(二)運作機制上的不到位
適應不同經濟財政模式的基層財政所運作模式不明晰。全區30個街道鎮鄉以社會、經濟、財政應為三大模式，一是城市財政經濟模式;二是城郊工業財政經濟模式;三是農村產業財政經濟模式，應儘快完善。
對大件和不易損耗的採購缺乏專家參與招標，鑑定質量環節。採購商品達不到理想使用年限較為突出，如電腦物件。
鄉鎮實行傳票、報銷運作方式，無疑增加了基層運作成本。
(三)基層鎮鄉公共服務型陽光財政程式化體現較差，目前在基層政府財政所還未見到比較成熟的完整方案
街道鎮鄉對享受中央、市、區的陽光財政 惠民補貼，項目、標準、兌現程式、結算終止日期在村、社區、居民小組，未見到公示榜。
街道鎮鄉對所在地區的公共事業建設、村民法律法規、科普教育投入預安排沒有措施體現。
(四)基層財政隊伍建設存在的問題
基層財政隊伍流失嚴重。區成立時，全區基層財政所編制人數158人，平均每個鄉鎮達5人，在我區財政所機構人員確定為事業編制後兩年多時間，隊伍建設出現了如下問題：一是編制、人數大幅度減少。現在基層財政所編制人員只有120人，在崗人員122人，屬財政所編制在崗人員只有103人，與建區時比較，編制人員減少38人，在編在職人員減少36人。二是工作變動頻繁，兩年多時間，30個街道鎮鄉中有17個財政所所長發生工作變動，有4個屬於提拔，一個屬正常調動，2個外出打工，10個由事業轉為行政。三是財政所人員身份複雜。如黃溪、白石、五里3個鎮鄉財政所，人員按在編在崗統計為零，因在財政所上班人員的身份全部掛靠在其他站所。又如財政所長身份，現在就有四種：一是事業編制;二是工人編制;三是行政編制(轉為行政編制掛靠在其它站所的主任科員);四是副處級助理調研員兼任。
基層財政所人員切身利益受到影響，等待觀望思想嚴重。以來，由於基層財政所人員原來享受的“參公”身份、事業性質。沒有及時納入參公人員登記和調資工作暫緩等因素的影響，思想上想不通，頗有尷尬和失落感，心態不平衡，主觀能動性差，情緒較為波動。
三、基層財政體制機制建設的對策與建議
(一)基層財政管理體制改革要解決的主要問題。一是解決財政分配的公平性和有效性問題，也就是在城鄉之間逐步實現公平分配財政支出。二是解決基層財政困難，保證基層運轉，防止基層通過亂收費彌補財政不足。按這樣的要求，街道鎮鄉新的財政管理體制框架體現財政與事權相匹配，以事權定財權，以責任定財權，對新增的職能要追加運轉財力支持(例如文化站)，對弱化的職能要減少支出(如鄉鎮廣播站)。三是要體現財力支出向公共服務傾斜，公共服務體系項目支出要列入基層財政預算方案報告以接受同級人民代表大會依法進行監督，切實增強鄉鎮履行職責和提高公共服務職能。
(二)要確立基層財政在公共服務上的主導地位。即基層財政所在公共服務供給中可以行使以下基本職能：一是擬定公共服務指標體系，提供政府決策;二是監管公共服務的生產與提供;三是投資，以保證基本公共產品和實現公共服務的均等化;四是直接生產和提供某些公共服務;五是引導社會資本有序和規範地進入公共服務領域。