2、與醫院的籌資制度有關。醫療市場中存在著多個主體，包括醫院、政府、患者和保險機構。醫院類似於一個企業，它需要進行要素投入，然後生產出產品，在要素市場上它是需求方，在產品市場上它是供給方。要素的投入包括資金、勞動、技術等，其中資金決定著一所醫院的生存和發展。目前，在現有的醫療制度下，醫院的資金來源主要有三個渠道：一個是政府投入（財政撥款）；一個是醫療服務收費；一個是藥品加成收入。醫療服務收費中又包括勞務收費、常規項目收費和高、新技術項目收費。
政府投入由各級政府的財政承擔。由於各級財政的財力水平有限而且相差較大，因而總體上來說該渠道的資金來源呈萎縮狀。醫院若要在市場競爭體制中生存而且讓醫生獲得可以自豪的收入，就要依靠另外兩個資金來源渠道。對於藥品和醫療服務收費的價格，物價部門都有所規定，目前規定的收費標準呈現出一種不平衡狀：勞務的價值偏低，常規項目收不抵支，高、新項目收費相對合理，處方過程中允許收取藥品差價。在物價局的價格標準和醫院資金來源渠道的雙重約束下，追求利益最大化的醫院就會有獨特的行動。在藥品加成收費上，醫院利用加成15%的合理規則，通過多進多用高價藥品、大處方等辦法儘量提高藥品加成收入，有個別醫院甚至還提高加成水平，從而獲得更多的利潤。在醫療服務收費上，醫院利用信息不對稱的先天優勢，通過誘導需求，過度使用診斷、檢查、治療、化驗等服務項目。這種過度醫療服務事實上是不必要的，然而，患者只能接受。這樣，藉助於藥品的加成定價和過分加成定價，藉助於醫療服務項目的過度提供，醫院就開出了一個患者難以接受但又不得不接受的“高價醫療服務”。如果在醫療市場上，有保險機構作為第三方買單，那么，醫院就可以通過區別定價來獲得更加可觀的利潤，比如有公費醫療的病人和參加新型農村合作醫療制度的病人所開具的藥品的價格要高。保險機構沒有動力或者說沒有能力去監管，因此，只能放任醫院的所作所為。這種醫療制度實際上是一種惡性循環，對患者不利，也不能把新型農村合作醫療制度的好處真正落實到患者身上。實際上，醫院為了攫取新型農村合作醫療制度的好處，在該制度運行過程中，它們還經常有醫患“合謀”騙取新型農村合作醫療報銷的行為。比如，醫院記錄上患者重複住院，而實際上患者僅僅住了一次院，或者根本就沒有住院，這樣，醫院就可以利用患者的新型農村合作醫療制度騙取高額的報銷費用，而醫院給予患者一些小實惠或者根本不予告知。
3、與藥品的生產和流通體制有關。根據國際經驗，醫藥市場應該存在一定的壟斷，這有利於醫藥技術的進步，也會讓患者享受到規模經濟帶來的單位產品價格低的好處。然而，由於轉軌時期制度的不完善，國家對藥品的生產不能進行有效合理的調控和干預，藥廠盲目建設、重複建設。這些小藥廠各自為生存而戰，技術水平普遍較低，沒有能力開發新藥，每個藥廠的市場份額都是有限的，而且，為了保住這有限的市場份額還需要不斷地向政府管理機構和醫院尋租。不僅如此，藥品的價格也參差不齊。雖然有物價部門的監管，但實際上在藥品售價上還是比較混亂。關於藥品的生產和流通，筆者走訪了醫藥公司的銷售經理和職員。據他們介紹，藥價高是現在醫藥市場上的正常現象。將藥品的價格提升，也是藥廠的無奈之舉。因為現在花費在流通環節上的成本太大，若想保住藥廠的利潤，必須提高藥價。一個普通的30塊錢藥品，給代理公司的價格也就3塊錢，即只有10%。剩下的90%都要花費在流通環節上，包括主管部門的打點，醫院相關負責人的提成，其中包括主管院長、藥局負責人、臨床醫生，如果某一個廟不燒香，那么這個藥就很難進入醫院，也不能大規模地被患者採用。如果物價局在上級或者政策的壓力下，硬性規定藥價的最高限額，那么藥廠的博弈策略只能是停止生產老藥，然後稍微更改一下配方中的劑量，申請一個新藥，把新藥的價格定得高一些，從而使藥廠存活下去。如此看來，農民所承擔的高藥價主要還是因為耗費在流通環節上的成本太高。藥廠為了生存不願意承擔該成本，只好通過高價策略進行轉嫁。農民是弱勢群體，無力反抗，只能怪罪新農村合作醫療制度的無效。實際上，新型農村合作醫療制度體現了中央的救助精神，體現了中央建設和諧社會的理念，但是由於配套的制度改革上不去，因此，該合作醫療的收益很難真正地落實在農民的頭上。