2.村民與村社之間履行特殊承包契約引起的糾紛。一是承包人拒不給付承包費產生糾紛。村民承包集體所有的魚塘等，在契約履行中，承包戶以村社提供的魚塘不符合使用條件,自己未獲得預期收益為由，減扣或拒付承包費，其他村民對此不滿，社裡起訴要求給付租金。二是承包果園開發後因賠償款分配引起糾紛。村民承包集體所有的果園並添加種植果樹，契約期限屆滿前果園土地被國家開發徵用，果樹賠償款歸誰引起爭議。社裡稱賠償款是國家賠給社裡的，與承包個人無關。承包人則認為自己在承包期內添植了果樹，又為培育果樹付出了辛勤的勞動，要求分得相應款項。三是承包人改變土地用途引發糾紛。承包人與村社簽訂協定承包集體所有的荒地種植果樹、林木，後來由於城市擴張，承包戶未種植果樹、林木，而是在承包地上修建大量房屋出租牟利，引起其他村民公憤，社裡為平息矛盾起訴承包人要求收回土地。
3.離婚分割承包地引起的糾紛。以前的離婚案件中由於雙方都未提出土地問題，法院處理離婚案件時一般不主動涉及承包地分割。近年來由於土地價值大增，當事人因離婚提出承包地分割的情況較為普遍。有的是在離婚案件審理中要求一併分割承包地，有的是在離婚後單獨提起承包地分割的訴訟。
4.土地集中流轉後租金分配引發的糾紛。經承包戶同意，社裡把土地集中對外流轉（多為出租），契約履行中個別原承包人認為租金分配不合理，以社裡侵犯其土地承包經營權為由，訴請撤銷村集體與他人簽訂的出租協定，恢復土地承包經營權。這類案件涉案人數眾多，涉及多方當事人利益，處理起來頗為棘手。
5. 未按程式發包或調整土地引起的糾紛。村社幹部隨意將農民的承包地另行發包給他人，侵害農民土地承包經營權的案件大量存在。一是原承包人把土地轉包或借給他人耕種後，村社直接將土地發包給耕種人。如有的原承包戶把土地借給其他人耕種，農稅、提留等由耕種人交納，在第二輪土地承包時，村社幹部未告知原承包人，即把借耕土地發包給耕種人，原承包人請求歸還土地時，才發現自己的承包地早已被另行發包給他人。原承包人遂以村社侵權，向法院起訴訟請求返還承包地。二是村社幹部濫用職權隨意調整承包地，侵害農民土地承包經營權。
6.因客觀情況發生無法預料的重大變化致土地流轉租金低廉誘發的糾紛。這類案件主要表現在其他方式承包中。涉及集體所有的林地、荒山等，約定承包時間很長，一般為50年。由於簽訂契約在中央出台系列惠農政策措施之前，土地價值還未充分體現出來，約定租金中含有上交國家的稅費，隨著免徵農業稅及農業補貼政策的落實，純受益性質的租金水平大大降低，造成顯失公平的結果，引起村民普遍不滿，村社向法院提起訴訟，請求解除契約。
7.村社收回外出打工人員承包地引發的糾紛。農民在外打工並在城裡買房安家，舉家遷移出原籍，村社以承包人戶口已不在農村為由收回土地，承包人不服向法院起訴要求廢除村社決定，恢復土地承包經營權。
二、我院審理農村土地糾紛案件遵循的主要原則
農村土地糾紛案件涉及理論複雜、政策性強、敏感度高、處理難度大，妥善處理土地糾紛不單純是法律問題，而是關乎維護農民合法權益，促進社會主義新農村建設的重大社會問題。把握好農村土地糾紛案件審理的總體原則，對於妥善處理這類案件十分必要。
1.保護農民土地承包關係的穩定與合法流轉。按照我國《農村土地承包法》規定，農民擁有法律賦予的長期而穩定的土地承包經營權，在法定承包期限內，任何組織和個人不得違法調整和收回承包地，不得違背農民意願強行流轉承包地，不得非法侵占農民承包地，這是審理農村土地糾紛案件應把握的基本原則。
2.把握好法律與政策的關係。在我國，政策和法律有著統一的指導思想、政治方向和利益基礎，本質上是一致的，在出現法律空白時相應的政策可以給予補充。但是，政策與法律在制定機關和程式、表現方式、實施方式、效力範圍等方面都存在區別，政策和法律各有其獨特的不能互相取代的調整機制。在法律沒有修改之前，應當堅持依法辦事，假如必須按照政策辦事，也不能損害公民在法律結構中所取得的合法權益。國家土地政策是國家有關部門針對土地利用、開發情況，土地政策運行中出現的問題的政治決策和對策。在目前農村土地糾紛處理方面，政策的調節作用相當強*。法律調節具有強制性，政策具有導向性，處理二者關係應堅持政策調節服從法律調節，在法律沒有規定或法律與政策存在衝突時，應當按照法律原則正確適用相關政策。