(1)無證生產和造假狀況還比較突出。制假售假活動由公開、半公開向地下、半地下，組織性、隱蔽性、對抗性增強，手段趨向智慧型化，增加了打假工作的難度。
(2)假冒偽劣農資充斥市場的狀況尚未根本扭轉。農業部今年春夏對市場上的農藥質量抽查結果顯示，不合格農藥為16%，有1/5的單位經營了不合格農藥，這些是在合法的經營單位里抽出的登記過的農藥產品，非法生產和經營的假劣農藥就更多了。據陝西省畜牧部門抽查，“九五”期間，獸藥質量抽檢合格率為77%;近期對市場質量抽檢合格率為50%。青海省西寧市經銷的蔬菜品種近百種，但通過審定的只有20多種，大部分種子沒有生產許可證，沒有標籤。
(3)農資產品標籤不規範。農業部今年抽查了2586個農藥標籤，不合格率為54.6%，有的地方農藥標籤不合格率高達80%。有的擅自修改已審定的標籤內容，有的擴大使用範圍，有的盜用、冒用他人登記號，有的用一個登記證用於多個產品，還有的採用光寫商品名而不寫含量和使用情況等欺騙手段坑害農民，嚴重干擾了農藥市場的正常秩序，危害了農民利益和農業生產安全。引起了農民與合法生產企業的強烈不滿，國務院領導對此高度重視，責成農業部立即進行整頓。
(4)誤導消費的廣告多。主要是獸藥和農藥表現最為突出，虛誇產品質量的不少。有的企業還用“農業部推廣新產品”、“中國農學會推薦產品”等來誤導消費者。
(二)少數農業部門對開展農資打假的認識還不到位，執法意識薄弱
一些地方認為農資打假是工商、技術監督部門的事，和農業部門關係不大，有的地區和縣級農業部門甚至放棄法定職權，不聞不動，根本沒有安排部署和組織檢查。農業各行業之間發展也不平衡，地區間發展也不平衡。
(三)地方和部門保護主義嚴重
由於受利益的驅使，一些地方對農資制假售假不僅不打擊，而且還加以庇護。如有的農藥生產廠家在生物農藥中添加大量化學農藥，使用在禁止使用的作物(果菜)上，坑害消費者。當檢查發現後，地方出面說情、辯解，難於處理。另外，農業部門內不少單位也經營農藥、獸藥、種子、肥料、農機及零配件等，有不少單位，既進行經營活動，又有管理職能，還有的審批、登記、檢測、監督集一體，使本應互相制約的監督機制失效。
(四)農資管理的法律法規不夠完善
在農資打假中，發現的一些問題按現行的農業法律法規無法處理，如化肥、農機質量管理等尚缺乏相關的法規和強制標準，農藥、飼料、水產種苗等其他農資管理相應的配套辦法或實施細則也要修訂和完善。漁藥、漁具市場的監管不明確，個別地方存在空白。隨著市場經濟的發展，原有的一些農資產品管理法律法規已不適應當前農資生
產和市場監管的要求。
(五)參與農資執法的機構多，執法人員的素質有待提高
國務院抓農資執法、打假的機關如工商、技術監督、供銷和農業部門等多個單位。農業部門內又分散在種子、土肥、植保、蠶種、畜牧獸醫、飼料、農機、漁業等多個機構。但真正對農資市場和生產單位的執法起震懾作用的不多，力量分散，多部門協調困難，責任不明確。適應農資執法特點要求的，既具備必要的專業技術知識和較強的法律素質，又具有為人民服務宗旨觀念和較強的職業道德水準的執法人員缺乏。