一是外遷貸款戶大部分下落不明，難於尋找。農村信用社的信貸人員到處尋訪，效果甚微，甚至空貼差旅費。
二是計畫經濟時期發放的生產隊貸款、農戶貸款金額小、戶數多，而且分散，加上當時辦理貸款手續簡單，對貸款的約束力小，難於迫收。信貸人員翻山越嶺、走家串戶幾小時，分文無收的現象很普遍，即使收回利息，也不能解決信用社職工工資和費用問題。
貧困地區農村信用社貸款資金難以盤活，存款又長期滯後不前，自身難於為繼，農村信用社只能靠大額拆人資金維持日常運轉，這與低資本充足率和低備付率形成了極大的反差，使貧困地區農村信用社潛在著很大的支付危機，直接影響到金融穩定。
（三）歷史包袱重，經營虧損大。長期以來，社會各界由於受計畫經濟模式的影響，對信貸資金的償還性和增值性認識淡薄，把農村信用社的信用與財政信用和民政扶貧救濟等同起來，使貧困地區的農村信用社在長期的經營過程中形成了沉重的歷史包袱。特別是向當地政府貸款和農行“撤所並社”劃轉貸款大部分已形成不良貸款，而且貸款單位拖欠利息很多，從而造成貧困地區農村信用社經營虧損嚴重。資不抵債金額逐年增加。
（四）基礎設施落後，結算渠道單一，匯路不暢通。貧困地區農村信用社辦公條件簡陋，營業場所狹窄，基礎設施落後，服務手段單一，僅限於傳統的存、貸業務，電子化建設滯後，金融創新困難重重，而且結算渠道單一，異地結算僅靠信匯方式進行，其他方式的匯路不暢通，在途資金時間長、環節多、速度慢、資金運轉效率低，造成農村資金倒流進城。低成本存款流失以及客戶存款搬家現象。與其他金融機構相比，農村信用社處於劣勢，市場占有率低。
（五）人員素質低，隊伍不夠穩定。貧困地區農村信用社的人員大多數來自當地，而且大部分是照顧性質吸收的，世襲現象嚴重，家屬子女偏多，文化水平低，整體素質差，內部管理淡薄。，由於貧困地區農村信用社的業務發展緩慢，經濟效益差，職工工資、福利待遇較低原因，導致隊伍不夠穩定。
（六）“三防一保”工作難度大，存在嚴重安全隱患。
信用社網點機構分散，點多面廣線長，且山區地理位置複雜，交通、通訊設施跟不上，一些地方一直稱為“三防一保”的隱患區和安全信息網路“閉塞區”，突出表現在：職工安全防範工作素質低；安全設施差，報警裝置也多是一般設施和“手動式”等；交通工具滯後，安全事故經常發生。
（七）外部經營環境惡劣。由於受撤併鄉鎮影響以及少數商業銀行不正當的競爭宣傳，使農信社信譽受到貶損，公眾支持率下降，存款逐步向商業銀行轉移，市場份額呈下降趨勢。同時地方行政干預依然存在，縣聯社和農信社迴旋空間不大，致使農村信用社的業務發展緩慢。
二省聯社成立後的輝熄業績：