我國的農村信用社經歷了一個曲折多變而又慢長的發展過程。1951年5月，中國人民銀行總行召開第一次全國農村金融工作會議，決定大力發展農村信用社，由村民自願入股組建。到1957年底，全國共有農村信用社88368個。這一時期的農村信用社，資本金由農民人股，幹部由社員選舉，基本保持了合作制的性質。1996年以後，農村信用社脫離農業銀行管理，中國人民銀行直接負責對其進行監管.此次體制改革後，國有商業銀行為降低成本紛紛退出農村，農業銀行也逐步取消縣以下網點。農村信用社一方面成為農村金融惟一的支柱，另一方面又面臨資金投入嚴重不足的尷尬局面。成立於1951年農村合作化時期的農信社，文革期間一度被撤除；改革開放中重新恢復起來的農信社，先後經歷了農業銀行、中國人民銀行的管理，但總是虧損多、盈利少。
著重回顧了，農村信用社業務發展和老一輩信合人艱苦創業的優良傳統和輝煌業績。過去五十多年的農村信用社是我國金融業整體中的薄弱環節，表現為大而不強，而貧困地區農村信用社則是薄弱環節中的最脆弱點，其潛在著很大的支付風險和信貸資產風險。在過去的50多年時間裡，農村信用社老一輩們，發揚“三勤、四上門”的優良傳統，始終堅持為“三農”服務，起到了不可低估的作用。特別是1997年全國金融工作會議後，農村金融體制發生了重大變革，農村信用社支持“三農”、促進農村產業結構調整的作用愈加明顯。但是，由於產權制度、監管體制、內控制度等環節存在著諸多問題，農村信用社的發展也受到了很大限制，從而嚴重束縛了其服務“三農”的實踐。農村信用社改革正是在這樣的背景下邁出步伐的。
一、貧困地區農村信用社存在的主要問題
貧困地區的經濟特點和自身局限性不可避免地反映到農村信用社，直接影響和制約農村信用社發展，這些問題，突出表現在：
（一）資金來源少而且分散，資金運用風險大而且集中。
一方面，由於貧困地區第一產業落後，第二、第三產業又難於發展，經濟基礎十分薄弱，資金來源渠道少，以致農村信用社的儲源貧乏，存款業務發展很慢。具體表現在存款增幅不大，存款戶數多，但單筆存款金額少。員工人均吸收存款不足，遠遠達不到經營保本點。
另一方面，貧困地區農村信用社投向農業的資金，從總體上看，表現為“量多、戶多、分散”。貧困地區的農業對自然條件的依賴性強，抵禦風險的能力很脆弱，一旦遇上自然災害，就會造成系統性風險。而投向非農業的資金，從總體上看，表現為“量少、戶少、集中”。由於貧困地區的基礎設施落後，而且不配套，致使投向非農業的項目或者中途“流產”，或者勉強上馬，生產不正常，難於取得經濟效益。
（二）資產質量差，嚴重超負荷運轉。
長期以來，貧困地區農村信用社在經營上存在急功近利的思想，把大量的貸款投向非農業方面，而投向農業方面的貸款相對較少，本末倒置。其中外遷戶貸款占貸款的比例相當大，基本上是不良貸款，致使貧困地區農村信用社的整體貸款質量很差，大大高出資產負債比例管理規定。貧困地區農村信用社不僅資產質量差，而且盤活資產難度大，主要表現在：