以北九原(今山西新絳北)，設立河防，以斷絕檀道濟、王鎮惡之糧援，被沈林子擊破，將士被殺殆盡。姚紹聞姚洽敗死，發病身亡。東平公姚瓚代姚紹行使兵權，引兵攻襲沈林子，被沈林子擊敗。不久，劉裕抵達洛陽。
五月，齊郡太守王懿降魏，便上書魏帝說：“劉裕在洛，宜發兵絕其歸路，可不戰而克”(《資治通鑑·卷第一百一十八》)。拓跋嗣覺得有理。時崔浩在魏帝旁邊，魏帝便問崔浩：“劉裕伐姚泓，果能克乎？”崔浩回答說能。魏帝問其故，崔浩說：“昔姚興好事虛名而少實用，子泓懦而多病，兄弟乖爭。裕乘其危，兵精將勇，何故不克！”魏帝又問：“裕才何如慕容垂？”崔浩說：“勝之。垂藉父兄之資，修復舊業，國人歸之，若夜蟲之就火，少加倚仗，易以立功。劉裕奮起寒微，不階尺土，討滅桓玄，興復晉室，北禽慕容超，南梟盧循，所向無前，非其才之過人，安能如是乎！”魏帝接著又問：“裕既入關，不能進退，我以精騎直搗彭城、壽春，裕將若之何？”崔浩說：“今西有屈丐，北有柔然，窺伺國隙。陛下既不可親御六師，雖有精兵，未睹良將。長孫嵩長於治國，短於用兵，非劉裕敵也。興兵遠攻，未見其利，不如且安靜以待之，裕克秦而歸，必篡其主。關中華、戎雜錯，風俗勁悍；裕欲以荊、揚之化施之函、秦，此無異解衣包火，張羅捕虎；雖留兵守之，人情未洽，趨尚不同，適足為寇敵之資耳。願陛下按兵息民以觀其變，秦地終為國家之有。可坐而守也”(《資治通鑑·卷第一百一十八》)。經崔浩一番精闢的分析，魏帝覺得言之有理，這才沒有出兵攻晉。
七月，劉裕由洛陽到達陝城。沈田子、傅弘之入武關，秦守將棄城而走。沈田子進駐青泥(今陝西蘭田)。秦主姚泓遣給事黃門侍郎姚和都屯蟯柳(今俠西蘭田境)以拒沈、傅。
八月，劉裕到閿鄉(今河南靈寶鄉)。沈田子等將攻嶢柳，姚泓欲率軍擊劉裕，恐沈田子等襲擊其後，遂先擊沈田子，然後以傾國之兵東出。姚泓率步騎數萬人至青泥。沈田子軍僅千餘人，沈田子先發制敵，乘後秦營陣未立，首先出擊，激勵戰士奮戰，大敗後秦兵，斬萬餘人。姚泓逃還灞上(今西安東)。不久，劉裕至潼關，命河東太守朱超石、振武將軍徐猗之合攻蒲阪，被後秦平原公姚璞與姚和都重創，徐猗之戰死。朱超石敗退潼關。
此時，晉軍進攻受阻，王鎮惡請求率水軍自黃河進入渭水，直逼長安，劉裕同決。王鎮惡入渭水後，後秦恢武將軍姚難自香城(今陝西朝邑東)回救長安。王鎮惡率兵追擊。姚泓從灞上引兵回屯石橋(今長安城洛門東北)，援接姚難。鎮北將軍姚強與姚難在涇上(今涇河入渭之口)匯合，共拒王鎮惡。王鎮惡遣毛德祖進擊，破之。姚強戰死，姚難逃往長安。姚瓚退守鄭城(今陝西華縣)。劉裕遂揮師進逼秦軍。姚泓急遣姚丕守渭橋(今長安城北)，輔國將軍胡翼度守城東北之石積，姚瓚守灞東(灞水以東)。姚泓則自屯逍遙園(長安城西)。八月二十三日，王鎮惡軍到達渭橋，棄舟上岸，攻姚丕，大破之。姚泓與姚瓚引兵來救，遇姚丕部敗退，自相踐踏，不戰而潰。姚泓單騎還宮，王鎮惡自平朔門(長安北門)攻入長安。姚泓出降。後秦滅亡。
此戰，劉裕善擇戰機，部署周密，軍事政治處置得當；攻長安時以偏師入武關，派水軍溯渭水西進，配合主力，適時出擊，水陸各軍配合密切，終獲全勝。
