㈤村幹部工作難度大。一些村幹部反映，他們在農村合作醫療工作中有“三難”：宣傳動員難，籌集資金難，政策解釋難。新型農村合作醫療本著的是自願原則，但又要完成上級任務，各鄉鎮都把“新農合”工作納入對村級年度考核，村幹部普遍感到工作檯壓力大。再加上無經費投入，嚴重影響他們開展工作的主動性和積極性。
㈥對醫療機構的監管有待加強。儘管合作醫療的各種管理規定在不同程度上約束了醫療機構的行為，但合作醫療管理規則受到了醫療機構“對策”的挑戰，部分醫療機構出於經濟利益的考慮，想盡辦法使自身利益最大限度的實現，採取了一些對策，一些醫療機構存在著不規範的醫療行為，影響到合作醫療資金的使用效果和效率。
解決辦法及建議： ㈠針對部分村民反映的“新農合”保障水平低的問題。地方政府應該積極投入人力，物力，財力深入農村開展廣泛的調查研究。要求實事求是，不搞形式主義。根據本村實際情況，不斷完善“新農合”各項職能。將“新農合”各項具體要求在實踐中落到實處。設立相關監督部門，並規範運作機制。在農民是否願意加入“新農合”問題上堅持“自願，互助，公開，服務”的原則；堅持農民以家庭為單位自願參加，不搞強迫命令；堅持公平,公正，公開規範操作，加強監管；堅持便民利民，真正讓農民受益。 ㈡基於當前“新農合”工作在農村宣傳不到位。地方政府要充分利用本地資源。可以是廣播，電視，報紙等媒體對廣大農民進行輿論動員。在這些工作進行的同時，還要組織基層幹部和知識分子深入農村對農民進行“新農合”系列知識講座和宣傳活動。總之，不管以什麼樣的方式進行知識傳播，都要儘量做到及時，準確和廣泛。對農民的疑惑要進行耐心的講解和答覆。儘量讓每一個農民都了解“新農合”，滿意“新農合”。 ㈢針對現在農村合作醫療制度的登記，理賠程式過於繁瑣這一問題。首先應該加大中央和地方財政的支持力度，不斷完善農村的基礎設施建設。這樣一來，就可以修建一些可供農民健身運動的場所，提高農民身體素質。其次，應科學合理制定和調整農民醫療費用報銷理賠方案。地方政府應在分析，總結合作醫療制度和基金運行情況的基礎上認真測算，科學制定和調整農民醫療費用補償和理賠方案。在此，應建立和完善農村醫療互助制度。做好與新型農村合作醫療制度的銜接。充分發揮民政部門的主導作用。推進農村衛生服務體系建設，合理消減現有部門不活躍的職能，提高各職能部門的辦事效率，縮短農民在“新農合”登記和理賠的時間。使農民在“新農合”辦事時能感受到國家政策的溫暖和政府辦事效率的提高，真正為人民服好務。㈣加大投入，切實改善鄉村醫療條件，提高鄉鎮衛生院的醫療水平。隨著新型農村合作醫療實施，民眾對鄉村醫療要求愈來愈高，特別是醫療服務水平。衛生行政部門要按照農村醫療衛生體系建議規劃，加大投入，加快農村醫療衛生服務機構基礎設施建議和服務質量的提升，每年要安排一定的經費，對醫護人員實施定期強化培訓，開展職稱評定。要改善醫療設施和服務設施，尤其是鄉鎮醫院（室），要增添必要的醫療設備。使各級醫療機構的技術服務向基層延伸，讓農民能夠就近享受到較好的優良醫療服務。、㈤管理運行機制有待進一步創新。如何創新管理運行機制，是新型農村合作醫療試點單位的重要任務。管理體制上目前各地大致有三種形式：一是由衛生行政部門主管；二是人力資源及社會保障局主管，或新組建的一個獨立機構（直接隸屬於地方政府）來管理；三是商業保險公司參與管理。後兩者目前的比例很小。這裡主要涉及的是由第三方（如社保部門）來管理，還是衛生部門“一手托兩家”（醫療服務和醫療保障）的爭論。新型農村合作醫療還是剛剛建立起來的一種制度，許多事情看得不那么清楚。筆者認為，短期內不要匆忙改變各自的管理體制現狀，可以通過觀察、對比和總結，在適當的時候再出台政策，明確新型農村合作醫療的性質和管理體制等問題，從而免去許多不必要的摩擦。