貫徹落實科學發展觀，實現水利科學發展，必須準確把握和著力處理好以下幾個關係：
第一，發展與惠民的關係。水利是國民經濟和社會發展的重要基礎設施，是民眾生產生活的基本條件，也是實現可持續發展的重要保障，水利必須做到保增長和惠民生的內在統一。要堅持以人為本、民生優先，突出工作重點、區分輕重緩急，集中力量推進水利薄弱環節建設，加快解決一批事關國計民生和民眾切身利益的水利問題。要加大對中西部地區和“老少邊貧”地區的扶持力度，積極推進水利基本公共服務均等化。要妥善處理區域公共利益和個體利益的關係，切實保障民眾在水資源開發利用、水利移民安置、蓄滯洪區運用補償等方面的合法權益，堅決糾正損害民眾利益的行為，維護社會公平正義。
第二，當前與長遠的關係。實現水利科學發展，必須把當前與長遠有機結合起來，既要抓緊解決當前存在的突出矛盾和問題，又要多做打基礎、增後勁、利長遠的工作，防止急功近利的短期行為。要充分利用國家財力快速增長、建設能力顯著提高的有利條件，科學制定長遠發展規劃，有序安排近期實施計畫，針對水利重點薄弱環節，集中力量分期分批加以突破。要善於把握、及時分析經濟社會發展對水利的新需求，科學確定水利發展長遠目標、建設任務和投資規模。要高度重視和著力做好第一次全國水利普查工作，加強對事關全局和長遠發展的重大水利問題研究，不斷創新工作思路和政策舉措，推動水利又好又快發展。
第三，流域與區域的關係。流域上下游互為一體，左右岸唇齒相依，乾支流相互影響。在流域規劃制定、工程布局、調度運行以及水量分配、防洪減災等工作中，一方面，必須立足全局、系統規劃，堅持區域服從流域、局部服從整體，統籌各區域水資源條件、功能定位和發展戰略，實現水資源的最佳化配置、節約保護和合理利用，充分發揮水資源綜合利用效益，促進流域和區域的可持續發展。另一方面，必須充分考慮和兼顧區域發展需求，最佳化水利發展布局，妥善處理上下游、左右岸、乾支流的關係，使流域治理開發與保護的整體部署與區域經濟社會發展戰略相協調，努力實現流域與區域發展的良性互動和揚利抑害的多贏。
第四，開發與保護的關係。我國人多水少、水資源短缺，生態環境脆弱，必須牢固樹立人與自然、人與水和諧的理念，堅持在開發中保護、在保護中開發，以水資源的可持續利用保障經濟社會的可持續發展。要統籌經濟社會發展和水資源水環境承載能力，科學確定水資源開發利用規模，決不能為追求一時的發展而犧牲子孫後代的福祉。要全面考慮水的資源功能、環境功能、生態功能，合理安排生活、生產和生態用水，既要滿足經濟社會發展的合理需求，也要滿足維護河湖健康的基本需求。要高度重視大規模水利建設對生態環境的影響，把保護生態環境的理念始終貫穿於規劃編制、前期論證、工程建設以及運行調度等各個環節，把水資源開發利用對生態環境的不利影響減少到最低程度。
第五，調水與節水的關係。我國人均水資源占有量低，且時空分布極不均衡。解決水資源短缺問題，首先必須立足於節水，加快轉變發展方式，調整經濟結構，嚴格控制發展高耗水、高污染產業，遏制不合理用水需求，提高水資源利用效率和效益。當然，對一些資源性缺水地區，在充分挖掘節水潛力的前提下，當地水資源仍不能滿足經濟社會發展需求的，可以因地制宜適當建設一些跨流域、跨區域調水工程。建設調水工程，要遵循“先節水後調水、先治污後通水、先環保後用水”的原則，充分考慮調出區的水資源條件和水環境容量，全面把握調入區用水結構和受益程度，進行深入論證，科學比選，實現調出區和受水區的互利共贏。