九月，劉裕至長安。當時長安城內物資豐富，幣藏盈積。劉裕將一部分渾儀、土圭等獻給朝廷，其餘珍寶珠玉則分給將帥，他還在長安謁漢高祖劉邦陵，大會文武於未央殿。
十一月，留守江南的劉穆之病故，朝中空虛。當初，劉裕準備攻下關中後，在經略西北。此時，晉軍將士都久戰思歸，都不想留下。劉裕也怕江南出事，便決議東反。留次子，年僅十二歲的桂陽公劉義真為安西將軍，雍秦二州刺史，鎮守長安；王鎮惡以征虜將軍領安西司馬、馮翊太守。委以守御之任。
由於王鎮惡的祖父王猛為前秦丞相多年，甚得人心，而王鎮惡又新立大功，所以晉軍皆忌之。沈田子素與王鎮惡不和，便於傅弘之多次對劉裕說：“鎮惡家在關中，不可保信。”劉裕說：“今留卿文武將士精兵萬人，彼若欲為不善，正足自滅耳。勿復多言。”劉裕私下對沈田子說：“鍾會不得遂其亂者，以有衛瓘故也。語曰：‘猛獸不如群狐’，卿等十餘人，何懼王鎮惡”(《資治通鑑·卷第一百一十八》)！
史學家司馬光在評論此事時說：“‘疑則勿任，任則勿疑。’裕既委鎮惡以關中，而復與田子有後言，是斗之使為亂也。惜乎！百年之寇，千里之士，得之艱難，失之造次，使豐、鄗之都復輸寇手。荀子曰：‘兼併易能也，堅凝之難。’信哉”(《資治通鑑·卷第一百一十八》)！
十二月，劉裕離開長安。劉裕此舉，便關中百姓非常失望。因為長安自316年被匈奴人劉曜占領後，至今已經一百多年了。“三秦父老聞裕將還，詣門流涕訴曰：“殘民不沾王化，於今百年，始睹衣冠，人人相賀。長安十陵是公家墳墓，鹹陽宮殿是公家室宅，舍此欲何之乎’”(《資治通鑑·卷第一百一十八》)！但劉裕對奪取皇位已是急不可耐了。
時夏主赫連勃勃強盛，見劉裕至長安，不敢妄動，但仍秣馬厲兵，訓養士卒，進據安定(今甘肅涇川北)。後秦嶺北諸郡縣也皆降於夏國。等大軍東還，赫連勃勃便問大臣王買德：“騰欲取關中，卿試言其方略。”王買德對劉裕進行了一番分析：“關中形勝之地，而裕以幼子守之。狼狽而歸，正欲急成篡事耳，不暇復以中原為意。此天以關中賜我，不可失也。青泥、上洛，南北之險要，宜先遣游軍斷之；東塞潼關，絕其水陸之路；然後傳檄三輔，施以威德，則義真在網罟之中，不足取也”(《資治通鑑·卷第一百一十八》)。
劉裕東還後，即以其子撫軍大將軍赫連瑞都督前鋒諸軍事，率騎兵2萬，直奔長安；前將軍赫連昌屯潼關(今陝西潼關東北)，切斷晉軍水陸通道；撫軍右長史王買德進駐青泥(今陝西藍田)，赫連勃勃率大軍為後繼。
晉義熙十三年(417年)正月，赫連瑞兵至渭水北岸，關中降民甚眾。此時，晉大將間發生內訌，相互傾軋。沈田子殺王鎮惡，王惰又殺沈田子。冠軍將軍毛惰之代王鎮惡為安西司馬。傅弘之於池陽(今陝西涇陽西北)大敗赫連瑞軍，追擊至寡婦渡(今甘肅慶陽北)，斬俘甚眾。夏軍損失慘重，遂撤退。十月，東晉兼雍、東秦二州刺史劉義真受左右教唆，又殺王惰。王惰被殺，人心驚駭離散，局勢難以控制。劉義真大為不安，把外地駐軍調進長安防守。關中郡縣均降夏國。赫連瑞乘夜襲長安，不克。赫連勃勃率大軍進據鹹陽，並斷絕長安對外聯繫。長安陷於重圍，劉裕召劉義真東歸建康(今南京)，遣相國右司馬朱齡石代鎮長安。十一月，朱齡石至長安，劉義真攜輜重東去。赫連瑞率兵3萬追擊劉義真。至青泥，晉軍大敗。傅弘之、蒯恩與毛惰之均被夏撫軍右長史王買德所擒。劉義真隻身逃回。朱齡石被長安百姓驅逐，逃奔潼關。赫連勃勃遂入長安。長安得而復失，僅一年時間，但此時的劉裕已無暇顧及了。
