第一，加強領導，建立強有力的工作機制。實施校舍安全工程必須由各級政府實行高效、有力的領導和指揮。國務院已經成立了全國中國小校舍安全工程領導小組，成員包括國務院辦公廳、教育部、發展改革委、財政部、住房和城鄉建設部、中國地震局、國土資源部、水利部、公安部、監察部、審計署和安監總局的有關負責同志。領導小組在教育部設立辦公室，各部委派出幹部集中辦公。地方各級政府也要結合各地實際，成立相應的領導機構。省級政府負責統籌組織校舍安全的普查、鑑定、規劃和建設工作，市縣級政府負責工程的具體組織實施工作。各有關職能部門要通力協作，確保工程順利推進。校舍安全工程領導小組成員單位都要通過檔案等形式，具體明確各自系統在校舍安全工作中承擔的職責，並將其納入年度工作考核體系。
第二，明確責任，全面建立校舍安全責任制。這次校舍安全工程在體制上明確了國務院統一領導、省級政府統一組織、市縣政府負責實施、充分發揮專業部門作用；在責任上明確了市縣政府對轄區內校舍安全負總責，主要負責人負直接責任。這兩條既規定了地方政府和政府負責人的責任，也凸顯了校舍安全工程的重要地位。希望地方政府尤其是市縣政府切實把學校的建築質量放在各種民用建築的首位，主要負責同志切實承擔起保障校舍安全的重要職責，相關部門切實把農村學校的建築質量真正管起來！
第三，落實和管好用好工程資金，使有限財力發揮更大效益。《義務教育法》規定，義務教育“實行國務院領導、省（區、市）人民政府統籌規劃實施，縣級人民政府為主的體制”。按照這個要求，全國中國小校舍安全工程以地方為主實施，工程資金實行省級統籌，市縣負責，中央給予補助。地方政府要將校舍安全工程的投入列入財政預算，確保資金及時到位，不留缺口，並且不能擠占其他專款專用的教育經費，不能有新的攤派，也不能把工程建設債務留給教育部門、留給學校。國務院將根據各地經濟社會發展情況、財力狀況、工作努力程度等因素予以補助，重點支持中西部地震重點監視防禦區及其他地質等災害易發區。當然，在當前經濟相對困難的情況下，各地籌措資金的難度相當大，但是，我們要像小平同志所講的那樣，要千方百計，在別的方面忍耐一些，甚至犧牲一點速度，也要把教育問題解決好。要下大功夫，積極謀劃，克服困難，把民眾關注的好事辦好。要切實加強工程資金管理，實行專戶管理、專賬核算、集中支付、封閉運行，不得頂替原有教育投入，不得用於償還過去拖欠的工程款和其他債務，不得擠占、挪用、剋扣、截留、套取工程專款，不得拖欠工程款。要注意從國情出發，科學適度、嚴格標準、勤儉節約。校舍建設要符合安全標準，是雪中送炭，而不是錦上添花，要安全實用，不能浪費財力搞豪華校舍。
第四，確保工程實施進度，保質保量完成任務。校舍安全工程任務重、環節多，工程進度應該合理安排，實施倒計時管理，各項工作需有序銜接、周密組織。特別是中央專項資金中有一半來自第三批中央擴大內需投資資金，派駐各地的檢查組將對這些項目的進度進行監督。領導小組責成辦公室制定了各個環節的時間表。請各地因地制宜，結合實際，確定時間表和路線圖，嚴格按進度要求推動工程實施，使安全校舍儘早投入使用。各地要立即行動起來，抓緊做好普查、鑑定和規劃工作。下一步將建立一月一報的信息報送制度，請各地如實上報信息，並確保工程如期完成。