（二）基礎管理相對薄弱，征管、稽查溝通不暢
當前，無論是征管部門還是稽查部門，都根據各自的業務性質、主要職責、工作流程等，制定了一系列規範的工作制度，並確定了落實工作制度的相關業績考核制度，這無疑為依法治稅、規範行政提供了保障。但在一些工作層面上往往存在著“本位主義”，只注重各自工作的完成，考核上能過關，而忽略了兄弟部門的工作需求以及企業的實際情況，缺乏合作和大局觀念，致使稽查工作難以為繼。
（三）稽查部門協作仍相對欠缺
稅務稽查根據深化改革的要求，實行了專業化運作，機構內部建立了分權制衡等工作機制，嚴格按“選案、檢查、審理、執行”四環節分離運行，然而當前稽查檢查環節往往過於注重查補稅款數額及案件的檢查取證，而忽略了對企業資產、權益狀況的監控，更有甚者過於拘泥於政策條文的規定，採取措施不及時、不到位，導致企業在簽收稽查稅務處理文書前隱匿轉移了資產，甚至逃匿失蹤，增加了執法成本，加大了執行難度，極大地影響了執法時效性和執法成果的體現。
（四）協稅護稅網路不健全，削弱了執行力的運用
稅收執法的外部環境不理想，協稅護稅網路和機構不夠健全，這一提法似乎有些老生常談，但在執法過程中，它也確實是一大難點和關鍵點。
（五）執行力量薄弱
目前稅務機關稽查的執行力量相對薄弱，執行崗人員編制較少，往往忙於應付案頭等日常工作，對於處置疑難個案總得在百忙中擠出時間和精力，但也總顯得缺乏深度和力度，使執行工作顯得被動，不能很好地體現稅法的嚴肅性。另外，一些緊急或額度不大或沒有達到移送標準的欠稅案件，不能總依靠公安的力量，在一些具體實地辦案過程中，由於納稅人法律意識不強，稅務機關的執行力、震懾力相對薄弱，使執行人員感到人身風險較大，無安全保障，從而增加了稅收執法的難度。
二、解決稅務稽查執行難問題探討
（一）建立有效體制，健全稅收法制
1、最佳化完善稅制，建立社會信譽制度。稽查與執行的最終目的是使企業自覺地依法納稅，因而在稽查力量較單薄的今天，如何公平稅負從而使納稅人的遵從度得到提升，從長遠的角度來說，也是使執行力得以提高和發揮的作用及目的。筆者認為，在稅制設計中，應該充分考慮國情對稅制設計的制約，更多地著眼於能做什麼，而不是應做什麼，不能追求理想化的稅制。如目前刑法的修訂案中對偷稅的認定作出了修改，更切合實際情況，體現人性化。我國的稅收征管水平還有待提高，與之相適應，稅制的設計也宜堅持從簡和低稅負的原則。切實地考慮對小規模、一般納稅人、核定戶如何公平及信用機制的有序運行等問題。尤其是信用機制的運用，從長遠來說，是一種征管成本、執行成本更低的維護交易秩序的機制，又可在長遠達到和諧社會的目的，應考慮把稅號與社會保障體系（應享受的社會福利）掛鈎和社會信用體系結合、把企業所得稅與社會信用體系結合，如對納稅信用高的納稅人貸款予以降低門檻等。
2、法律應創設規範，進一步完善稅收司法保障體系，如稅收優先權司法保障制度、稅收代位權、撤銷權司法保障制度等，防止稅務行政執法權流於形式，難於付諸實踐。
——稅收優先權司法保障制度。稅收應以其強烈的公益性而致使稅收優先權原則上優先於其他權利（力）的行使。建立稅收優先權司法救濟制度也就成了當務之急。稅收優先權司法救濟制度是稅收優先權司法保障制度的重要組成部分，其制度核心的是稅務機關通過人民法院請求行使撤銷權，撤銷欠繳稅款的納稅人的清償行為，以達稅款優先受償的目的，從而保障稅收優先權的有效行使。