義熙十四年(418年)六月，劉裕受封為相國、宋公、九錫之命。這一次，劉裕沒有推辭，因為劉裕認為自己各方面的條件已經成熟，取代晉室只是時間上的問題了。十二月，劉裕縊死晉安帝司馬德宗，改立司馬德宗的弟弟司馬德文為帝。
元熙元年(419年)七月，劉裕受進爵之命，十二月，又加殊禮。
永初元年(420年)六月，劉裕迫使司馬德文禪位給自己，正式稱帝，國號為宋，改元永初，定都建康，史稱宋武帝。中國歷史也進入了一個暫新的時期——南北朝時期。
劉裕經過多年苦心經營，終於當上了皇帝，他深知帝位來之不易，所以即位後，採取了很多措施，鞏固帝位，這也顯示了這位創業之君的治國才能。由於劉裕出自寒門，深知這種人的優點，所以用人主要擢自寒門，所謂“網羅幽滯”(《宋書·武帝本紀》)。
劉裕還關心百姓生活，曾多次下令減免稅役，如在同年八月“蠲租布二年”(《宋書·武帝本紀》)。在平定劉毅時，也曾下令減免稅役。對於那些原來因戰爭需要被徵發的奴隸也一律放還。
在吏治上，劉裕於永初二年(421)三月，規定“荊州府置將不得過二千人，吏不得過一萬人；州置將不得過五百人，吏不得過五千人。兵士不在此限”(《宋書·武帝本紀》)。這是由於東晉末年，置官濫亂，給人民帶來沉重負擔，劉裕及時對此進行了制止。
在法制上，劉裕對東晉以來苛刻的刑法也進行了改革，永初三年(422)正月，下詔“刑罰無輕重，悉皆原降”(《宋書·武帝本紀》)。
劉裕本雖是行伍出行，識字不多，但非常重視教育。永初三年(422)正月，下詔：“古之建國，教學為先，弘風訓世，莫尚於此；發蒙啟滯，鹹必由之。故爰自盛王，迄於近代，莫不敦崇學藝，修建庠序。自昔多故，戎馬在郊，旌旗卷舒，日不暇給。遂令學校荒廢，講誦蔑聞，軍旅日陳，俎豆藏器，訓誘之風，將墜於地。後生大懼於牆面，故老竊嘆於子衿。此《國風》所以永思，《小雅》所以懷古。今王略遠屆，華域載清，仰風之士，日月以冀。便宜博延胄子，陶獎童蒙，選備儒官，弘振國學。主者考詳舊典，以時施行”(《宋書·武帝本紀》)。從而鞏固宋國的統治，同時也改善了社會風氣。
劉裕身為皇帝，最大的優點是生活簡樸。史書稱他“清簡寡慾，嚴整有法度，未嘗視珠玉輿馬之飾，後庭無紈綺絲竹之音。”“財帛皆在外府，內無私藏”(《宋書·武帝本紀》)。義熙十二年(416年)八月，劉裕北伐後秦時，寧州人獻琥珀枕，光色甚麗。劉裕知獻琥能治傷，便將琥珀枕搗碎分給將士。劉裕滅後秦後，得姚興從女，劉裕對她非常寵愛，幾乎誤了政事。後來謝晦諫說此事，劉裕馬上其趕走。宋台建好後，有人上奏要把東西堂施局腳床，釘銀塗釘，劉裕聽了認為浪費，只同意用直腳床，釘鐵釘。劉裕衣著簡樸，常常拖著連齒木屐，在神虎門散步，左右從者不過十餘人。他的兒子早晨向他請安，也不拘於禮，常穿著平常衣服。他睡的床，床頭掛的是土布做成的帳子，牆壁上掛著布做的燈籠，麻繩做的拂灰掃把。為告誡後人，他命人將年輕時耕田用過的耨耙之類的農具藏人宮中，以使後人知稼穡之艱難。大明年間(457年-464年)，孝武帝劉駿見此情景，與自己所追求的浮華豪奢有天壤之別，感到劉裕寒酸之極。說：“田舍公得此，以為過矣”(《宋書·武帝本紀》)。
