交響樂也是莫扎特創作中的重要部分。他最有代表性的交響曲是他最後的三部，即降e大調、g小調和c大調交響曲。其中《降e大調第三十九交響曲》明朗愉快、充滿詩意；《g小調第四十交響曲》富有戲劇性，有海頓式的樂觀主義情緒，但在技法上又完全不同於海頓，被稱為莫扎特的“英雄”交響曲；《c大調第四十一交響曲》（通常被稱為《朱彼特》）宏偉豪邁、東觀向上，預示了貝多芬的英雄性的交響曲的出現。莫扎特的交響曲（尤其是最後三首），是貝多芬之前的全部交響曲創作的最高成就。他的突出貢獻在於各樂章之間的主題之間的對比性。
總的來說，莫扎特的創作成就遍及各個領域。它們反映了十八世紀末，處在被壓迫地位的德奧知識分子擺脫封建專制主義的羈絆，對美好社會和光明、正義、人的尊嚴的追求。他的音樂風格具有誠摯、細膩、通俗、優雅、輕靈、流麗的特徵，大都充滿了樂觀主義的情緒，反映了上升時期的德奧資產階級向上的精神狀態，在維也納後期的創作中，也出現了悲劇性、戲劇性的風格，對社會矛盾的反映更趨深刻。