良好的生態環境是特色農業健康發展的基矗要搞好退耕還林、還草，採取工程、農藝、化學控制和生物技術等節水措施相結合，建立田間蓄水、抗旱保水、節灌補水和土壤培肥等節水技術體系，大力發展旱作節水農業。注重特色農產品產地環境保護，實施保護性耕作。積極推廣沼氣等農村能源綜合利用技術，發展生態農業，保護生態環境。
七、在發展中要注意的一些問題。
（一）、特色不一定高效。有特色並不一定有市場，特色必須以滿足市場的需求為出發點，而不應唯獵奇為目標；即使是有市場需求的特色產品，若無科技支撐、信息支撐、管理支撐，再具特色也很可能是低效的，即使一時效益不錯也是難以為繼的。特色須與市嘗科技、信息和管理結合在一起，才有持久的高效，否則又會演變成另一種形式的變賣資源。
（二）、規模越大不一定越好。發展一個產業如果不做詳細的市場調查和經濟可行性論證；不了解市場情況，不掌握資源情況，盲目上馬會出現市場有限、資源有限與大產業之間的矛盾。
（三）、不計生態環境效果。對野生特色產品的開發，在沒有重大技術突破的情況下，特別是在野生人工馴化栽培技術尚不過關的情況下，此類特色產品的開發必須以不破壞生態環境為前提。否則將會造成破滅生態平衡的嚴重後果。
（四）、推行“命令農業”。農民在農業生產經營中的主體地位是無可爭議的，然而在現實工作中，政府官員無視農民的主動性和創造性，政府的過多干預，勢必導致農民動作的整齊劃一、難有特色，農民也主要聽命於政府而忽視市場需求，其結果對於發展特色農業來說可能又是災難性的。
（五）、發展特色農業與節水的關係。特色農業中的蔬菜、水果、瓜類、花卉等均是耗水作物，部分特種養殖業不僅消耗水資源還有可能造成水源污染。因此，應處理好發展此種特色農業與節水間的關係，積極發展節水的特色農業，農業節
水措施、工程節水措施、材料節水措施及管理節水措施的套用在發展特色農業時非常必要。否則，特色農業即使經濟效益再高也是難以為繼的。
（六）、發展特色農業與保障主要農產品基本供給的矛盾。發展特色農業和保障主要農產品供給，是密切關聯的兩個問題：增收和增產。發展特色農業也要有一個過程，二者均不應追求不現實的速度，否則既可能帶來市場問題，更可能影響本地區的食物保障，同時亦可能導致經濟波動。
（七）、區際產品和產業結構趨同。國家經貿委、國家計委、外經貿部聯合發布的《中西部地區外商投資優勢產業目錄》中，將糧食、蔬菜、水果、禽畜產品，水產品貯藏、保鮮和加工均列為西部各盛市、區的優勢產業和重點投資領域，這就有可能引致區際農業產業結構的趨同，並進而導致無序競爭、效益下降和生產波動等一系列問題。對此決不可忽視。