宋武帝劉裕雖只做了兩年多皇帝，但他能以天下為己任，體恤百姓，節儉治國，不愧為當時有所作為的君主。後宋文帝劉義隆在其父親的基礎上，繼續推行了一些有利於人民的統治政策，終於出現了南北朝歷史上第一個小康局面——元嘉之治。
永初三年(422年)五月癸亥(即公元422年6月26日)，劉裕去世，時年六十歲。
點評：劉裕是兩晉南北朝時期兩個最卓越的軍事統帥之一(另一個是北魏太武帝拓跋燾)。與很多歷史人物不同的是，劉裕是從一個社會底層的平民百姓，用二十年的時間，憑藉其卓越的軍事才能，建立了自己的國家，所以更令人欽佩。北魏謀臣崔浩在評價劉裕時說：“劉裕奮起寒微，不階尺土，討滅桓玄，興復晉室，北禽慕容超，南梟盧循，所向無前，非其才之過人，安能如是乎！”何去非在《備論》中也說：“宋武帝以英特之姿，攘袂而起，平靈寶於舊楚，定劉毅於荊豫，滅南燕於二齊，克譙縱於庸蜀，殄盧循於交廣，西執姚泓而滅後秦，蓋舉無遺策而天下憚服矣。北方之寇，獨關東之拓跋，隴北之赫連耳。方其入關，魏人雖強，不敢南指西顧以議其後。”
劉裕的軍事生涯生，指揮了無數次作戰，最大的特點是以少勝多，而且作戰中常身先士卒，所以能夠贏得廣大將士的尊敬。劉裕的北伐，也是中國戰爭史上最成功的北伐之一，就成就上而言，僅次於朱元璋北伐，所以辛棄疾用“金戈鐵馬，氣吞萬里如虎”的詩句來形容劉裕北伐時的氣勢。此外，劉裕還長於水戰，水軍在多次作戰中都起了決定性的作用。
“漢氏載祀四百，比胙隆周，雖復四海橫潰，而民系劉氏，惵惵黔首，未有遷奉之心。魏武直以兵威服眾，故能坐移天曆；鼎運雖改，而民未忘漢。及魏室衰孤，怨非結下。晉籍宰輔之柄，因皇族之微，世擅重權，用基王業。至於宋祖受命，義越前模。晉自社廟南遷，祿去王室，朝權國命，遞歸台輔。君道雖存，主威久謝。桓溫雄才蓋世，勛高一時，移鼎之業已成，天人之望將改。自斯以後，晉道彌昏，道子開其禍端，元顯成其末釁，桓玄藉運乘時，加以先父之業，因基革命，人無異心。高祖地非桓、文，眾無一旅，曾不浹旬，夷凶翦暴，祀晉配天，不失舊物，誅內清外，功格區宇。至於鍾石變聲，柴天改物，民已去晉，異於延康之初，功實靜亂，又殊鹹熙之末。所以恭皇高遜，殆均釋負。若夫樂推所歸，謳歌所集，魏、晉采其名，高祖收其實矣。盛哉”(《宋書·武帝本紀》)！
附1：永遇樂·京口北固亭懷古 辛棄疾
千古江山，英雄無覓，孫仲謀處。舞榭歌台，風流總被、雨打風吹去。斜陽草樹，尋常巷陌，人道寄奴曾住。想當年，金戈鐵馬，氣吞萬里如虎。
元嘉草草，封狼居胥，贏得倉皇北顧。四十三年，望中猶記，烽火揚州路。可堪回首，佛狸祠下，一片神鴉社鼓。憑誰問：廉頗老矣，尚能飯否？
書陶靖節桃源詩後 陸游
寄奴談笑取秦燕，愚智皆知晉鼎遷。獨為桃源人作傳，固應不仕義熙年。